Первоначально руководство и контроль обучения в православных школах осуществлялся только православной Церковью (местные помещики были устранены от управления православными школами). Затем с 17 декабря 1869 г. к общему руководству был подключён специально созданный Совет по делам православных народных училищ Дерптского учебного округа, а для надзора на местном уровне были задействованы учреждённые в этих целях приходские попечительства. С июня 1873 г. надзор стал осуществляться министерством народного просвещения через кураторов — инспекторов народных училищ для эстонских и латышских школ.

Что касается финансирования, то в 1870 г. министерство народного просвещения и Святейший Синод стали отпускать в год 22 190 рублей на наём и содержание школьных помещений. В 1879 г. эта сумма была увеличена до 40 000–45 000 рублей и оставалась на таком же уровне до 1914 г. Этих средств не хватало, и дефицит время от времени частично покрывался за счёт поступлений от железнодорожного ведомства, различных жертвователей и т.п. Согласно докладу протоиерея В.П. Березского, зачитанному 29 марта 1914 г. в доме духовного ведомства в Петербурге, на содержание православных школ требовалось не менее 250 000 рублей в год^{228}, т.е. на порядок больше тех сумм, которыми школы должны были обходиться.

Немалые материальные трудности, с которыми сталкивались православные школы с начала своего возникновения, объясняют и крайне неудовлетворительное состояние мест обучения, и низкое вознаграждение (или даже отсутствие такового) за преподавательский труд, и недостаток квалифицированных учителей.

Однако сам факт появления православных школ даже в таком неудовлетворительном состоянии очень встревожил местное рыцарство, ибо, столкнувшись со стихийным движением эстонцев и латышей к духовному единению с Россией, оно осознало опасность утраты немецкого характера края. Одновременно в сельской лютеранской школе, контролируемой местными учреждениями, они увидели важный инструмент отстаивания своих позиций через воздействие на крестьянских детей в нужном направлении в духе балтийского сепаратизма и вражды к России^{229}. Достижение этих целей виделось в процессе онемечивания крестьян.

Лифляндский гофгерихт фон Бокк в своей книге «Вклады Лифляндии в распространение основательных знаний о местной протестантской Церкви и немецкой администрации в Остзейских провинциях России, об их правоте и борьбе за свободу совести» (впервые издана в Лейпциге в 1867 г., затем неоднократно переиздавалась в Прибалтийском крае) чётко обозначил взаимосвязь между пережитой немцами «бурей» — движением крестьян в православие в 1841–1845 гг. и оживлением деятельности лютеранских школ. Он подвёл и промежуточные итоги школьного образования по-остзейски. «Правда, онемечение поселян латышского и эстонского племени, — констатировал фон Бокк, — ещё не доведено до конца, но между ними есть уже так называемые полунемцы, т.е. переживающие процесс онемечения … И если б можно было добиться, чтобы русские, хотя бы в продолжение нескольких десятилетий, не тревожили, не подстрекали их и не расшатывали бы беспрестанно крестьянских учреждений, то начавшееся развитие при нынешних общественных отношениях пошло бы наилучшим, быстрым, здоровым немецким ходом….Кто сколько-нибудь способен понимать кризис, переживаемый немецкими Остзейскими провинциями России, тот должен признать, что, в сущности, и на практике он сводится к одному: останется ли направление сельских народных школ в руках местного рыцарства или перейдёт к так называемому Министерству народного просвещения»^{230}.

Суждениям фон Бокка вторили остзейские единомышленники на местах. «Наша немецкая школа процветает, — ликовали они. — Согласитесь, что это настоящий шаг вперёд к германизму». Вслед за Бокком главным препятствием на этом пути они считали намерение верховной власти «осчастливить» Прибалтийский край «православным языком»^{231}.

Растущее обособление от России Прибалтийского края с втягиванием через народную школу в этот процесс коренного населения не могло не вступить в резкое противоречие не только с национально-государственным курсом Александра III и национально-религиозным характером его политики, но и соображениями безопасности и территориальной целостности страны перед лицом пангерманских настроений в набиравшей экономическую и политическую мощь Германии. А потому 19 февраля 1886 г. лютеранские сельские школы, находившиеся в управлении местного дворянства и лютеранского духовенства, были переданы в Министерство народного просвещения. В ведении пасторов оставалось только преподавание религии. По закону от 17 мая 1887 г. в низших училищах края было введено преподавание на государственном языке, за исключением занятий по родному языку и религии и с отсрочкой исполнения закона до 1992 г. для первого и второго года обучения. Таким образом был положен предел безраздельному господству прибалтийского дворянства над крестьянской школой.

Александр III придавал большое значение широкому развитию в империи сети церковно-приходских школ, считая просвещение ума одновременно с религиозным просветлением важным залогом нравственного здоровья народа и непременным условием дальнейшего уверенного существования России. При нём значительно увеличилось число церковно-приходских школ в империи. Этот процесс был распространён и на Прибалтийский край. Сравнение лютеранских приходских школ с православными позволяет определить различие между немецким «культуртрегерством» и миссией православной школы. В первом случае сельская школа работала на разрыв с Россией, на идеологию пангерманизма, на втягивание крестьянских детей в раздуваемый конфликт западной и православной цивилизаций. Православная же школа создавала условия для приобщения инородцев к русской государственности путём «живого и сердечного усвоения православно-христианской религии» на их родном языке. И в этом виделся залог мира и спокойствия в крае. Православные церковно-приходские школы организовывались не с целью «русификации» эстонцев и латышей, а для их религиозно-нравственного образования Русской Православной Церковью, утверждения в православии, а также обучению русскому языку как средству государственного общения^{232}. При этом православная Церковь, испытавшая в Прибалтийском крае несправедливые гонения со стороны лютеранства, никогда не вступала на путь вражды с немецко-лютеранским окружением и, участвуя в решении вопроса о просвещении прибалтийских народов, не привносила дух религиозной нетерпимости в православную школу. Не произошло это и тогда, когда русский император решительно встал на защиту государственного языка и государственной религии в крае.

Поскольку прибалтийско-немецкая аристократия воспрепятствовала осуществлению земской реформы в крае, то не был реализован и такой её важный элемент, как земская школа, ставшая в России, благодаря приходу в неё в 1860–1880 гг. нового поколения педагогов, начальной школой нового типа. Здесь была возрождена практика объяснения учителем нового материала, разъяснения всего непонятного для ученика, внедрён принцип объяснительного чтения, способствовавший расширению элементарной программы за счёт включения сведений из предметов, выходящих за её рамки. Всё это развивало интерес к учению, прививало навыки работы с книгой, подготавливало к дальнейшему самообразованию. Морально-психологическая атмосфера жизни земской школы определялась уважением к личности ученика, приоритетом моральных и нравственных мер воздействия, отсутствием принуждения и физического наказания^{233}. По признанию министра народного просвещения И.И. Толстого, из опыта работы земской школы правительственная школа позаимствовала много хорошего^{234}.