Относительно иконописания собор постановил: писать живописцам иконы с древних образов, как греческие живописцы писали и как писал Андрей Рублёв и прочие пресловутые живописцы, а от своего замышления ничего не изменять. Архиепископы и епископы по всем городам и весям и по монастырям испытывают мастеров иконных и их письма сами смотрят. Относительно изображений святых во Пскове в 1540 году было любопытное происшествие: к Успеньеву дню старцы, переходцы с иной земли, привезли образ св. Николая и св. Пятницы на рези в храмцах (киотах). Во Пскове таких икон на рези прежде не бывало, и многие невежественные люди поставили это за болванное поклонение: была в людях молва большая и смятение. Простые люди начали священникам говорить, а священники пошли к наместникам и дьякам с собора, что в людях большое смятение. Старцев схватили, а иконы послали к архиепископу в Великий Новгород. Владыка Макарий сам молился пред этими святыми иконами, молебен им соборно пел, честь им воздал, сам проводил до судна и велел псковичам эти иконы у старцев выменять и встречать их соборно.

На жалобу царя, что ученики учатся грамоте небрежно, собор отвечал: «Ставленников святители строго допрашивают: почему мало умеют грамоте?» — и они отвечают: «Мы учимся у своих отцов или у своим мастеров, а больше нам учиться негде». Но отцы их и мастера и сами мало умеют, тогда как прежде в Москве, Великом Новгороде и по иным городам многие училища бывали, грамоте, писать, петь и читать учили, и мы по царскому совету собором уложили: выбирать добрых священников, дьяконов и дьяков женатых, благочестивых, грамоте, читать и писать гораздых, и у них устроить в домах училища: учили б они детей со всяким духовным наказанием, более же всего учеников своих берегли и хранили во всякой чистоте и блюли их от всякого растления. В Новгороде Великом попы, дьяконы, дьяки, пономари и просвирни принимаются к церкви уличанами за большие деньги: на пономаре берут рублей 15, и иногда 20 и 30; и кто даст деньги, с тем идут к владыке всею улицею. А если владыка пришлёт к церкви попа хорошего поведения и грамоте гораздого, но если этот поп больших денег уличанам не даст, то они его не примут.

По отношению к церковному управлению предложено было исправить порядок, схожий с управлением наместников и волостелей в земском деле. Владыка в своей епархии напоминал собою удельного князя. У него был совет из собственных бояр, которые управляли и судили в епархии с докладом владыке. Судьями от владыки были его наместники и десятильники; при них были недельщики и доводчики, как и в земстве. Белое духовенство и монастыри были обложены множеством разнообразных пошлин[39], от которых некоторые освобождались по благоволению владыки. Владыки раздавали свои земли в поместья детям боярским: эти земли переходили от владельца к владельцу не по наследству, а по воле архиерея. Дети боярские были обязаны службою владыке, хотя в то же время призывались и на государственную службу. Суд у святителей, соответственно подлежащим этому суду предметам, был двух родов: духовный — в делах, относившихся к области веры и благочестия, как над духовенством, так и над мирскими людьми, и мирской — над лицами, исключительно состоявшими в церковном ведомстве. Собор не решился отменить суда бояр и десятильников, потому что и при великих чудотворцах Пётр, Алексей и Ион были десятильники, но учредил из священников старост и десятских, которые между прочими обязанностями должны были присутствовать на суде десятильников; да кроме того, на этот суд допускались ещё и земские старосты и целовальники вместе с земским дьяком. Всякое дело писалось в двух экземплярах, и одна сторона поверяла другую. Собор обратил внимание и на книги. Издавна переводились книги с греческого языка, отчасти с латинского, переписывались старые сочинения и переводы и продавались. Как переводы, так и переписки исполнялись плохо. Тогда всё письменное без разбора относили к Церкви, и оттого-то книги отречённые и апокрифные считались по невежеству наравне с каноническими книгами священного писания, и нередко приписывалось отцам церкви то, чего те никогда не писали. Это неизбежно вело к заблуждениям. Собор устанавливал род духовной цензуры, поверяя её поповским старостам и десятским. Книгописцы состояли под их надзором. Старосты и десятские имели право посматривать и одобрять переписанные книги и отбирать из продажи неисправленные.

