О его студенческой жизни мы ничего не знаем, но сохранились воспоминания швейцарского врача Феликса Платтера, который учился в Монпелье в 1552–1556 годах. Он описывал, как студенты выкапывали по ночам трупы на городском кладбище Сен-Дени, чтобы тайно анатомировать их при подготовке к экзамену. Была и другая возможность повысить уровень знаний — снять с виселицы тело казненного, чем тоже занимались студенты, среди которых, вполне возможно, был и Мишель. Упорно занимаясь, он мог пройти трехлетний курс обучения за два года, поскольку уже являлся магистром искусств. Для получения степени лиценциата от него требовалось прочитать товарищам курс публичных лекций, занимающий три месяца. После этого он сдал экзамены, выплатив, как полагалось, каждому из экзаменаторов денежную сумму и угостив их ужином. Через неделю после последнего экзамена он сдал ведущим профессорам университета тест по «строгим пунктам» — толкование самых темных фрагментов древних медицинских сочинений. После успешной сдачи он еще через неделю отправился во дворец епископа Маглонского, покровителя университета, и получил из его рук свидетельство лиценциата.

Летом 1532 года, уже через год, он стал доктором медицины, хотя обычно это занимало не менее двух лет. Экзамены на докторскую степень состояли из шести испытаний и занимали три полных дня. Одним из испытаний было обсуждение специально написанной работы, посвященной одному из злободневных вопросов медицины.

Доктором становился кандидат, за которого высказались не менее двух третей профессоров. Судя по ускоренному получению Нострадамусом степени, он был в университете на хорошем счету и прошел испытание без проблем. После этого ему вручили атрибуты доктора: черную бархатную шапочку с красной верхушкой, золотое кольцо и расшитый золотом пояс. Прочитав торжественную клятву Гиппократа, молодой врач отправился вместе с экзаменаторами отмечать событие в лучшую таверну Монпелье. После этого он поспешил покинуть город — найти работу там, где жили лучшие врачи Южной Франции, было нереально, и он отправился в Тулузу, где бывал уже не раз. Столица Лангедока, отстроенная из красного кирпича после недавнего пожара, встретила гостя дымом костров. Местные буржуа, преданные католической вере, сжигали еретиков, включая профессора права местного университета Жана Катюрса, знакомого Нострадамуса и Рабле. Последний писал в романе, что его Пантагрюэль заглянул в Тулузу, но «едва он увидел, что студенты живьем поджаривают своих профессоров, точно это копченые сельди, то не стал там долее задерживаться».

Мишель поступил так же, но успел издать в городе свое первое дошедшее до нас сочинение — «Парафраза Галенова увещевания Менодота в изучении изящных искусств, а также медицины». Эта небольшая книжка представляет собой перевод греческого сочинения, приписанного Галену и посвященного полезности изучения медицины. По-видимому, Нострадамус перевел ее не с греческого, которого толком не знал, а с латинского перевода Эразма Роттердамского, сделанного незадолго до этого. В книге интересно только то, что она написана в тяжеловесном, но вполне качественном ренессансном стиле, выдающем в авторе если не талантливого медика, то перспективного литератора. Скорее всего, она представляет собой докторскую диссертацию Нострадамуса, поскольку в предисловии он хвалит «ученейших» врачей из университета Монпелье. Он также воспользовался случаем, чтобы поблагодарить за советы своего брата Жана, который в то время уже занялся краеведческими изысканиями.

Там же, в Тулузе, молодой врач получил письмо от прославленного Жюля Сезара Скалигера — ученого-гуманиста, поэта и врача. Итальянец Джулио Бордоне в молодости перебрался во Францию, где взял фамилию Скалигер (по-французски — Лескаль) в честь своих дальних родственников, правителей Вероны. Прославившись как знаток и комментатор античных текстов, он поселился в Ажене недалеко от Тулузы и взял в жены юную дочь купца, родившую ему восемь детей. Один из сыновей, Жозеф Скалигер, тоже стал знаменитым ученым, основателем современной научной хронологии. Скалигер-старший особенно прославился своей полемикой со знаменитым Эразмом Роттердамским, резко раскритиковав его латинский перевод Нового Завета. Среди множества его увлечений была и астрология, однако Нострадамус еще ничем не проявил себя в этой области. Вероятно, итальянец был наслышан о его успехах в медицине, поэтому и пригласил в Ажен, обещая устроить там на работу. Как и все ренессансные ученые, он был заинтересован в молодых талантливых учениках, которые продвигали бы его идеи и прославляли бы его имя на новой родине.

