20 ноября 1890 г. на заседании отделений А. А. Тилло доложил о наводнении, происшедшем в Петербурге в ночь с 16 на 17 августа 1890 г., когда уровень воды на 9 футов превысил средний уровень воды у Адмиралтейства. В связи с этим была учреждена Комиссия для обсуждения мер к ограждению столицы от наводнений. Первое заседание этой Комиссии состоялось 19 февраля 1891 г.,и на нем было признано, что помимо изучения причин, приводящих к повышению уровня в Финском заливе у устья р. Невы, необходимо произвести также особые исследования для выяснения взаимосвязи колебаний уровней почвенных (грунтовых) вод в Петербурге с подъемом воды в р. Неве. В 1895 г. А. А. Тилло обобщил и опубликовал имевшиеся материалы по подъему грунтовых вод в Петербурге во время наводнений.

В 1892 г. И. В. Мушкетов опубликовал в Известиях Географического общества «Краткую программу для наблюдений ледников России», составленную им по поручению Общества. Еще 28 ноября 1889 г. на заседании отделений А. И. Воейков поднял вопрос о необходимости создания наставления для наблюдений над ледниками. Тогда же было решено поручить это И. В. Мушкетову и А. И. Воейкову. Но поскольку А. И. Воейков был перегружен другими срочными делами, И. В. Мушкетов один подготовил эту программу. Она широко использовалась при изучении ледников в различных районах России в конце 90-х годов.

В конце 1894 г. Управление по сооружению Сибирской железной дороги обратилось в Географическое общество с просьбой издать возможно скорее указания по наблюдению над вечной мерзлотой, столь широко распространенной в Сибири. 20 декабря 1894 г. И. В. Мушкетов на заседании отделений ознакомил присутствующих с письмом Управления, содержащим эту просьбу. Ввиду большой важности этого вопроса было решено немедленно создать особую комиссию для разработки достаточно полной программы наблюдений над мерзлотными явлениями. В состав этой комиссии под председательством И. В. Мушкетова вошли: К. И. Богданович, А. И. Воейков, Э. А. Коверский, В. А. Обручев, М. А. Рыкачев, Э. В. Толль, Ю. М. Шокальский, И. Б. Шпиндлер и Л. А. Ячевский. К участию в своих работах она привлекала некоторых горных инженеров (Г. В. Адрианова, Л. Л. Тове и др.). В результате всестороннего обсуждения Комиссия пришла к мнению, что инструкция должна быть возможно подробной, сочетать в себе требования для строго научного познания мерзлотных явлений и одновременно способствовать правильному решению запросов практики. В инструкцию было включено изучение не только вечной (многолетней), но и временной (сезонной) мерзлоты. Мерзлотная комиссия работала весьма продуктивно, и уже 31 января 1895 г. на заседании Отделений И. В. Мушкетов представил к печати «Инструкцию для изучения мерзлоты почвы в Сибири», которая вышла в свет под его редакцией в феврале 1895 г. в Известиях Географического общества, где наряду с ней была опубликована разработанная И. В. Мушкетовым «Инструкция горной партии Амурского участка при изысканиях Сибирской железной дороги», содержащая ряд рекомендаций по освещению инженерно-геологических и гидрогеологических условий изучаемой трассы железной дороги и прилегающих местностей.

И. В. Мушкетов в середине 90-х годов.

В эти годы И. В. Мушкетов участвовал в работе еще нескольких комиссий Географического общества, как-то:

1) по изучению распределения силы тяжести в России (председатель И. И. Стебницкий); 2) по земному магнетизму (председатель А. А. Тилло); 3) по обсуждению вопроса о достижении северного полюса (председатель П. П. Семенов); 4) по обсуждению проекта экспедиции по исследованию Мраморного моря (председатель И. В. Мушкетов); 5) по вопросу изучения солонцов в России (председатель И. В. Мушкетов); 6) по выработке плана географических исследований Петербурга и его окрестностей (председатель А. А. Тилло); 7) по исследованию Череменецкого озера в Лужском уезде (председатель А. А. Тилло); 8) по-организации наблюдений над вскрытием и замерзанием рек в приморских городах (председатель А. А. Тилло) и др.

Большую работу проводил в эти годы И. В. Мушкетов в Географическом обществе по организации научных экспедиций, составлению и обсуждению программ их деятельности. Им были составлены программы: в 1886 г. для экспедиции на Хан-Тенгри — И. В. Игнатьеву;

В 1888 г. для Тибетской экспедиции — К. И. Богдановичу; в 1890 г. для Черноморской экспедиции — Н. И. Андрусову, для экспедиции на Северные Увалы — Л. И. Лутугину и для исследования ледников на Кавказе — И. Н. Кузнецову; в 1892 г. для экспедиции на восточную окраину нагорной Азии — В. А. Обручеву; в 1894 г. для экспедиции по изучению Мраморного моря — Н. И. Андрусову, и др. Активно содействовал И. В. Мушкетов организации географической экспедиции Б. Л. Громбчевского в хребет Каракорум (1886 г.); геологическим исследованиями Я. А. Макерова в Саянском хребте (1887, 1888 гг.); Н. И. Андрусова в Предкавказье (1889 г.); геоботаническим изысканиям А. Н. Краснова на Хан-Тенгри (1886 г.) и в Сванетии (1890 г.); Н. И. Кузнецова на Урале (1887 г.) и на Кавказе (1888 — 1890 гг); В. А. Фаусека в Предкавказье (1886 г.) и на Белом море (1899 г.); зоогеографическим работам А. Н. Россикова на Кавказе (1888 г. и др.); изучению пещер Крымских гор Ю. А. Листовым (1887, 1888 гг.) и др. Программы всех этих исследований обсуждались и принимались на заседаниях отделений и выносились И. В. Мушкетовым на утверждение Совета Общества, где окончательно определялись и необходимые для них денежные средства.

