31 октября 1887 г. на объединенном заседании отделений по предложению И. В. Мушкетова была организована Сейсмическая комиссия. На том же заседании А. И. Воейков сделал сообщение о деятельности физико-географических учреждений ряда стран Западной Европы. В частности, он сообщил, что Парижская академия наук создала специальную Сейсмическую комиссию в связи с происшедшим крупным Андалузским землетрясением.
И. В. Мушкетов в своем выступлении указал на очевидную недопустимость почти полного отсутствия сейсмических наблюдений в России, что подтвердило еще Верненское землетрясение 1887 г. Экспедиции, направляемые для изучения последствий землетрясений, способные оценить лишь общий характер явления, не могут выявить приуроченности или связи его, например, с метеорологическими или даже космическими факторами. На этом основании И. В. Мушкетов предложил немедленно создать Сейсмическую комиссию, в которую на том же заседании были избраны он сам (председатель), И. И. Стебницкий, Ф. Б. Шмидт, Г. Д. Романовский, К. Д. Краевич, А. И. Воейков, П. И. Броунов, И. Б. Шплиндер, И. Д. Черский, Э. Ю. Петри, М. А. Рыкачев и Ю. М. Шокальский (секретарь).
В 1888 г. И. В. Мушкетов привлек к работам Сейсмической комиссии А. П. Орлова, директора Казанского реального училища, уже много лет приватно занимавшегося вопросами сейсмологии. Тот взял на себя труд составить программу сейсмических наблюдений и каталог русских землетрясений, но в начале 1889 г. скончался. Совет Географического общества 13 мая 1889 г. по предложению И. В. Мушкетова обратился к семье А. П. Орлова с просьбой передать Обществу его рукописи для использования и публикации, а в начале октября 1889 г. они уже были переданы И. В. Мушкетову.
10 октября 1889 г. на объединенном заседании отделений И. В. Мушкетов доложил, что Сейсмическая комиссия составила план организации наблюдений и специальную инструкцию в виде вопросного листа, к которому прилагалась им самим составленная довольно обстоятельная объяснительная записка «Землетрясения, их характер и способы наблюдений», где в доступной форме были изложены основные сведения о землетрясениях, способы их наблюдений и описывались инструменты (приборы), рекомендуемые для этих целей. И. В. Мушкетов сообщил также, что уже приступил к организации сети сейсмических станций в России; с местными властями ведутся переговоры для выделения средств. На заседании было решено вопросный лист и объяснительную записку к нему напечатать в количестве 1000 экземпляров, что и было полностью осуществлено уже в начале 1890 г., хотя часть тиража напечатана еще в конце 1889 г. и 100 вопросных листов срочно отправлены в Семиреченскую область, где в конце мая 1889 г. произошло довольно сильное землетрясение. Примерно в течение года на эти вопросные листы поступило около 60 ответов. Переданные на обработку А. В. Вознесенскому, они позволили очертить область землетрясения и определить его происхождение, как и Верненское, оказавшееся тектоническим. Об этой работе А. В. Вознесенского 12 марта 1891 г. И. В. Мушкетов доложил на заседании отделений, где решено было поместить ее в «Известиях Общества», а всем лицам, приславшим ответы, направить по отдельному оттиску.
В 1888-1893 гг. И. В. Мушкетов усиленно занимался организацией сети сейсмических стадций. Это была огромная работа: нужно было добиться получения средств, организовать изготовление сейсмоскопов, их пересылку на места, подготовить инструкции по их установке и использованию и т. п. В этой деятельности И. В. Мушкетову активно помогали Ю. М. Шокальский, А. В. Вознесенский и И. И. Померанцев. О масштабах ее и трудностях, с ней сопряженных, дает представление, например, письмо И. В. Мушкетова Д. К. Мышенкову, старшему чиновнику особых поручений по горной части при Туркестанском генерал-губернаторе от 3 февраля 1890 г.
. . .После моих исследований Верненского землетрясения 28 мая 1887 г. . . . при Географическом обществе образовалась комиссия под моим председательством для выработки плана систематических наблюдений над землетрясениями России. В настоящее время комиссия составила общую инструкцию и объяснительную записку и должна теперь устраивать сейсмические станции. Для начала этого важного и нового дела мы ограничиваемся пока только четырьмя областями, наиболее интересными в сейсмическом отношении, а именно: 1 — Семиречье, 2 — Туркестан, 3 — Забайкалье и 4 — Кавказ.
