На втором этапе (до 15.09.89 г.) от Шинданта до Кандагара. Общее руководство на этом этапе осуществлял начальник Генерального штаба генерал-полковник Делавар. Ответственность за организацию боевых действий и безопасность проводки колонны от Шинданта до Гиришка возлагалась на командира 4-го армейского корпуса генерал-лейтенанта Дауда, от Гиришка до Кандагара на командира 2-го армейского корпуса генерал-полковника Олюми. От нашей оператавной группы работала группа офицеров под руководством генерал-майора Ю. М. Никитина.

На втором этапе противник предпринимал наиболее решительные и активные меры к уничтожению колонны. С этой целью моджахеды сосредоточили крупные силы общей численностью 4,5 тыс. человек с тяжелым оружием и противотанковыми средствами. В шести районах были организованы засады. С целью психологического давления в оппозиционной, пакистанской и западной печати распространялись материалы о том, что за последние годы ни одна колонна в Кандагар не проходила и не пройдет.

Были неоднократные сообщения в печати о полном уничтожении колонны. Мятежники широко применяли минирование дорог и обходных маршрутов. Может быть здесь не все было точно, но так писала пресса. Афганским командованием были приняты необходимые меры по обеспечению безопасности проводки колонны. Перед прохождением колонной очередного суточного участка маршрута (50–60 км) выставлялись усиленные посты, которые приходилось занимать в ряде случаев после ожесточенных боевых действий. По группировкам противника наносились удары авиации. Осуществлялись непрерывная поддержка и прикрытие боевых подразделений и колонн машин, вертолетами. Для решения этих задач использовалась авиация с аэродромов Шиндант и Кандагар. Часть авиации была перебазирована с аэродрома Мазари-Шариф на Шиндант. С помощью авиации осуществлялись также воздушная разведка, доставка боеприпасов, горючего, воды, эвакуация раненых и убитых.

Основные усилия (до 3,5 тыс. человек) противник сосредоточил вдоль основной дороги на Кандагар, окруженной зеленой зоной, рассчитывая, что в обход города с севера и юга колонна не сможет пройти, так как по этим маршрутам колонны никогда не ходили.

В ходе переговоров с душманами (за соответствующую оплату и выделение продуктов) удалось 247 гражданских машин с продовольствием доставить по основной дороге на Кандагар. Остальную колонну было решено повернуть на юг и повести по пустынной полевой дороге. Несмотря на труднопроходимость этого маршрута, движение по нему давало определенные выгоды, ибо местность в зоне этой дороги, будучи открытой, затрудняла действия противника и создавала благоприятные условия для нашей авиации. Этот участок маршрута (100 км) был пройден за 7 суток. Колонный путь прокладывал отряд обеспечения движения (инженерные машины под прикрытием боевого охранения). Всего к 15.09.89 г. в Кандагар прибыло 647 единиц техники, доставлено около 1000 тонн боеприпасов и других материальных средств.

В целом на втором этапе, марш протяженностью 540 км, сопровождавшийся напряженными боевыми действиями, был совершен за 17 суток. Марш и боевые действия осуществлялись в основном организованно. Президент Наджибулла назвал это предприятие «настоящей наступательной операцией». С точки зрения военной прибытие в Кандагар свыше 100 единиц бронетанковой техники, доставка боеприпасов и других грузов существенно повысила боеспособность войск Кандагарского гарнизона.

Прорыв колонны в Кандагар, срыв отчаянных усилий моджахедов по ее уничтожению имело, безусловно, и большое политическое значение. Население встретило головную часть колонны с ликованием. По указанию Президента республики прибытие колонны в Кандагар широко освещалось в печати, по телевидению и других средствах массовой информации.

Таким образом только на фоне активных крупномасштабных боевых действий вокруг Кабула, Джелалабада, Хоста, вдоль магистрали Кабул — Хайротон остальные районы страны выглядели относительно спокойными. В действительности же острое противоборство правительственных сил и вооруженной оппозиции происходило по всей стране. Но формы его проявления, способы борьбы были различными.

