Население колонии росло крайне медленно. К 1640 г. в Новой Франции (включая Акадию) проживало около 300 французов, главным образом солдат, мехоторговцев и священников, к 1660 г. — около 2,5 тысяч. Это было много меньше, нежели в американских владениях Испании, Голландии или Англии. Поэтому приходилось опасаться захвата малонаселенной колонии англичанами из Массачусетса или голландцами из Нью-Йорка. Да и купеческих капиталов явно не хватало для освоения огромных территорий от Атлантики до Великих озер: медленно развивавшаяся французская буржуазия не обладала такими денежными ресурсами, как голландская или английская.
Управленческих навыков нормандским и бретонским предпринимателям пока тоже недоставало. Никому не подчинявшаяся и не подотчетная Новофранцузская компания правда, пыталась руководить колонией, но она находилась в метрополии, к тому же между ней и колонией находилась целая сеть дочерних компаний. Подобная система не оправдывала себя. В Новой Франции обрабатывалось менее 1% земель (шесть гектаров!). Не было ни школ, ни крепостей, ни ремесел, ни церковной епархии. Купечество из Новофранцузской компании это не огорчало — оно получало солидные барыши, скупая пушнину у индейцев. Но духовенство и офицеры Квебека просили метрополию о помощи.
В метрополии осознали опасность утраты с трудом основанной колонии. Ставший к этому времени министром «короля-солнца» Людовика XIV крупный администратор и экономист Жан Кольбер настоял на переводе Новой Франции под прямое управление правительства (1663). Она отныне становилась коронной колонией. Известие об этом в Квебек было поручено доставить одному из видных деятелей Новой Франции — землевладельцу и офицеру Пьеру Буше, носившему звание «сеньора Монреаля».
Кольбер и его уполномоченные много сделали для укрепления безопасности Новой Франции и организации деятельности колониальной администрации. В колонию прибыли королевские чиновники (нотариусы, сборщики налогов, судьи, прокуроры, землеустроители) во главе с губернатором и интендантом. В Новую Францию стали регулярно заходить не только торговые суда, но и суда французского военного флота (Кольбер был по совместительству морским министром). Появились офицеры регулярных вооруженных сил, в том числе в генеральских чинах.
Колония усилиями Кольбера приобрела стройную систему управления. Губернатор, обычно знатного происхождения, был верховным правителем. Его власть была ограничена только властью монарха. Подчиненный непосредственно королю, губернатор руководил внешними сношениями колонии, распоряжался войсками, созывал ополчение. Он мог отменить любой судебный приговор, вынесенный в Новой Франции. Губернатор, следовательно, был главой государства в миниатюре.
Интендант, назначавшийся из лиц незнатного происхождения, подчинялся морскому министру в Париже и был вторым в колонии лицом — после губернатора. Он контролировал текущую работу чиновников, управлял колониальными финансами, отвечал за прием иммигрантов и их расселение. Он же следил за законностью, исполняя обязанности главного прокурора. Интендант издавал декреты, в том числе и за собственной подписью, возглавлял Высший совет Новой Франции, игравший роль колониального апелляционного суда. В целом полномочия интенданта, по тогдашним понятиям, были аналогичны полномочиям первого министра метрополии. Как губернатор, так и интендант назначались и смещались по усмотрению монарха и морского министра. В XVII в. губернатор иногда руководил колонией без интенданта. В следующем столетии подобных случаев не отмечалось. Но так или иначе вся ответственность за положение колонии лежала на губернаторе.
Губернаторами и интендантами обычно назначали способных и энергичных чиновников. Таковы, например, были губернаторы маркиз Жорж де Треси (1663–1672) и граф Луи де Фронтенак (1672–1698) и интендант Жан Талон (1662–1672).
Под руководством Треси и Фронтенака военные возвели в Квебеке цитадель, превратив почти беззащитную ранее торговую факторию в неприступную крепость. При сооружении цитадели были искусно использованы холмы, на которых строился город Квебек. Затем в Акадии по канонам видного военного деятеля маршала Себастьяна Вобана возвели еще одну более мощную крепость — Луисбур, ставшую «ключом к Квебеку» и «американским Гибралтаром». Подобных крепостей не было тогда во владениях соседних колониальных держав — Голландии и Англии.
