В первом письме Наполеону Бернадот сообщил о своём неодобрении как готовящейся вылазкой справа со слабым руководителем, каким был Пишегрю, так и вознёй слева в лагере якобинцев. Он, со своей стороны, приветствовал бы развитие в стране центристских тенденций.
На следующий день Ожеро был назначен комендантом Парижа. 27 августа состоялось торжественное вручение трофейных знамён Директории. С речью выступил Бернадот, произнёсший дежурные фразы о преданности Итальянской армии идеалам революции и выразивший надежду на то, что противоречия в стране улягутся сами собой. Генерал тщательно избегал выражений, которые свидетельствовали бы о вмешательстве военных в политику. И тут слово взял новый президент Директории Ляревелльер. Он так грубо напал на правых, что все слова Бернадота о примирении были тут же забыты, и в воздухе запахло настоящей войной. Бернадот, хотел он того или нет, предстал на этом сборище единомышленником Ляревелльера, тем более что сразу после церемонии со знамёнами директора Баррас и Рёбелль пригласили его к себе отпраздновать событие.
Бернадот неизбежно начал дрейфовать в сторону воинственных сторонников власти. 29 августа он выступил в газете Le Grondeur со статьёй, в которой снова подчеркнул свою лояльность к Директории и в резких тонах заклеймил её врагов. Во втором письме Наполеону его агрессивный тон по отношению к роялистам сохраняется. В то же время он категорически отказывается стать рядом с Ожеро — идея государственного переворота его по-прежнему не вдохновляет. В письме к Наполеону он выражает желание как можно быстрее покинуть Париж и вернуться в Италию. Отпуск оказался совсем не таким, каким он себе его представлял тремя неделями раньше.
4 сентября 1797 года Директория дала наконец Ожеро отмашку, и тот немедленно приступил к выполнению давно подготовленного предприятия. Его солдаты легко окружили нужные здания — в основном правительственные, в которых сидели заговорщики, и всех их, как покорных кроликов, арестовали. Л.Карно успели предупредить, и ему удалось бежать. 17 руководителей заговора отправили "на сухую гильотину" — в ссылку во Французскую Гвиану, "вредные" партии запретили, а выборы в 48 департаментах отменили. Первый военный переворот прошёл быстро и бескровно. Благодаря поддержке Наполеона Директория усидела у власти.
Бернадот на три дня предусмотрительно удалился из столицы и в неизвестном месте пережидал события. В письме Наполеону он написал: "Если бы делу республики угрожала опасность, я конечно бы принял участие, но поскольку не было и намёка на такую катастрофу, я не думал, что мой долг махать ещё одним мечом в этом скоротечном деле, и так слишком военном по своему характеру". В этих словах чувствуется ирония и некоторая доля обиды. На кого? На Наполеона, который сделал ставку на Ожеро, а его использовал как простого курьера? На Директорию, не предложившую ему никакой роли в перевороте 18 фрюктидора? Или на себя и свою нерешительность?
Между тем члены Директории по отношению к Ожеро большого восторга не испытывали и искали ему замену. Вероятно, разобравшись в характере и поведении Бернадота, они стали обращать свои взоры в его сторону. Сам Баррас нанёс генералу несколько визитов и перед его выездом из Парижа вручил подарок от Директории — несколько коней, 2 инкрустированных пистолета, изготовленных на Версальсом заводе, и саблю. К генералу явилась также делегация ветеранов и многозначительно попросила остаться. Директория начала перетасовку своих генералов, и Наполеон, очевидно не желая возвращения Бернадота в Италию, предложил Директории сделать его командующим корпусом в Марселе. Бернадот отказывался, говорил, что на этом посту потребуются глубокие знания человеческой натуры и твёрдый примиренческий характер, в то время как он — простой солдат и привык воевать. В Марселе, сообщает швед Хёйер, ему бы пришлось заниматься чисткой скомпрометировавших себя сторонников Пишегрю, а это было мало приятным занятием. Уж лучше он вернётся на своё старое место. Директория настаивала, и тогда он обставил своё назначение целым рядом требований: гарантия выплаты солдатам и офицерам жалованья, ограничение полномочий комиссаров Директории, выделение секретных сумм денег, необходимых ему для ведения гражданской войны в округе и др. Требования показались Директории неприемлемыми, и вопрос с назначением отпал.