Для мобилизации всех сил и ресурсов страны в интересах обороны и руководства всеми государственными органами, занимающимися оборонными вопросами, в Республике Афганистан до мая 1990 г. существовал Высший Совет обороны Родины.

В Совет обороны входили: Наджибулла (председатель, президент), Абдул Рахим Хатеф (первый заместитель), Султан Али Кештманд (заместитель, премьер-министр); члены Совета: Шах Наваз Танай (министр обороны), Мухаммед Аслам Ватанджар (министр внутренних дел), Гулям Фарук Якуби (министр государственной безопасности), Мухаммед Рафи (вице-президент), Абдул Вакиль (министр иностранных дел), Ниаз Мухаммед Моманд (секретарь ЦК НДПА), Наджимуддин Кавьяни (госсекретарь), Мир Сахеб Карваль (секретарь ЦК НДПА), Мухаммед Асеф Делавар (начальник генерального штаба), Хабдар Масуд (госсекретарь), Фарид Маздак (секретарь ЦК НДПА), А. Лудин (командующий обороной Кабула), Кадыр Ака (командующий ВВС), Назар Мухаммед (госсекретарь по делам призыва), Сулейман Лаек (министр племен), Дауд Размьяр (первый секретарь Кабульского обкома НДПА), И. Тухи (помощник президента), Абдул Хак Олюми (секретарь Совета обороны).

В последующем предусматривалось, что важнейшие оборонные вопросы должны решаться Лойя Джиргой (Высшим Советом авторитетов). Но все эти органы существовали лишь формально и собирались периодически.

В действительности решения по наиболее важным военно-политическим вопросам принимались на Политическом бюро ЦК НДПА и на пленумах ЦК НДПА. Практически, повседневные вопросы руководства оборонными делами и вооруженными силами решались Ставкой Верховного Главного командования вооруженными силами Республики Афганистан. Председателем Ставки и Верховным Главнокомандующим вооруженными силами был Наджибулла.

В состав Ставки Верховного Главнокомандования, кроме председателя, входили: первый заместитель Мухаммед Рафи, министр обороны Шах Наваз Танай, министр внутренних дел Мухаммед Аслам Ватанджар, министр госбезопасности Гулям Фарук Якуби, секретарь ЦК НДПА, госсекретарь Мир Сахеб Карваль, начальнлк Генерального штаба Мухаммед Асаф Делавар, командующий обороны Кабула А. Лудин (в 1990 г. — генерал Азими), командующий ВВС и ПВО генерал Кадыр Ака, заведующий военным отделом ЦК НДПА Абдул Хак Олюми.

Кроме того, на заседания Ставки приглашались другие должностные лица, необходимые для обсуждения вопросов, выносимых на заседание Ставки.

С Советской стороны обычно присутствовали советник президента Верховного Главнокомандующего по военным вопросам, главный военный советник, работавший при Министерстве обороны, советники при МГБ и МВД.

На заседаниях Ставки обсуждались в основном текущие оперативные вопросы и периодически коренные проблемы военного строительства и боевого применения вооруженных сил. С тем, чтобы фундаментальные вопросы военного строительства заблаговременно с предвидением разрабатывались, а не рассматривались лишь тогда, когда уже они подпирают, мы предложили президенту составить перспективный план рассмотрения наиболее важных вопросов (организация призыва, организационно-штатных вопросов, создания резервных формирований, идеологической работы в вооруженных силах и др.). Наджибулла в принципе согласился. Проект такого плана был подготовлен, но реализовать его в полной мере не удавалось. То оказывалось, что соответствующий вопрос не проработан и не согласован между различными ведомствами, то президенту он представлялся недостаточно срочным и назревшим. В последующем это приводило к тому, что эти вопросы все равно приходилось рассматривать, но с опозданием и в недостаточно подготовленном виде. Жизнь еще раз подтверждала истину: кто берется решать частные вопросы, не решив общих, тот затем вынужден на каждом шагу спотыкаться об эти общие вопросы.