Прибытие регулярных войск и флота было весьма кстати. Во время очередной англо-французской войны (1689–1697) английская эскадра с десантом на борту снова вошла в реку Святого Лаврентия и атаковала Квебек (1690). В отличие от 1629 г. оборона города прошла успешно. В крепости было достаточно запасов. Гарнизон находился в полной боевой готовности, вовремя удалось собрать ополчение. На предложение англичан сдать крепость Фронтенак заявил: «Вместо меня ответят мушкеты и пушки». После ожесточенной канонады подбитые английские корабли отступили. Повторное нападение было сорвано слухами о скором прибытии французского флота под руководством одаренного адмирала Анри де Турвилля, известного своими победами над англичанами. Созданная Кольбером и Турвиллем морская мощь Франции надолго обезопасила долину реки Святого Лаврентия от ударов с моря.
На суше всю вторую половину XVII в. шла Ирокезская война, перевес в которой первые двадцать лет был на стороне ирокезов, временами доходивших до Хочелаги и штурмовавших ее. Ирокезы получали огнестрельное оружие и припасы у английских губернаторов и колонистов Массачусетса, Нью-Йорка и Пенсильвании. Многие союзные Франции племена были разбиты, часть только что основанных деревень сожжена, жители вырезаны. Нескольких священников, взятых в плен и не отрекшихся от Христа, ирокезы после пыток сожгли живьем. Так погиб, в частности, миссионер Жан де Бребеф, проповедовавший христианство у Великих озер. О напряженности боев и об опасном положении Новой Франции впоследствии напоминали мемориальные доски такого содержания: «На этом месте Трюдо и Ланжевен-Лакруа выстояли против полусотни ирокезов».
Равновесие сил на суше наступило только к 70-м годам XVII в. В последующие двадцать лет французам удалось окончательно консолидировать свою базу поддержки среди уцелевших гуронских племен, физически истребить значительную часть ирокезов и изгнать оставшихся с квебекской территории. В 1701 г. ирокезы заключили с губернатором Новой Франции мир на условиях ненападения на колонистов. Поскольку губернатор ничего не обещал ирокезам, они в дальнейшем отступили на юго-запад — в долину Огайо, продолжая оставаться союзниками англичан.
Победы над ирокезами повлекли за собой значительное расширение французской сферы влияния в Новом Свете. Миссионеры и исследователи из Новой Франции, значительно опередив английских конкурентов, занятых захватом Атлантического побережья, проникли в первой половине XVIII в. далеко в глубину Американского материка. На западе они добрались до Верхнего озера и до отрогов Скалистых гор, а на юге — до субтропиков устья Миссисипи и Мексиканского залива.
Разведанную колоссальную территорию, на которой позже разместилось около десяти американских штатов (Огайо, Висконсин, Иллинойс, Вайоминг, Миссури и другие) в 1700 г. нарекли в честь «короля-солнца» Луизианой. Французские первопроходцы основали целый ряд новых поселений. На картах Нового Света появились Де-Труа (позже ставший Детройтом), Сан-Луи (превратившийся впоследствии в Сент-Луис), Форт-Дюкень, Фронтенак, Батон-Руж, Новый Орлеан. По праву первооткрывателя Франция заявила о притязаниях на всю долину Огайо — реки, обеспечивающей удобный путь из Квебека к Миссисипи и далее к Мексиканскому заливу.
Большую часть исследовательской работы выполнили выдающиеся географы во главе с армейскими офицерами Пьером де Ла Верендре (1685–1749) и его сыном Луи-Жозефом де Ла Верендре (1717–1761), ставшими учеными. И укрепление Новой Франции, и расширение ее границ, и изучение континента имели разумеется большое значение. Перед Новой Францией открывались благоприятные перспективы развития. Но ахиллесовой пятой оставался острый недостаток населения.