В июне 1358 г. Асикага Такаудзи умер, и сёгуном стал Ёсиакира, который в следующем году совместно с Хатакэяма выступил против южного двора. Хатакэяма во главе армии двинулся к Кавати. Южный двор переживал тяжелые времена, многие его прежние сторонники перешли на сторону сёгуна. Военная кампания складывалась неблагоприятно для «южан», но по неясным причинам Ёсиакира прекратил боевые действия и вернулся в столицу. Более того, он предложил южному двору заключить соглашение.

Хатакэяма был крайне недоволен нерешительностью сёгуна вернулся со своей армией в Камакура. Вновь происходила перегруппировка сил. Никки Есинага со своим отрядом присоединился к южному двору, также поступил и Хосокава Киёдзи.

В начале 1362 г. силы южного двора двинулись к столице Ёсиакира покинул столицу вместе с императором. В 4-й раз армии южного двора вошла в столицу и, как уже неоднократно бывало, вновь была вытеснена оттуда войсками сёгуна менее, чем через 20 дней. После этих событий единственным очагом сопротивления оставался о-в Кю̄сю̄, находившийся под контролем принца Канэнага. Многие, даже самые верные, сторонники покинули южный двор. После смерти Гомураками в 1368 г. на сторону северного двора перешел Кусуноки Масанори. Новым императором ветви Дайкакудзи стал Тё̄кэй.

В 1371 г на Кюсю на должность тиндзэй тандай был назначен Имагава Садаё, один из самых блестящих людей своего времени. Он был знаменитым поэтом, талантливым военачальником. Помня о предыдущих попытках наведения порядка на Кюсю, Имагава действовал продуманно и постепенно. Сначала он добился соглашения с главой дома Оути [провинция Суо], потом, с помощью Хосокава, — соглашений с военными домами на о-ве Сикоку, и только затем предпринял наступление на Кюсю. В 1372 г. Имагава захватил дадзайфу, вытеснил Канэнага и вступил в должность. Однако полностью остров перешел под контроль бакуфу только после 1383 г., со смертью Канэнага.

Воссоединение императорского дома произошло в 1392 г. по Настоянию сёгуна Ёсимицу, когда император Гокамэяма согласился прибыть в столицу, где и произошло объединение дворов.

История противостояния двух императорских дворов — лишь внешняя сторона глубокого процесса перемен, происходившего в японском обществе на протяжении всего XIV в. То было время практически полного ухода с политической сцены аристократического сословия, завершения кобу сэйдзи — политики сосуществования аристократии и военных, характерной для первого бакуфу. На авансцене государственной жизни прочно утвердились воины-букэ, которые, впрочем, стремились вписаться в иерархию императорского двора и создать единую систему власти.

В 1336 г. в преамбуле «Кэмму сикимоку» — документа, который был, скорее, политическим манифестом, чем законодательством, — отмечалось что новая власть должна установить мир, закон и порядок, при которых улучшится жизнь людей. Чтобы достичь «правильного» управления считалось необходимым провести в жизнь следующие меры:

I) Строжайшая экономия во всем;

II) Запрет пьянства и азартных игр;

III) Наказание за разбой, убийство и иные жестокие преступления;

IV) Прекращение вторжений в жилища людей и вмешательства в частные дела;

V) Возвращение земли прежним владельцам и разрешение восстановления их жилых построек (в столице);

VI) Создание отрядов для борьбы с огнем (т. е. пожарных дружин) и проведение противопожарных мер;

VII) Подбор людей на должности сюго в соответствии с их качествами и способностями, поскольку с давних времен именно они обеспечивали мир и порядок в провинциях;

VIII) Прекращение подачи советов государю со стороны придворных, женщин и буддийских монахов,

IX) Усиление дисциплины среди чиновников и тщательный подбор кандидатов на должности;

X) Запрещение взяток;

XI) Запрещение принимать подарки как служащим дворца, так и служащим всех недворцовых ведомств;

XII) Подбор личных служащих правителей (императора и сёгуна) по благосклонности правителей;

XIII) Точное исполнение церемоний и скрупулезное соблюдение различий в рангах;

XIV) Специальное награждение за хорошую службу;

XV) Принятие и разбор петиций и жалоб бедных и обиженных;

XVI) Тщательное изучение петиций буддийских и синтоистских храмов, отклонение несправедливых;

XVII) Принятие скорых и справедливых судебных решений, недопущение отсрочек и несправедливых решений.

В заключении говорилось, что примером будущего государственного устройства должны быть годы Энги (901–923) и Тэнряку (947–957) правлений императоров Дайго и Мураками, а также примеры деятельности отца и сына Хо̄дзё̄ Ёситоки и Ясутоки. Таким образом, подчеркивались разделение и равнозначность властей букэ и кугэ в государстве.

