Несмотря на некоторые принятые меры, не удавалось ликвидировать перепутанность подразделений в районах боевых действий, надерганных из разных соединений и частей различных ведомств. Подразделениям, которые при обострении обстановки направлялись в Хост, Джелалабад, вост. Суруби, Саланг, как правило, давалось обещание, что посылаются они туда на несколько недель. Но по условиям обстановки снять их оттуда было невозможно, а оставление в районах боевых действий вызывало недовольство и все более частые случаи дезертирства.
Многие трудности в комплектовании войск и вообще в организации военной службы возникали вследствие того, что афганское государство находясь в состоянии войны, многие военные задачи решались по законам мирного времени. Это относилось к системе призыва и увольнения, срокам службы, мобилизации всех ресурсов для ведения войны и др. Однако руководство Республики Афганистан не считало возможным полностью переводить страну на военное положение, опасаясь вызвать этим еще большее недовольство населения.
Вообще афганские вооруженные силы во многих отношениях находились в довольно странном положении. С подачи наших советников даже система боевой готовности была установлена примерно такой, какой она была в Советской Армии для условий мирного времени, а не для боевой обстановки. При нахождении в Афганистане советских войск может быть все это и не имело особого значения. Но когда вооруженные силы остались наедине с грозным противником, то многое выглядело абсурдным.
В частности, установленная система боевой готовности не отражала в полной мере реальные условия и специфику, в которых вооруженные силы выполняли свои задачи. Например, при объявлении полной боевой готовности соединения, части должны подниматься по боевой тревоге и выходить в районы сосредоточения. Но этого не нужно было делать дивизиям, находящимся в обороне или находящимся на охране дорог. Они должны были продолжать занимать свои позиции и усиливать оборону. Куда, например, было уходить 25 пехотной дивизии в Хосте? Учитывая все это, с нашей помощью был подготовлен приказ Верховного Главнокомандующего, которым для всех военных ведомств уточнялось содержание степеней боевой готовности и характер выполняемых мероприятий. Необходимость издания нового приказа по боевой готовности вызывалась также тем, что многие прежние документы по боевой готовности оказались раскрытыми противнику (например, в бывшей 8-й пехотной дивизии) и было нужно их обновить. В новом приказе предусматривались различные мероприятия, которые должны выполняться в соединениях, частях, находящихся в обороне, в непосредственном соприкосновении с противником, а также в частях, военных учреждениях, военно-учебных заведениях, находящихся во вторых эшелонах, резервах, в глубине расположения своих войск с учетом особенностей их предназначения и выполняемых задач. Особенности военного времени не учитывались и в материальном обеспечении военнослужащих.
Причем при выполнении задач в абсолютно одинаковых условиях, военнослужащие срочной службы всех трех министерств получали разную оплату. Зная, что наибольшие трудности возлагаются на боевые части армии, призывники под любым предлогом предпочитали службу в МВД и МГБ, что особенно проявлялось в ходе так называемого свободного призыва.
Для улучшения комплектования вооруженных сил нами афганскому руководству было рекомендовано: ускорить работу по паспортизации мужского населения и на этой основе упорядочить систему призыва, но руководство на это не шло, ибо перепись населения встречала сильный протест; провести увольнение выслуживших установленные сроки военнослужащих, как положено по закону (их задержка в армии вызывала недовольство) и развернуть работу по оставлению отслуживших солдат на сверхсрочную службу, установить за это дополнительную оплату и некоторые другие меры.
В-третьих, в условиях когда оппозиция главную ставку делала на подкуп и переманивание на свою сторону военнослужащих правительственных войск, решающее значение приобрела борьба за людей, активизация воспитательной работы среди личного состава. Формально для этого имелись немалые возможности 65,4 % членов НДПА находились в рядах вооруженных сил, во всех звеньях армии, внутренних войск и госбезопасности имелась разветвленная система политорганов, организации НДПА и молодежной организации (Дома). Однако идеологическая и вообще воспитательная работа с личным составом страдала формализмом и не всегда оказывалась достаточно эффективной. Во многих частях процветало взяточничество, злоупотребление генералов и офицеров служебным положением. Мало проявлялось заботы о бытовом устройстве личного состава, своевременном их питании, подготовке оборонительных позиций и постов к зиме.
