Популярность Лебедя росла. По своей натуре, складу характера и действиям он был «державником». Ему действительно была не безразлична судьба 25 миллионов соотечественников, в одночасье оказавшихся за рубежом. Ему было обидно за них, и он говорил открыто, что лидеры такой великой державы, как Россия, заигрывают с Западом, при этом уничтожая Россию, думая только о своих сиюминутных политических амбициях. Это нравилось далеко не всем, кто тогда стоял у власти. Начались интриги, закулисные игры по дискредитации командующего армией.
В армии рейтинг А.И. Лебедя был во много раз выше, чем у министра обороны. Командарм 14-й стал неугоден Грачёву. В 1993 г. в книге «Спектакль под названием путч» Лебедь с армейской прямолинейностью описал, как П.С. Грачёв в августе 1991 г. двое суток метался туда-сюда, пытаясь угадать, на чьей стороне будет победа. Такое не прощается никогда и никому.
С тех пор как А.И. Лебедь попал в политические рейтинги, с тех пор как его стали называть возможным кандидатом в президенты России, он перешел дорогу ельцинской «семье». Тут и совпали интересы министра обороны и интересы тех, для кого Лебедь стал нежелательным и опасным соперником.
В 1993 г. состоялась первая попытка убрать А.И. Лебедя с политической сцены. Под благовидным предлогом ему предложена должность заместителя главнокомандующего Сухопутными войсками по боевой подготовке. Само же предложение было сделано как бы мимоходом, вдруг клюнет А.И. Лебедь на это предложение.
Помимо Москвы у А.И. Лебедя появились «доброжелатели» и в Приднестровье. Осенью 1992 г. Лебедь обвинил министра госбезопасности В.Ю. Шевцова и прокурора ПМР Б.А. Лучика в коррупции и злоупотреблении служебным положением. Лебедь заявил, что приднестровские власти незаконно переводят валюту в австрийские банки. Позже наличие валютных счетов ПМР в этих странах подтвердил председатель Приднестровского республиканского банка В.А. Загрядский.
В феврале 1993 г. Приднестровье посетила группа бывших народных депутатов СССР. В ходе этой поездки В.И. Алкснис заявил агентству «Постфактум», что «слухи о коррупции в Приднестровье изрядно преувеличены». Он также заявил, что предъявленные А.И. Лебедем руководству ПМР обвинения в коррупции не имеют подтверждения, хотя, по его мнению, «дыма без огня не бывает». Местные власти обвинили Лебедя во вмешательстве во внутренние дела Приднестровья.
В конце июня 1993 г. группа народных депутатов России подготовила письмо на имя Президента России Бориса Ельцина и председателя Верховного Совета РФ Р.И. Хасбулатова. В нем народные избранники предлагали «поручить Министерству обороны, прокуратуре РФ с участием депутатов ВС РФ провести расследование противоправной деятельности командующего 14-й армии генерал-лейтенанта А.И. Лебедя и коменданта Тирасполя М.М. Бергмана».
Но не вышло. Женщины Приднестровья, возглавляемые С.Г. Мигулей, приехали в Москву и устроили пикет перед зданием Министерства обороны России. В течение месяца они требовали оставить А.И. Лебедя в должности командующего 14-й армией. Да и сам А.И. Лебедь не согласился оставить должность командующего, он не мог бросить людей, которые верили ему. По разнообразным слухам, за период с 1992 по 1995 г. Лебедю было предложено восемь должностей, начиная от командующего ВДВ и заканчивая Западной группой войск.
В октябре 1993 г., во время противостояния Б.Н. Ельцина и Верховного Совета Российской Федерации, А.И. Лебедю звонили от двух президентов, действующего Б.Н. Ельцина и назначенного Верховным Советом А.В. Руцкого, с предложением поучаствовать в тех событиях. Представитель Б.Н. Ельцина предлагал А.И. Лебедю выступить с обращением к народу и Вооруженным силам России в поддержку Бориса Николаевича.
Мне довелось присутствовать при разговоре по телефону А.И. Лебедя с представителем А.В. Руцкого, который предлагал А.И. Лебедю через сутки прибыть с 14-й армией в Москву и занять кресло министра обороны России.
