Несколько хронологически различных субстратных слоев прослеживается на Апеннинах. Наиболее древний слой имеет, вероятно, иберийско-кавказское происхождение (следы его обнаруживаются на западе полуострова и особенно на о. Сардиния). К более позднему времени М. Паллоттино относит «эгейско-азианический» субстрат, обнаруживаемый также по всей Эгеиде.
В Западном Средиземноморье выявлен автохтонный субстрат, к которому, вероятно, принадлежал иберийский; для него также допускаются кавказские параллели. Согласно археологическим реконструкциям и некоторым (пока единичным) языковым фактам, можно предположить наличие аналогий, определяемых как прасеверокавказские, и в ряде поздненеолитических культур Карпато-Дунайского района.
Крайний запад Европы до появления там индоевропейцев (приход кельтов в Ирландию датируется второй четвертью I тыс. до н.э.) был заселен народами, по антропологическому типу близкими к средиземноморским; население северных районов Ирландии относилось, как полагают, к эскимоидному типу. Субстратная лексика этого ареала пока не исследована.
На северо-востоке Европы анализ древнейшей гидронимики свидетельствует о наличии в этих районах населения, принадлежащего к финно-угорской семье. Западная граница этого ареала в IV тыс. проходила в Финляндии между реками Торне и Кеми и по Аландским островам. Что касается Центральной Европы — области распространения так называемой древнеевропейской гидронимии, — этноязыковая характеристика этого ареала затруднительна.
Впоследствии на древние местные культуры Европы наслаиваются носители индоевропейских диалектов, постепенно их ассимилируя, однако островки этих древних культур остаются еще на протяжении ранней бронзы. К их материальным следам, сохранившимся до наших дней на территории Европы от Скандинавии до Средиземноморья, относят, в частности, особые мегалитические сооружения — дольмены, кромлехи, менгиры, предположительно имевшие культовое назначение.
В историческое время индоевропейские народы и языки постепенно распространяются на обширнейшей территории от крайнего запада Европы до Индостана; очевидно, что по мере продвижения в глубь истории мы подойдем к периоду их существования в некоторой территориально более ограниченной области, которая условно определяется как индоевропейская прародина. Со времени возникновения индоевропеистики в первой половине XIX в. вопрос о прародине индоевропейцев неоднократно оказывался в центре внимания исследователей, оперировавших, помимо языкового материала, данными тех смежных наук, которые в соответствующий период достигали необходимого уровня развития, в частности археологии и антропологии.
Первые исследователи (середина прошлого столетия), опиравшиеся в своих построениях на языковые свидетельства и ранние письменные, источники, помещали прародину индоевропейцев на Востоке. А. Пикте таким местом считал древнюю Бактрию — район между Гиндукушем, Оксом (Амударьей) и Каспийским морем. Идею азиатской прародины индоевропейцев поддерживали В. Хен, Г. Киперт, И. Мур. Последний исследовал древнеиндийские тексты, показывающие особое отношение индоарийцев к зиме и к народам, живущим на севере — по ту сторону Гималаев (т.е. в Центральной Азии).
Р. Лэтэм был первым, кто высказался против азиатской прародины индоевропейцев (60-е годы XIX в.). По убеждению Лэтэма, ее следовало искать там, где в историческое время засвидетельствовано большинство индоевропейских языков, т.е. в Европе. Его поддержал В. Бенфей, согласно которому против восточной прародины говорит тот факт, что не обнаружены общеиндоевропейские названия тигра, верблюда, льва (хотя уже тогда было очевидно, что аргументация, основанная на отсутствии, возможно случайном, в языках какого-то обозначения, не может считаться решающей).
Теория европейской прародины была положительно воспринята археологами и антропологами. Л. Линденшмит, как и Бенфей, исходил из того, что обозначения общеиндоевропейской фауны не имеют восточного характера. Более того, он считал, что главное направление движения индоевропейцев — на восток и юг как в доисторическое время, так и в историческое.