Относительно беспорядков в богадельных избах собор отвечал: да повелит благочестивый царь всех больных и престарелых описать по всем городам, отдельно от здоровых строев, и в каждом городе устроить богадельни мужские и женские, где больных, престарелых и неимущих куда голову подклонить, довольствовать пищею и одеждою, а богомольцы пусть милостыню и всё потребное им приносят, да приставит к ним здоровых строев и баб стряпчих, сколько будет пригоже; священникам добрым, целовальникам или городским людям добрым смотреть, чтоб им насильства и обиды от стряпчих не было; священники должны приходить к ним в богадельни, поучать их страху Божию, чтоб жили в чистоте и покаянии, и совершать все требы.

Одним из важнейших вопросов, поднятых Стоглавым собором, был вопрос о выкупе пленных.

С первых веков христианства выкуп пленных считался лучшим делом христианского милосердия. Св. Амвовсий Медиоланский разрешил даже продажу церковных сосудов для этого святого дела, его примеру подражали многие епископы. И в древней России выкуп пленных является делом всенародного христианского милосердия. Это образовалось как из общего христианского взгляда на пленённых варварами, как на несчастных, так и из особенностей отношений России к татарам. Они с XIII по конец XVII века страшно терзали Россию. Не раз русская земля бывала вконец разоряема и попленяема ими. Татары уводили в плен всех взрослых мужчин и женщин, сколько только могли, убивая детей, стариков и слабых. Не только до XV века, но и в период с половины XI до конца XVII века невозможно было выручить наших пленных из рук их иначе, как выкупом, Пленный у татар был вдвойне несчастен: он терял свободу, общение с Церковью и её таинствами и был в постоянной опасности утратить веру христианскую. Редкий набег татар в XVI и XVII веке (не говоря уже о предшествовавших) не оканчивался пленением нескольких тысяч русских всех сословий; иногда они уводили по 50 000 и более. Поэтому дело пленённых татарами было самое популярное в древней России. Вся Россия готова была поголовно идти на освобождение их, «душу свою положить за них». Поэтому уже в первой половине XVI века, вскоре после сложения московского государства, выкуп пленных является одним из важнейших государственных дел. Для пояснения значения и важности выкупа пленных у татар, приведём слова одного писателя XVI века о положении христианских пленных: «Корабли, приходящие к крымским татарам, из Азии привозят им оружие, одежды и лошадей, а отходят от них, нагруженные рабами. И все их рынки знамениты только этим товаром, который у них всегда под руками и для продажи, и для залога, и для подарков; и всякий из них, по крайней мере имеющий коня, даже если на самом деле нет у него раба, но, предполагая, что может достать их известное количество, обещает по контракту кредиторам своим в положенный срок заплатить за одежду, оружие и живых коней живыми же, но не конями, а людьми, и притом нашей крови. И эти обещания исполняются в точности, как будто бы наши люди были у них всегда на задворьях. Поэтому один меняла, сидя у единственных ворот Тавриды и видя беспрестанно бесчисленное множество привозимых туда пленников наших, спрашивал у нас, остаются ли ещё люди в наших странах или нет и откуда их такое множество? Те, которые посильнее из этих несчастных, часто клеймятся на лбу и на щеках и, связанные или скованные, мучаются днём на работе, ночью в темницах, и жизнь их поддерживается небольшим количеством пищи, состоящей в мясе дохлых животных, гнилом, покрытом червями, отвратительном даже для собак. Женщины, которые понежнее, содержатся иначе: некоторые должны увеселять на пирах, если умеют петь или играть... Все они с жадностью ищут себе в жёны пленниц... Перекопский Саип-Гирей родился от христианки и женат на христианке... Когда рабов выводят на продажу, то ведут их на площадь гуськом, как будто журавлей в полёте, целыми десятками, прикованных друг к другу около шеи, и продают такими десятками с аукциона, причём аукционер кричит громко, что это рабы самые новые, не хитрые, только что привезённые из народа королевского, а не московского. Московское же племя считается у них дешёвым, как коварное и обманчивое[40]. Этот товар ценится в Тавриде с большим знанием и покупается дорого иностранными купцами для продажи — по цене ещё большей — отдалённым народам... Красивые девушки нашей крови покупаются иногда на вес золота. Это бывает во всех городах полуострова, особенно в Кафе, этой ненасытной и беззаконной пучине, пьющей нашу кровь».