В тяжелейших условиях опалы, находясь практически на положении заключенного, Никон в короткий срок превратил свой Новый Иерусалим в развитый центр духовной жизни, культуры и творчества. В монастыре находилась богатейшая библиотека патриарха, присланная ему из Москвы, в обители намеревались устроить типографию, была создана школа для монастырских работников, где они обучались грамоте и художественным ремеслам. Некоторые из учеников этой школы после осуждения Никона были взяты в царские мастерские в число учеников знаменитого Симона Ушакова230. Белорусские мастера под руководством Петра Заборского наладили здесь производство прекрасных поливных изразцов. Старец Сергий Турчанинов отлил в монастыре несколько замечательных колоколов с изображениями святых и надписями, разъясняющими смысл церковной символики. В обители кипел труд строителей каменотесов, резчиков по дереву, иконописцев, переводчиков, поэтов...231 Множество мастеров были взяты из Нового Иерусалима в царские мастерские Москвы после ссылки Никона.

Число братии (монахов и бельцов) достигло здесь при Никоне 500 человек. Патриарх очень часто служил, и нередко вся служба шла на греческом языке (еще один намек на вселенское значение обители). Здесь он рукополагал священников, диаконов в свои монастыри, приписные обители и приходы в монастырских вотчинах, постригал в монашество, возводил в степень игуменов и архимандритов.

После смерти Никона и восстановления его в патриаршем сане монастырь был достроен, и ему оказывались многие благодеяния царей и знатных людей. Но без такого человека, как Никон, он утратил свое первоначальное символическое и кафолическое значение, превратившись просто в одну из видных, но обычных обителей. Дело в том, что в полной мере замысел Никона о Новом Иерусалиме был известен, пожалуй, одному только Алексею Михайловичу. Даже близкий патриарху Шушерин, судя по всему, не был посвящен в тайну замысла. Современное общество видело в этом строении патриарха только образ палестинского Иерусалима и исторической святой земли... Духовно-таинственная глубина замысла, прообразование в России Царства Небесного и возможное значение для мира, для Восточной церкви такого деяния не были тогда поняты. Так что после ссылки патриарха Новый Иерусалим перестал иметь то великое значение, какое уже начал было приобретать по замыслу своего основателя.

Правда, такая утрата значения связана только с общественным человеческим восприятием вещей. Новый Иерусалим как реальность остался и по сей день остается образом, иконой исторической и горней грядущей «обетованной земли».