22 июля 1861 г. Аргиропуло по высочайшему повелению был арестован в Москве. В этот же день Заичневский был арестован в Орле. Оба были немедленно отправлены в Петербург. Им обоим вменялось в вину распространение сочинений революционного содержания и продажа портретов Герцена, Огарева и других революционных деятелей. На допросах Аргиропуло и Заичневский отказались отвечать, от кого они получали для продажи эти портреты и сочинения революционного содержания, которые они распространяли.
В течение всего времени, пока продолжалось расследование их дела, Заичневский и его друзья находились в заключении. Условия заключения были до того мягкими, что к ним был свободный доступ всем желавшим повидаться с ними. Бывший участник их кружка В. Н. Линд в своих воспоминаниях, напечатанных в 1911 г. в московском журнале «Русская мысль», пишет:
«Как это ни странно представить себе теперь, но место их заключения сделалось настоящим студенческим клубом. Посещать их позволялось, можно сказать, всем и во всякое время».
А другая участница кружка Заичневского А. Можайская в своих воспоминаниях, напечатанных в 1909 г. в петербургском сборнике «О минувшем» пишет, что
«маленькая одиночная камера Заичневского всегда была полна народа. Посещала Заичневского не только молодежь. Не раз мы заставали в его маленькой камере разодетых дам со шлейфами, приезжавших в каретах с ливрейными лакеями послушать Петра Григорьевича, как они сами заявляли. Они привозили ему цветы, фрукты, вино, конфеты. Обычно время проходило в оживленных спорах».
Летом 1862 г. дело Заичневского и других слушалось в Сенате. Известный писатель, князь В. Ф. Одоевский, будучи тогда сенатором, принимал участие в суде над Заичневским и его товарищами. 5 июля 1862 г. Одоевский в первый раз присутствовал в Сенате на заседании по делу студентов, и он записал в свой «Дневник»: «Что за полоумные мальчишки». На следующий день, однако, он занес в свой «Дневник» следующую запись:
«В Сенате. — Замечательная личность Петра Заичневского, принадлежащего к так называемым исповедникам социализма, слово, которого значение весьма для них смутно, но за которое они, тем не менее, готовы идти в мученики и чего именно добивается Заичневский, стараясь не уменьшить, а преувеличить свои действия».
Сенат нашел Заичневского виновным в произнесении речей, направленных к ниспровержению существующего образа правления и против верховной власти, а также в распространении запрещенных сочинений и приговорил Заичневского к «лишению всех прав состояния и сослать в каторжные работы на заводы на два годы и 8 месяцев, а по прекращении сих работ, поселить в Сибири навсегда».
Аргиропуло Сенат нашел виновным в распространении запрещенных сочинений и в недонесении о произнесении Заичневским в Подольске речи возмутительного содержания, и он был приговорен к «лишению некоторых прав и преимуществ и к заключению его в смирительный дом» на два с половиной года. Двух других товарищей их Сенат присудил к заключению в смирительном доме на три месяца. Двое других, привлеченных по тому же делу, были оправданы.
10 января 1863 г. Петра Заичневского на почтовых лошадях под конвоем двух жандармов отправили в Сибирь, и лишь 18 апреля он был доставлен в Красноярск, где он был сдан в Устъ-Кут на завод для отбытия каторжных работ.
Прокламация «Молодая Россия» появилась в мае 1862 г. Кто были авторами этой прокламации, вызвавшей страшную тревогу в рядах правительства и возмущение либералов и многих социалистов, Правительству так и не удалось узнать. Представителям власти и в голову не могло придти, что автором «Молодой России», изданной от имени таинственного Центрального Революционного Комитета, является студент Петр Заичневский, который уже год сидит под арестом. Через много лет сам Заичневский рассказал, что прокламация была написана им, проредактирована его товарищами по заключению и через часового была отправлена в Москву для напечатания.
Прокламация «Молодая Россия», призывавшая к революции, к беспощадному террору, к диктатуре и к уничтожению не только всех членов династии Романовых, но и всех вообще противников революционной партии, была резко осуждена не только всей либеральной печатью того времени, но и Герценом, и даже Бакуниным, и единомышленниками Чернышевского. Знаменитый петербургский радикальный журнал «Отечественные записки» в ноябрьском номере от 1862 года писал:
«Никто не сомневается…, что неизвестный автор «Молодой России» принес нашему правительству столько пользы, сколько не могло принести ему в совокупности усердие всей полиции. Они (реакционеры) владеют теперь страшным пугалом… «Молодой Россией». У них теперь каждый прогрессист — поклонник теории «Молодой России».
Герцен в своем лондонском «Колоколе» посвятил прокламации «Молодая Россия» две статьи: «Молодая и старая Россия» и «Журналисты и террористы». В статье «Молодая и старая Россия» Герцен 15июля 1862 года писал в »Колоколе»:
«Мы прочли ее раз, два, три раза… со многим очень несогласны. «Молодая Россия» нам кажется двойной ошибкой. Во-первых, она вовсе не русская, это одна из вариаций на тему западного социализма, метафизика французской революции…
Вторая ошибка — ее неуместность. Ясно, что молодые люди, писавшее ее, больше жили в мире товарищей и книг, чем в мире фактов… в ней нет внутренней сдержанности, которую даст или свой опыт, или строй организованной партии».
Во второй статье 15 августа 1862 года Герцен писал:
«Молодая Россия» думает, что мы потеряли веру в насильственные перевороты. Не веру в них мы потеряли, а любовь к ним… Насильственные перевороты бывают неизбежны; может, будут и у нас, это отчаянное средство ultima ratio народов, как и царей, на них надо быть готовым, но выкликать их в начале рабочего дня, не сделав ни одного усилия, не истощив никаких средств, останавливаться на них с предпочтением, нам кажется молодо и незрело, как нерасчетливо и вредно пугать ими… Террор революции с своей грозной обстановкой и эшафотами нравится юношам так, как террор сказок с своими чародеями и чудовищами нравится детям… Мы давно разлюбили обе чаши, полные крови, штатскую и военную, и равно не хотим ни пить из черепа наших боевых врагов, ни видеть голову герцогини Ламоаль на пике. Какая бы кровь ни текла, где-нибудь текут слезы, и если иногда следует перешагнуть их, то без кровожадного глумления, а с печальным трепетным чувством страшного долга и трагической необходимости… Террор девяностых годов (18-гo столетия во Франции) имел в себе чистоту неведения, безусловную веру в правоту и успех, которых последующие терроры не могут иметь. Он развился, как тучи развиваются, и разразился, когда был слишком переполнен электричеством. И при всем этом террор нанес революции страшнейший удар».