После окончания разговора мы с ним еще долго и с иронией обсуждали поступившие предложения. Даже если гипотетически предположить, что Украина вдруг пропустит через свою территорию войска, что вся техника (танки, БТР, САУ и т.д.) заведется и выйдет из парков, то выходило, что 1500 километров до Москвы вся эта армада пройдет минимум за 5–6 дней, т.к. смешанные колонны в сутки могут пройти не более 350 километров. Это даже не математика, а простая арифметика, и ее знает любой командир мотострелковой роты.
Представителя А.В. Руцкого А.И. Лебедь послал приблизительно туда, куда Макар телят не гонял. Представителю Б.Н. Ельцина ответил, что он всего лишь командующий армией и выступать с обращением к народу не входит в компетенцию командующего объединением.
В это же время приднестровские власти отправили в Москву группу вооруженных военнослужащих из батальона милиции специального назначения «Днестр» на помощь осажденному Белому дому. Однако после того как Б.Н. Ельцин с помощью танков расстрелял Верховный Совет (руководил этой акцией будущий командующий ОГРВ генерал В.Г. Евневич, командир Таманской мотострелковой дивизии), приднестровские власти отказались от тех людей, которых они посылали в Москву.
Министр госбезопасности В.Ю. Шевцов и председатель Верховного совета ПМР Г.С. Маракуца на сессии упорно пытались доказать, что никто никого никуда не посылал.
Лебедь, основываясь на кино- и фотодокументах, доказал обратное. Была представлена видеозапись событий, которые происходили в Москве возле Белого дома и Останкинской телевышки. На пленке отчетливо были видны офицеры батальона «Днестр» с оружием в руках.
Для расследования событий президентом ПМР И.Н. Смирновым была назначена комиссия под председательством М.Ф. Кириченко, которая в процессе своей работы «выявила», что показанные офицеры ушли в отпуск с 25 сентября по 10 октября 1993 г. Причем все дружно убыли в г. Москву или ее окрестности. Это майор В.В. Голубев (г. Обнинск, Калужской обл.), старшие лейтенанты С.В. Лещенко (г. Москва), А.А. Никитенко (г. Коломна), B.C. Доброжан (г. Ярославль), А.А. Бубнов (г. Москва), младший лейтенант Тузу (г. Иваново), старшина Р.А. Эллис (г. Москва). Естественно, комиссия никакого криминала не нашла и вся эта история ушла в небытие. Виноватых просто не оказалось. Через некоторое время М.Ф. Кириченко погиб при загадочных обстоятельствах.
После обнародования фактов участия сотрудников МВД ПМР в московских событиях 1993 г. А.И. Лебедь становится не просто неудобным для местных властей, а их заклятым врагом.
В Москву в различные инстанции направляются просьбы убрать А.И. Лебедя из Приднестровья. Начинается паломничество в 14-ю армию различных комиссий с целью найти компромат на ее командующего. Контрразведка 14-й армии и спецслужбы ПМР устраивают ряд провокаций против А.И. Лебедя. Но все попытки дискредитировать командующего успеха не принесли.
25 июня 1994 г. по этому поводу в штабе 14-й армии прошла встреча директора ФСБ России генерал-лейтенанта СВ. Степашина и руководителя Министерства национальной безопасности Молдовы бригадного генерала Василия Калмоя с Александром Лебедем. Вскоре после этой двухчасовой встречи начальник особого отдела армии полковник Николай Злыгостев был переведен для дальнейшего прохождения службы в Россию.
В июле делается вторая попытка убрать А.И. Лебедя из 14-й армии, а саму армию ликвидировать. 19 июля 1994 г. А.И. Лебедя отправляют в отпуск, а 3 августа в Тирасполь приезжает заместитель главнокомандующего Сухопутными войсками генерал-полковник Э.А. Воробьев с директивой Генерального штаба от 22 июля. «Управление 14-й армии расформировать к 1 сентября. К 10 августа представить списки офицеров, желающих уволиться или перевестись в Россию. Полномочия по командованию группировкой возложить на командира 59-й мотострелковой дивизии».
А.И. Лебедь прервал отпуск, вернулся в Тирасполь и официально заявил, что приступил к исполнению обязанностей командующего армией, а журналистам заявил: «Расформирование управления армией я считаю преступлением. Предвижу весь бардак, который здесь начнется.