Уже в этот период начинаются разногласия среди самих сторонников перестройки. Руководящее ядро партии, сформировавшееся вокруг Горбачёва, менее чем за два года оказалось расколото на противостоящие друг другу группы. Необходимость перемен осознавали все, но понимали эти перемены по-разному.
Первый удар по авторитету М. С. Горбачёва нанёс секретарь Московского горкома партии Б. Н. Ельцин. В сентябре 1987 г. он неожиданно выступил на торжественном Пленуме ЦК КПСС, посвящённом предстоящему празднованию 70-летия Октябрьской революции с резкой речью. Б. Н. Ельцин говорил о медлительности в осуществлении перестройки, критиковал политику секретариата партии и возглавившего его Е. К. Лигачёва, а так же заявил о возникновении в партии «культа личности» М. С. Горбачёва. В заключение он заявил о своей отставке из Политбюро.
Выступление Ельцина показалось присутствующим крайне путанным и непонятным. Участники пленума единогласно его осудили. Б. Н. Ельцин был снят с поста секретаря Московского горкома. Но, как показало время, это выступление было важным политическим шагом. Видя, что экономика страны вступает в полосу потрясений, Б. Н. Ельцин обозначил свою особую позицию, отмежевавшись от М. С. Горбачёва. Тем самым, один из представителей партийной номенклатуры превратился в лидера радикальных сторонников преобразований, приобрёл ореол народного героя и борца с бюрократией.
Лидером другого направления в партии стал Е. К. Лигачёв. Он занимал пост второго секретаря КПСС, отвечал за кадровую политику партии. Лигачёв также говорил о необходимости перестройки, ратовал за борьбу с коррупцией, за наведение порядка, дисциплины, но при этом выступал за сохранение основных параметров социалистической экономики, за сохранение в руках КПСС рычагов управления страной. Даже противники Лигачёва признавали его честность, высокую нравственность, убеждённость, но объективно его позиция становилась всё более и более консервативной. Е. К. Лигачёв был одним из вдохновителей «антиалкогольной кампании», выступал в защиту социализма, против очернения исторического прошлого страны. По мере углубления преобразований он всё более и более становился в оппозицию политике М. С. Горбачёва.
Следующий этап, 1987–1988 гг., можно охарактеризовать как этап, проходящий под лозунгом «больше демократии», в котором классовое понятие демократии было заменено общечеловеческим (либеральным) пониманием. Так как в существовавшей системе управления ведущую роль играла КПСС, то и реформу начала она. В этот период происходят кардинальные изменения в политической системе общества. В июне-июле 1988 г. прошла XIX Всесоюзная партийная конференция, определившая пути преобразований. Основным направлением провозглашалась передача власти от партийных органов Советам народных депутатов, обеспечение полновластия Советов всех уровней. Высшим органом власти в стране провозглашался съезд народных депутатов СССР (в республиках – республиканские съезды). Съезд избирал из своего состава постоянно действующий, двухпалатный Верховный Совет СССР и его председателя. Соответственно республиканские съезды избирали – Верховные Советы республик.
Конференция предложила проект нового закона о выборах, который был принят в декабре 1988 г. Выборы впервые в истории советского общества стали альтернативными (из нескольких кандидатур). Отменялись всякие разнарядки при выдвижении кандидатур в депутаты (ранее соблюдалось пропорциональное представительство всех классов). Вместе с тем решения конференции носили половинчатый характер, обеспечивали сохранение власти в руках КПСС (одна треть депутатов съезда избиралась от общественных организаций – КПСС, профсоюзов, комсомола и других, предусматривалось совмещение постов Председателей Советов всех уровней и соответствующих партийных руководителей, при условии избрания их в эти советы).
Выборы в высшие органы власти открыли новый этап – этап размежевания в лагере перестройки (1989–1991 гг.). Выяснилось, что различные политические силы вкладывали в этот термин различное содержание, что вовсе не «все мы по одну сторону баррикад», как любил повторять М. С. Горбачёв. В ходе предвыборной кампании широко обсуждались вопросы экономического и политического развития страны. На выборах потерпели поражение многие секретари областных и городских комитетов партии, работники партаппарата, в то же время были избраны ряд деятелей, находившихся в оппозиции режиму, таких, как академик А. Д. Сахаров.