Согласно точке зрения Ф. Шпигеля, Восточная Европа от 45° широты по своим климатическим условиям наиболее благоприятна для роста населения и, как бы мы сейчас сказали, для демографических скачков. Заслугой Шпигеля было то, что он впервые высказал положение о существовании пограничных зон, зон контактов, где происходит как «втягивание» в свою массу других народов, так и распространение наряду с элементами материальной культуры также и языковых явлений, воззрений и других проявлений культуры духовной.
В это же время (вторая половина XIX в.) выдвигается гипотеза о том, что прародина индоевропейцев — на юго-востоке Европы, в областях к северу от Черного моря, от устья Дуная до Каспийского моря (Бенфей, Хоммель).
Таким образом, на протяжении всей второй половины XIX в. выдвигались многочисленные гипотезы относительно этнического состава отдельных областей древнейшей Европы и места в ней индоевропейцев. С расцветом археологии, казалось, появились предпосылки для расширения научной базы индоевропейских исследований. Тем не менее до последних десятилетий положительные результаты были минимальны. Основным методологическим недостатком выдвигавшихся гипотез и создаваемых на их основе концепций был следующий: обычно выбирался какой-то отдельный признак (например, керамика или антропологический тип), который определялся как специфически индоевропейский, и те культуры, где этот признак присутствовал, также объявлялись индоевропейскими. Совершенно очевидно, что такие «теории» не могли не наталкиваться на серьезные трудности. Так, например, с начала XX в. шнуровая керамика стала считаться неотъемлемым признаком «индоевропеизма», и соответственно все культуры, в которых она обнаруживалась, тут же причислялись к индоевропейским; при этом оставалось неясным, что делать, к примеру, с культурами Эгеиды, где с раннего неолита распространены крашеные сосуды; традиции расписной керамики удерживаются здесь до позднего времени, когда индоевропейская принадлежность соответствующих народов уже не вызывает сомнений. С другой стороны, археологи отмечали, что расписная керамика является одним из главным признаков переднеазиатских культур, носители которых говорили на языках, генетически не родственных, в том числе и индоевропейских (хетты, шумеры и др.).
Уже в предвоенный период и в 40-е годы все более решительно стало высказываться мнение об отсутствии прямолинейной связи между археологической культурой, антропологическим типом и конкретным этносом. Справедливо отмечалось, что археологические культуры, начиная по крайней мере с энеолита, полиэтничны; более того, отрицалось наличие причинной связи между языком и физическим типом, физическим типом и культурой и т.п. Указывалось, что каждый из перечисленных признаков имеет самостоятельную историю и пути становления, обычно не совпадающие у различных этнических коллективов, и единственное, что можно с уверенностью утверждать, — это то, что племенам, говорившим на индоевропейских языках, не были чужды, например, традиции культур шнуровой керамики или шаровидных амфор.
Перелом в подходе к индоевропейской проблематике наметился в конце 50-х — начале 60-х годов, когда расширенное изучение как археологии Центральной и Восточной Европы и прилежащих областей, так и соотношений между индоевропейской языковой семьей и другими семьями и многочисленные смежные исследования привели к выработке новых методологических основ для решения проблемы локализации прародины индоевропейцев. В свою очередь, насчитывающее более чем полуторавековую историю сравнительно-историческое изучение индоевропейской лексики и древнейших письменных источников позволило выявить древнейшие слои словарного фонда, характеризующие социальный уровень индоевропейцев, их экономику, географическую среду, бытовые реалии, культуру, религию. По мере совершенствования процедуры анализа степень достоверности реконструкций повышается. Этому же должны способствовать и более тесные контакты индоевропеистики со смежными дисциплинами — археологией, палеогеографией, палеозоологией и др. В качестве иллюстрации необходимости такого сотрудничества приведем один хорошо известный пример. Для ведийск. asi-, авест. anhu- «(железный) меч» реконструируется исходная форма *nsis с тем же значением. Однако данные археологии свидетельствуют о том, что эта восстановленная форма не является ни общеиндоевропейской, ни даже индоиранской, так как распространение железа в качестве материала для оружия датируется временем не ранее IX-VIII вв., когда не только индоевропейского, но и индоиранского единства уже давно не существовало. Поэтому более вероятна семантическая реконструкция данной основы как «оружие (меч?) из меди/бронзы».