В каждой области предполагается от 15 до 20 станций, для снаряжения которых хотя бы самыми простыми инструментами требуется, однако,не менее 50 р. с. [руб. серебром] на станцию. Географическое общество хотя и затратило уже из своих средств некоторую сумму, но снабдить все станции оно не в состоянии. Ввиду этого я обращаюсь как председатель Отделения географии физической к помощи местной власти за пособием в этом деле. Моя просьба к бывшему степному генерал-губернатору Г. А. Колпаковскому увенчалась успехом настолько, что для Семиречья все станции обеспечены; мною уже заказаны инструменты (сейсметры на 700 р. с.). Для Забайкалья и Кавказа также обещаны средства местными властями, но для Туркестана я до сих пор не имею никаких средств. Виду этого обращаюсь к Вам с покорной просьбой, не можете ли Вы уделить около 1000 р. с. из Вашего геологического кредита для снабжения и устройства станций для наблюдения над землетрясениями в Туркестане. . .{5}
30 марта 1890 г. Д. К. Мышенков в рапорте генерал- губернатору А. Б. Вревскому поддержал просьбу И. В. Мушкетова, и в конце апреля 1890 г. 1000 р. были переведены из Ташкента в Петербург, а в конце 1890 г. получены деньги (160 р.) и из Иркутска. Теперь можно было приступать к заказу на изготовление сейсмоскопов. В Географическом обществе А. В. Вознесенским была разработана несложная конструкция дешевого, но и надежного сейсмоскопа. Описание его с двумя чертежами было приведено в 1890 г. И. В. Мушкетовым в объяснительной записке «Землетрясения, их характер и способы наблюдения», а в 1892 г. Ю. М. Шокальским было опубликовано «Наставление для установки, проверки и наблюдения сейсмоскопа ИРГО» (ИРГО — Императорское русское географическое общество).
К концу 1891 г. большая часть сейсмоскопов была изготовлена, и они после проверки отправлялись в Туркестан, Семиречинскую область, Забайкалье и на Кавказ.
Первоначально из-за несоблюдения правил установки сейсмоскопов в Туркестане сложилось мнение об их плохой работе и бесполезности, и когда об этом доложили генерал- губернатору А. Б. Вревскому, тот приказал (6 ноября 1893 г.) прекратить эти наблюдения. Но как раз в это же время из Закаспийской области поступили сведения о хорошей работе сейсмоскопов. В связи с чем начальник военно-топографического отдела Туркестанского округа С. И. Жилинский представил А. Б. Вревскому специальный доклад, в котором он рекомендовал «... не отказываться безусловно от устройства сейсмических станций, но для более полного исследования сейсмоскопов . . . установить пять из них на каменных столбах, как требуется инструкцией, в городах Аулие-Ата, Намангане, Коканде, Оше и Бухаре и ассигновать на это 135 руб., согласно примерного исчисления стоимости столба . . .».{6} А. Б. Вревский последовал этим рекомендациям, и сейсмические наблюдения в Туркестане были продолжены.
30 ноября 1893 г. И. В. Мушкетов на заседании отделений сообщил, что стараниями Общества в России организовано и действует уже 50 сейсмических станций. Первоочередная задача Сейсмической комиссии была решена — положено начало систематическому изучению сейсмических явлений в России. В 1893 г. вышел в свет составленный И. В. Мушкетовым и А. П. Орловым «Каталог землетрясений Российской империи» с картой их распространения. Как первое обобщение эта книга и поныне сохраняет свое значение.
Начиная с 1890 г. в Сейсмическую комиссию начали регулярно поступать сведения о землетрясениях в России. , И. В. Мушкетов на заседаниях отделений постоянно о них докладывал и публиковал в Известиях Географического общества. Созданная И. В. Мушкетовым при Географическом обществе в 1887 г., Сейсмическая комиссия просуществовала 14 лет, вплоть до организации аналогичной в 1900 г. в Академии наук.
28 ноября 1877 г. на заседании отделений С. Ю. Раунер сделал интересное сообщение о применяемых методах укрепления и облесения летучих песков в некоторых странах Западной Европы (Франции, Пруссии, Венгрии и др.) и о том, как этот опыт можно использовать в России. И. В. Мушкетов предложил С. Ю. Раунеру участвовать в составлении программы для наблюдений над песками. К этой работе были привлечены также Н. А. Соколов и М. А. Рыкачев. И уже 18 декабря 1877 г. на заседании отделений была доложена программа наблюдений над песками, составленная комиссией, куда входили И. В. Мушкетов, Н. А. Соколов, М. А. Рыкачев и С. Ю. Раунер, и постановлено опубликовать эту программу. Окончательно отредактированная И. И. Стебницким и Ю. М. Шокальским с рядом их дополнений,, эта работа под названием «Инструкция для исследования характера и распространения летучих песков» была опубликована в Известиях Географического общества в 1888 г.
10 октября 1889 г. по предложению А. А. Тилло на заседании отделений была создана комиссия по организации и обработке водомерных наблюдений на берегах морей, на реках и озерах. В нее были избраны А. А. Тилло, И. В. Мушкетов, О. Э. Штубендорф, Н. Л. Пущин, Н. В. Каульбарс, К. И. Михайлов, С. Д. Рыльке, А. К). Сокович, И. Б. Шплиндер и Ю. М. Шокальский. 24 апреля 1890 г. была принята к печати «Инструкция для наблюдений над колебаниями уровней вод морей», разработанная _И. Б. Шплиндером и одобренная комиссией.