Не только содержание, но и формальные особенности «Кэмму сикимоку» демонстрировали важность этого документа для Такаудзи, да и для всего последующего правления Асикага. Слово «сикимоку» в названии демонстрировало преемственность по отношению к законодательству Хо̄дзё̄ «Госэйбай сикимоку», а количество статей (17) явно перекликалось с 17 статьями Сё̄току-тайси Таким образом подчеркивались непрерывность существования государства, незыблемость власти, несмотря на все потрясения.

По-прежнему, как и в первом бакуфу, титул «сёгун» присваивался указом императора, хотя сам император оказывался на троне благодаря помощи и усилиям букэ. Так было, в частности, с Асикага Такаудзи, получившим титул «сёгун» от императора Комё. Кроме того, В структуре управления нового бакуфу сохранялись все институты предыдущего (самурай докоро, мандокоро, мантюдзё, хёдзёсю, хикицукэсю). Однако главной действующей политической фигурой стал сам сёгун, а не сиккэн, институт которых перестал существовать после разгрома

дома Ходзё.

Столицей нового бакуфу стал Киото, что было связано с необоримостью контроля над южным двором в Ёсино. Кроме того, перенос политического центра в бурно развивавшийся в XIII в. регион Кинай, возможно был подиктован экономическими интересами сёгунов.

Хотя жизнь придворной аристократии становилась все более зависимой от букэ, последние соревновались в получении придворных рангов и титулов, что свидетельствовало об их стремлении сделать свою власть легитимной посредством традиционных государственных структур. Примером такого рода является судьба 3-го сёгуна Асикага Ёсимицу. Он получил первый придворный ранг в возрасте 22 лет, а в 1394 г. покинул пост сёгуна, получив высшую придворную должность главного министра (дадзё дайдзин), что, вероятно, было связано с его высокой репутацией среди кугэ после того, как он сумел добиться воссоединения императорского дома.

Если первый бакуфу рассматривал себя как отдельный самостоятельный элемент кобу сэйдзи и строил систему управления по модели императорского двора, вплоть до повторении системы двух соправителей, то во втором бакуфу наблюдалось стремление к созданию единой с императорским двором системы управления государством. Это хорошо видно на примере эволюции сюго. В период Камакура сюго составляли опору власти бакуфу в провинциях. Ходзё, понимая важность этого института, сохраняли за собой прерогативу назначения на эти должности. К концу периода они сумели назначить сюго в 28 провинций из 57. В остальных провинциях, расположенных в центральной и западной частях страны, административная и судебная власть по-прежнему оставалась в руках чиновников управителей провинций. Сами же управители (кокуси), как правило, жили в столице. По мере ослабления кугэ сэйкэн (власти придворных) возникала необходимость заполнить пустоты в системе управления. Главные изменения произошли в период в 1333–1346 гг. В 7-й статье «Кэмму сикимоку» Асикага Такаудзи особо подчеркивал роль и значение сюго. Император Годайго назначал на посты сюго представителей придворной аристократии или военачальников, которые совмещали должности сюго и кокуси, что привело к слиянию двух должностей, а, следовательно, и их функций на провинциальном уровне. В 1346 г. это было подкреплено юридически специальным указом сёгуна, расширившим полномочия сюго. К существовавшим с первого бакуфу обязанностям было добавлено еще две:

A — право устанавливать и развивать отношения с акуто;

B — исполнять указания бакуфу по конфискации и перераспределению владений.

Таким образом, сюго теперь исполняли как судебные, так и фискальные функции, полностью заменив кокуси. В период правления первых двух сёгунов Асикага в центральные и западные провинции назначались люди не местного происхождения, т. е. менялся принцип назначения власти на местах по принципу преданности бакуфу.

Видимо, одной из главных трудностей с которой столкнулся новый сёгунат после того, как отгремели сражения, и произошло воссоединение императорского двора, был сепаратизм отдельных районов. Канто, Осуми (север Хонсю), Кюсю не просто были расположены далеко от столицы, от центральной власти, но и имели свои культурные и экономические отличия, к которым добавилась сила местных военных домов.

С правлением 3-го сёгуна Асикага Ёсимицу были связаны мероприятия по оформлению структуры государственного управления. Необходимо было найти некий баланс власти между сёгуном, двором и сюго, создать централизованную систему управления, которая позволила бы держать под контролем эти территории. Это была одна из первых попыток в японской истории создать систему государственного управления, реально действовавшую на большей части японского архипелага, а не только в районе Кинай. До XIV в. владения на севере и юге страны были практически самостоятельными, да и отношения Кинай-Канто тоже были, скорее, «равноправными», нежели построенными на принципах административного подчинения.