Мишель охотно принял предложение мэтра, получив в Ажене медицинскую практику. Вскоре он женился на дочери одного из пациентов, — по словам Шавиньи, «достойной и очень красивой девушке». Ее имя точно неизвестно, хотя, по словам аббата Торне-Шавиньи, еще одного биографа Нострадамуса, ее звали Анриетта (или Андиетта) д’Энкосс. Теперь у него был уютный дом, где по выходным они с женой принимали Скалигера и его ученых друзей. Мишель особенно сдружился с профессором Филибером Саразеном, который принадлежал к числу лютеран. Учение Лютера лишь недавно стало известно во Франции, его еще не воспринимали как угрозу существующему порядку, и его сторонники могли жить спокойно, не скрывая своих взглядов. Сохранился анекдот, согласно которому Скали-гер и Нострадамус однажды собрались покинуть Ажен, и городские власти, не желая допустить этого, предложили им богатые подарки. Двое ученых отказались, заявив, что дары лучше раздать беднякам и инвалидам. Тогда восхищенные таким великодушием горожане пронесли их по улицам на руках.

Это сомнительно, учитывая, что Скалигер никогда не был великодушен — его отличали мелочность, зависть и вспыльчивый, нетерпимый характер. Через несколько лет после появления Нострадамуса в Ажене итальянец вдруг начал относиться к нему враждебно. Скорее всего, причиной была его растущая известность и популярность у горожан. Уже не раз Скалигер рвал из-за этого отношения со своими друзьями или коллегами, осыпая их оскорблениями и распуская порочащие их слухи. Франсуа Рабле говорил о нем: «Я хорошо знаю этого человека и все время жду, когда он оскорбит и меня». Но, возможно, у ссоры была другая причина — слишком уж внезапно она возникла, да и известность Нострадамуса была явно невелика. Быть может, ревнивому итальянцу показалось, что Мишель ухаживает за его молодой женой, которую тоже звали Андиетта. Как бы то ни было, с тех пор Скалигер до самой смерти в 1558 году сохранял враждебность к бывшему ученику. Когда тот стал знаменит на всю Европу, он язвил его злобными антисемитскими эпиграммами, балансирующими на грани откровенного доноса. Нострадамус не отвечал тем же — напротив, в 1552 году он называл бывшего учителя «человеком сведущим и ученым… одним словом, личностью, которую можно сравнить разве что с Плутархом или Марком Варроном».

От ссор и тревог он отдыхал дома, в обществе Анриетты, родившей ему двоих детей — мальчика и девочку. Горожане не отвернулись от своего доктора, число его клиентов росло, и почти ежедневно он, усевшись на мула, отправлялся с визитами к больным в Ажене и его окрестностях. В феврале 1538 года Скалигер снова доставил ему неприятности: из-за него Нострадамус попал под подозрение инквизиции. Услышав о появлении в городе лютеран, инквизиция Тулузы отправила в Ажен свое доверенное лицо — монаха-доминиканца Луи де Роше по прозвищу Рошето. Первым делом он собрал горожан в церкви и призвал их доносить на своих соседей и родственников, приверженных ереси. Как обычно, доносчиков нашлось немало, и первыми их жертвами стали ученые, чьи непонятные дела и интересы были подозрительны черни. Сначала попал под подозрение иноземец Скалигер, потом дознаватели занялись кругом его знакомых и единомышленников.

Среди прочих в местном архиве сохранился донос на Нострадамуса — его написали трое монахов, сообщившие, что в первые годы пребывания в Ажене доктор в их присутствии оскорблял образы Христа и святых. По их словам, однажды на рынке у стен монастыря августинцев один из монахов отливал из свинца фигурки Богоматери и тут же продавал их собравшимся. Увидев это, Нострадамус начал возмущаться и говорить, что монах поощряет идолопоклонство. В другой раз он будто бы заявил, что нужно выкинуть из храмов все иконы и статуи святых. Такая точка зрения была обычной для лютеран, и ее разделяла немалая часть французских интеллектуалов — во всяком случае, пока им за это ничего не грозило. Но со временем власть и церковь, осознав исходившую от протестантов опасность, стали относиться к ним гораздо суровее, и Нострадамусу грозила серьезная опасность. Еще хуже пришлось Филиберу Саразену, который открыто проповедовал лютеранские идеи. Инквизитор Рошето отдал приказ о его аресте, но профессор, предупрежденный друзьями, успел сбежать.