Прежде чем покинуть Париж, Бернадот снова сделал запрос о возможности перевода его на службу в Индию. Согласно воспоминаниям Барраса, генерал представил ему подробный и обстоятельный план изгнания англичан из Индии. Бернадот действовал отнюдь не с кондачка, а изучал культуру и географию Индии. Ему в этом помогал некто Жаклен, морской офицер-энтузиаст, также горевший идеей повоевать в Индии. В качестве альтернативного плана Бернадот предлагал план высадки в Канаде и открытия там фронта против англичан. На сей раз, как и раньше, ничего из этих планов генерала не вышло, и он получил назначение в свою итальянскую дивизию. Бернадот торопился, потому что из Италии пришли слухи, что Наполеон планирует расформировать его дивизию и вручить ему новую.
13 октября 1797 года Бернадот появился в Удине и в замке Пассериано встретился со своим главнокомандующим. Наполеон сделал вид, что ничего особенного не произошло, и стал посвящать его в некоторые детали начавшихся в Кампо-Формио мирных переговоров с австрийцами. Бернадот тоже сделал вид, что не заметил дурной игры и стал настаивать на идее скорейшего заключения с Австрией мира. Далее Бернадот сказал, что и роялисты знают о том, что Наполеон сыграл свою роль в подавлении заговора, что республиканцы тоже относятся к нему с недоверием и что самым лучшим выходом в этой ситуации был бы для всех мир с австрийцами.
Оценка ситуации Бернадотом сильно противоречила точке зрения на неё членов Директории. Директора пребывали на верху блаженства и праздновали победу, которая окончательно свихнула им головы. О мире они и не помышляли, поскольку нисколько не желали появления в Париже кузнеца их счастья — генерала Наполеона. Его они боялись, поэтому были заинтересованы держать его подальше от столицы как можно дольше. Получалось, что совет Бернадота был продиктован вполне искренним пожеланием Наполеону добра.
Наполеон колебался, он был близок к тому, чтобы в самом ближайшем будущем возобновить военные действия против австрийцев, но в конце концов последовал совету Бернадота. Он взвесил все обстоятельства и пришёл к выводу о том, что мир послужит ему на пользу. Он представит его как детище своих рук и снова окажется не на обочине большой политики, а в самом её центре.
Бернадот потом утверждал, что в значительной мере способствовал заключению Кампоформийского мира. Граф Кобленц, глава австрийской делегации, считал, что помощь Бернадота заключалась в той информации, которую он привёз с собой из Парижа и которая сделала Бонапарта более сговорчивым. Как бы то ни было, 17 октября в местечке Пассериано, спустя четыре дня после прибытия в Италию Бернадота, было подписано мирное соглашение с Австрией.
Наполеон пригласил его на обед, на котором, в частности, должны были присутствовать также начальник штаба Итальянской армии генерал Сарразэн и австрийский генерал Марфельдт. Когда Бернадот появился в апартаментах главнокомандующего, его встретил дежурный офицер Жерод Дюрок и попросил подождать, потому что Наполеон пишет письма. Бернадот был уязвлён: он явился по приглашению в точно назначенное время, а его держат в передней!
— Скажите генералу, что генералу Бернадоту не пристало ждать в прихожей! — сказал он Дюроку.
В Париже даже исполнительные директоры не подвергали его такому унижению.
Тут же открылась дверь, и вышел Наполеон — словно он стоял за дверью и слушал. Он извинился и уговорил Бернадота остаться. Весь вечер он был сама предупредительность и вежливость. Во время обеда обсуждали качества генералов Оша (Hoche), Ожеро, Массена, Клебера, вспоминали полководцев прошлого — Македонского, Ганнибала, Цезаря. Наполеон, как бы между прочим, спросил Бернадота о его мнении относительно гоплитов, македонской фаланги и структуры римского легиона. Ах, генерал не знает? Ну тогда он его просветит на этот счёт!