В апреле 1989 г. открылся I Съезд народных депутатов СССР. Съезд избрал Верховный Совет СССР. Председателем стал М. С. Горбачёв. На съезде начала складываться оппозиционная группа депутатов, так называемая «межрегиональная группа», куда вошли бывший секретарь Московского горкома КПСС Б. Н. Ельцин, триумфально выигравший выборы в Москве, А. Д. Сахаров, Т. X. Гдлян, Г. X. Попов, А. А. Собчак, Н. И. Травкин, С. Н. Станкевич, Т. А. Заславская.
В марте 1989 г. прошли выборы в Верховные Советы республик и местные Советы. На этих выборах депутаты от общественных организаций уже не избирались. В ходе выборов стали создаваться политические партии и течения, противостоящие КПСС. В большинстве регионов они одержали победу над партийными структурами. Московский Совет возглавил Г. X. Попов, Ленинградский – А. А. Собчак. В июне 1990 г. I Съезд народных депутатов РСФСР избрал Верховный Совет республики. Его председателем стал Б. Н. Ельцин.
В марте 1990 г. III внеочередной Съезд народных депутатов СССР принял решение о переходе к президентской системе правления. Съезд избрал президентом страны М. С. Горбачёва. Было принято решение об отмене ст. 6 Конституции СССР, провозглашавшей руководящую и направляющую роль КПСС в политической системе советского общества. Тем самым окончательно завершилась передача власти из рук партийных органов в руки Советов. В октябре 1990 г. был принят закон СССР «Об общественных объединениях», признавший наличие в стране многопартийности.
С отменой статьи 6 КПСС становилась просто одной из политических партий (правда, других партий пока не существовало, они ещё находились в стадии формирования). Это создавало проблемы для функционирования и деятельности всех других государственных структур и органов, ранее подчинённых КПСС и выполнявших её директивы. Возникла необходимость пересмотра всей политической системы советского государства. Было немыслимым, чтобы партия безоговорочно отказалась от власти, которой распоряжалась 70 лет, поэтому резко усилилась оппозиция М. С. Горбачёву в рядах самой партии. М. С. Горбачёв пытался проводить центристскую политику, отмежёвываясь как от радикалов, так и от консерваторов. В апреле 1989 г. на Пленуме ЦК «добровольно» подали в отставку сразу 10 человек из состава ЦК, ушёл на пенсию Е. К. Лигачёв, из «брежневского» состава Политбюро к концу 1989 года оставалось лишь двое (М. С. Горбачёв и Э. А. Шеварднадзе). Всего за 1985–1990 гг. было заменено 85% руководящих работников ЦК КПСС.
Театром наиболее ожесточённых схваток стал XXVIII (последний) съезд КПСС, состоявшийся в июле 1990 г. К тому времени авторитет партии резко упал, её численность сократилась с 21 млн. человек в 1985 г. до 15 млн. человек к лету 1990 г. На этом съезде партия фактически раскололась. Из неё выделилась, так называемая, «демократическая платформа», образовавшая самостоятельную партию. С другой стороны, в июне 1990 г. была создана коммунистическая партия РСФСР, стоящая на ортодоксально-коммунистических позициях. В самый разгар дискуссий на съезде слово взял Б. Н. Ельцин, объявив о своём выходе из КПСС и предложив партии самораспуститься. Это выступление популярнейшего лидера нанесло фактически смертельный удар КПСС. Съезд не преодолел кризиса партии, его программный документ «К гуманному, демократическому социализму» носил половинчатый, расплывчатый характер, пытался примирить различные направления в партии.
Б. Н. Ельцин уже открыто переходит на антикоммунистические позиции, начинает борьбу за власть. Ему удалось сплотить в единую коалицию силы совершенно различной политической ориентации на платформе общей борьбы против КПСС. Политические убеждения самого Б. Н. Ельцина проследить достаточно сложно. Он говорил о необходимости кардинальных реформ, не уточняя, что имеет ввиду. Основным лозунгом его пропагандистской кампании была борьба против привилегий партийной и государственной номенклатуры, принёсшие ему огромную популярность в народе. Сторонники Б. Н. Ельцина составляли весьма широкий спектр политических сил: от радикальных демократов (Г. X. Попов, А. А. Собчак) и радикальных националистов (В. П. Астафьев) до высокопоставленных представителей номенклатуры, видевших в Б. Н. Ельцине авторитетного лидера, способного навести порядок в стране, неважно с КПСС или без неё (Ю. В. Петров – бывший секретарь Свердловского обкома КПСС, О. И. Лобов – бывший председатель Свердловского облисполкома, Д. А. Волкогонов – бывший заместитель начальника Главного Политуправления Советской Армии).