К. И. Богданович, В. А. Обручев, Н. И. Андрусов направляли И. В. Мушкетову письма из экспедиций с результатами своих исследований, о которых он докладывал на заседаниях отделений и публиковал частично в Известиях Географического общества, издательской деятельности которого уделял много внимания. Будучи членом Редакционного комитета Общества, он участвовал в координации и руководстве всеми его изданиями, в то время довольно обширными («Отчет общества. . .», «Известия. . .», «Записки... по общей географии», «Записки. . . по этнографии», «Записки. . . по статистике», Труды различных экспедиций и др.).

Как председатель Отделения физической географии И. В. Мушкетов обязан был знакомиться со всеми материалами, предлагаемыми к опубликовацию в изданиях Общества, в которых освещались вопросы, находящиеся в ведении Отделения физической географии. А они были весьма разнообразны (растительность, животный мир, орография, геология, климат, гидрография и др.). О всех поступивших материалах И. В. Мушкетов докладывал на заседаниях отделений. Работы по геологии и орографии он обычно оценивал сам, остальные передавались на рецензии другим членам Общества с учетом их специальностей. Небольшие статьи (до 1—2 печ. л.), а также сообщения, сделанные на заседаниях отделений, в случае их одобрения направлялись для опубликования в Известиях Географического общества; программы и инструкции, подготовленные комиссиями отделений, печатались обычно в виде приложений к Известиям. Большая часть материалов, публиковавшихся в «Известиях. . . .поступала из Отделений физической и математической географии.

Кроме того, в обязанности И. В. Мушкетова как председательствующего в Отделении физической географии входило заведование изданием «Записок Русского Географического общества по общей географии», а также их редактирование. Под его редакцией в рассматриваемый период вышли следующие тома этого издания: 1886 г. — т. XIII (Н. А. Северцов — «Орографический очерк Памирской горной системы») и т. XV (статьи И. Д. Черского — по Байкалу, Н. Н. Зубова — по Амударье, А. М. Никольского — о поездке в Восточную Персию и Закаспийскую область, и др.); ^в 1890 г. — т. XX (В. А. Обручев — «Закаспийская низменность»); в 1893 г. —т. XXVI (И. В. Мушкетов, Н. А. Орлов — «Каталог землетрясений Российской империи»); в 1895 г. — т. XXVIII (И. А. Лопатин — «Дневник Витимской экспедиции 1865 г. ...»).

В 1890—1896 гг. И. В. Мушкетов совместно с А. А. Тилло и А. В. Григорьевым редактировал «Ежегодник Русского географического общества», где печатались обзоры проведенных исследований как в России, так и за рубежом по различным отраслям географии (геодезии, картографии, геологии, гидрологии и др.). Эти обзоры, выполняемые ведущими учеными (по геологии — С. Н. Никитиным, по геодезии — Э. А. Коверским, по метеорологии — Б. Н. Срезневским, по магнетизму — А. А. Тилло и Э. Е. Лейстон, по фитогеографии — Н. И. Кузнецовым, по зоогеографии — И. Д. Кузнецовым, по географической литературе — Д. Н. Анучиным и т. п.), знакомили специалистов и студентов с достижениями отечественной и мировой науки.

И. В. Мушкетов принимал постоянное активное участие и в работе Минералогического общества, регулярно (1—2 раза в год) делая научные доклады. Так, в 1882 г. (7 января) он выступил с докладом об основных результатах своей поездки на Кавказ в 1881 г.; в 1883 г. (7 января) сделал обзор истории изучения Туркестанского края; в 1886 г. (11 ноября) привел новые сведения о месторождении бирюзы около г. Нишапура; в 1887 г. (8 декабря) охарактеризовал кристаллы золота и золота с кварцем из месторождений в Каркалинском уезде; в 1889 г. (7 января) сообщил о месторождениях нефрита на восточном склоне Памира, обследованных Б. Л. Громбчевским; в 1891 г. (5 марта) доложил о работах А. Д. Кондратьева по разведке и исследованию серебросвинцовых руд в Карачае, в верховьях р. Кубани; в 1892 г. (8 декабря) рассказал о появлении нового острова на Каспийском море вблизи Апшеронского полуострова; в 1893 г. (9 февраля) осветил геологическое строение Хингана и Восточной Монголии по данным, собранным Д. В. Путятой и В. А. Обручевым; в 1894 г. сообщил о содалитовом сиените из верховий Зеравшана (14 января) и результатах работ В. А. Обручева в Нанынане (18 октября); в 1895 г. (19 сентября) сделал доклад о своих исследованиях в 1895 г. на Кавказе в бассейнах рек Теберды и Чхалты.