Многие солдаты находились в совершенно бесправном, бедственном положении. По этому поводу в различные инстанции и непосредственно президенту поступало много буквально кричащих писем. Так, рядовой солдат 4-го батальона 60 полка 8-й пехотной дивизии Абдул Карим Ширзад 19.07.89 г. писал президенту: «Дорогой товарищ президент! Нас послали на оборону Кабула и мы сейчас воюем за взятие господствующей высоты Кухе-Сафи. Офицеры наши пьянствуют, занимаются развратом и большую часть времени находятся в Кабуле. Мы оставшись без поддержки и без всякого снабжения, отступили с этой высоты. Через несколько дней полк с боями вновь взял высоту Кухе-Сафи. Но снова — безразличие командиров. Солдаты, не имея пищи две ночи провели на горе. Просили батальонное начальство дать боеприпасы, тяжелое оружие и пищу, а противник по рации говорит солдатам: «Я вам сам завтра дам». Так и получилось, что противник снова пост взял, а батальон понес потери пленными и убитыми.
В батальоне ни малейшего представления о воинской службе, полностью отсутствует дисциплина. Здесь процветает групповщина: группа командира батальона, группа начальника штаба батальона, группа замполита и четвертая группа — это мы, не имеющие покровителей. У нас нет руководства, вся тяжесть задач лежит на наших плечах. Есть и такие люди со связями, которые появляются лишь в день выдачи денежного содержания. Денежное содержание солдатам и офицерам своевременно не выплачивается уже несколько месяцев. Продовольственное обеспечение батальона осуществляется неполностью. Всячески унижается честь и достоинство солдата. Большинство случаев дезертирства вызвано вышеуказанными причинами. Солдат в нашем батальоне подобен бесславной скотине, существует на правах раба.
Все эти проблемы я письменно изложил начальнику отдела обороны и национальной безопасности аппарата Президента генерал-лейтенанту Абдул Баки. Я ждал положительного решения вопроса, однако мое имя как автора письма было раскрыто, и в настоящее время командование батальона различными путями старается выжить меня из батальона. Я даже опасаюсь за свою жизнь. Я знаю, что должна была быть назначена комиссия во главе с генералом Абдул Баки. Однако она ничего не сделав, не доехав до нашего батальона, с полпути повернула назад и посчитала мой доклад оговором. Ну и Родина!
Приглашаю Вас, уважаемый товарищ Наджибулла, подобно тому, как Вы бываете в других частях, пожаловать в наш батальон. Ваш приезд настолько вдохновит солдат и офицеров, что поднимет павших из могил. Но я не знаю, приедете ли Вы. Вам лучше знать».
Это письмо (которое я привожу в сокращенном виде), верно отражавшее положение дел в афганской армии, было зачитано на заседании Ставки Верховного Главнокомандующего. Но, к сожалению, должных мер не последовало.
В-четвертых, снижалась боеспособность авиации, которая играла важную роль противостояния вооруженной оппозиции.
В 1989 году было потеряно 37 боевых, 19 транспортных самолетов и 46 вертолетов (всего 102 ед. авиатехники). В связи с перенапряжением летного состава, нерешенностью вопросов обеспечения летчиков и их семей квартирами, питанием, обеспечением денежным содержанием (в условиях дороговизны и инфляции) появились негативные настроения летного и технического состава. В 1989 г. 7 летчиков на самолетах и вертолетах перелетели на сторону мятежников. Летчики боевой авиации, опасаясь потерь, стремились выполнять задачи только с максимальных высот и все попытки заставить их действовать более рационально встречали крайне отрицательную реакцию.