У Фоменко, наряду с астрономией, дополнительной точкой опоры стала математическая статистика. Он широко использовал метод определения зависимых династий, применявшийся Морозовым. Наличие в двух списках, в которых время правления каждого из последовательно сменявших другу друга правителей (численностью, по крайней мере, не менее 15, уточняет Фоменко) в одном ряду тождественно времени правления такого же числа в другом, достаточно, чтобы признать одну из цепочек зависимой (попросту, списанной) со второй. Утверждая, что достигнутое тождество было получено с помощью грубых натяжек, профессор Н. М. Никольский в уже цитированной выше статье 1925 г. писал: «Составляя таким способом „тождественные“ таблицы, можно доказать, что не только любых государей русских, французских, немецких, английских не было, но что и они являются только псевдонимами римских императоров от Аврелиана до Ромула Августула». Отвергая обвинение в натяжках в содержании его сопоставительных таблиц различных династий и утверждение, что так возможно отождествить даже правителей новейшего времени с древнеримскими императорами, Морозов добавлял:

«Если вы, многоуважаемый Н.М., сделаете такое отождествление не только на словах, но и на деле, то я обещаю вам взять назад все, что я написал в своей книге, и даже объявлю всю математическую теорию вероятности, на которую тут я ссылался, за простую шутку Якова Бернулли, а до тех пор буду твердо оставаться на своей позиции в полной уверенности, что ни мне, ни Якову Бернулли не дождаться такого посрамления». Вызов Морозова не был принят ни тогда, ни впоследствии.

Прямым продолжением метода определения зависимых династий путем сравнения длительности правления лиц, образующих династический ряд, является широкое применение Фоменко введенного им в науку метода анкет-кодов. Он призван доказать, что несмотря на полное несходство имен правителей, отождествленных с помощью определения зависимых династий, речь идет об одних и тех же личностях. Анкета состоит из 34 вопросов, многие из которых включают еще по несколько подвопросов. Приведем некоторые из них: пол; длительность жизни; длительность правления; социальное положение — царь, император, полководец, политический (общественный) деятель, религиозный вождь; смерть правителя — естественная смерть в мирной обстановке, убит на поле боя, убит в результате заговора, специальные экзотические обстоятельства смерти; стихийные бедствия во время правления — голод, наводнения, повальные болезни, землетрясения, извержения вулканов и пр.; астрономические явления. Далее следуют: войны — их число, на каком году правления они начались, союзники и противники в войне, локализация войны; мирные договора; захват столицы; заговоры при жизни правителя; реформы и их характер, издание нового свода законов, реставрация старых законов; этническая принадлежность правителя; основание новых городов; введение новой религии, религиозные восстания, соборы; династическая борьба — убийство родственников, противников и пр. Близость или даже тождественность анкет-кодов у некоторых представителей сравниваемых династий еще ни о чем не говорит — оно может быть случайным. Другое дело, если доказана близость или тождественность анкет-кодов пар правителей в двух династических потоках, включающих по тридцать и более персонажей в одном ряду, суммарная продолжительность правления которых исчисляется сотнями лет. В этом случае можно быть уверенным, что один поток скопирован с другого или они оба списаны и являются отражениями какого-то третьего списка правителей. Доказательная сила такого сравнения не колеблется, если имена правителей, включенных в списки, совершенно не похожи. В древности не было постоянных имен, а лишь прозвища, которые неузнаваемо искажались при переводе на иностранные языки. К тому же на многих, особенно малоазиатских, языках в именах собственных писались (ради экономии места) только согласные, так что они произносились по-разному разными людьми. Это стало еще одной важной причиной путаницы при переводах. Точно так же не должно смущать, что сравниваемые династии правили, как считает традиционная история, разными государствами, в разные исторические эпохи. Фоменко совместно со своими сотрудниками проделал большую работу по сравнению анкет-кодов династий, правивших — если следовать традиционной хронологии — в Средиземноморье в течение более чем двух тысячелетий, и пришел к выводу: они являются тождественными для сравниваемых персонажей.

Не останавливаясь на других методиках Фоменко, отметим одно его принципиальное разногласие с Морозовым. В интерпретации Фоменко перенос большей части средневековья в древность было не результатом якобы существовавшего у писателей обычая в эпоху Возрождения приписывать свои произведения античным авторам, а ошибок в датировке, происхождение которых можно проследить или, по крайней мере, предположить, как они возникли. Отказываясь от своеобразной «теории заговора», которой придерживался в данном случае Морозов, теперешние его преемники избавляли себя от необходимости объяснить, как о существовании такого заговора, в который должны были быть вовлечены тысячи и тысячи людей и который продолжался в течение нескольких столетий, не сохранилось ни единого свидетельства современников.

Проверяя вычисления небесных явлений в «Христе» и дополняя их собственными расчетами, А.Т. Фоменко и его единомышленники приходят к датировкам еще более поздним, чем у Морозова. (Кстати, Апокалипсис, в отличие от Морозова, Фоменко датирует не четвертым, а одиннадцатым веком.) Он пишет о «тысячелетнем провале в истории Европы» между Италией Светония, автора биографий древнеримских цезарей, и Италией Данте. Это «туманный» для нас период, в котором, если не заглядывать в справочники, возникают в памяти «Аттила и Иоанн Златоуст, король Артур и Карл Великий, эпидемии чумы и пляски Святого Витта, крестовые походы и Великая Инквизиция (хотя нет, инквизиция почти ровесница Данте), становление христианства, длиннейший список римских пап. Феодализм — „Вассал моего вассала не мой вассал“. Право первой ночи… И самое главное — невежество, тысяча лет великого невежества и полного запустения. Козы неграмотных крестьян на развалинах Афин и Рима… Могло ли такое быть?»

Ответ А.Т. Фоменко повторяет ответ Морозова: вся блестящая история античности, заполненная именами великих мыслителей, ученых, писателей, скульпторов, государственных деятелей и полководцев была «изъята» из средних веков и «перенесена» в древний мир. Вместе с тем, в отличие от Морозова, Фоменко пишет, что из этого переноса «нельзя делать вывод, будто Суллы, Юлия Цезаря, Каракаллы и других прославленных личностей, раз они оказались на „отражениях“, никогда на самом деле не было. Они были! Все они реальные герои древности. Но их жизнь была описана разными летописцами в разных хрониках. Хроники отличаются друг от друга характером изложения, мировоззрения и пр. А затем, позднее, хронологи не поняли, что эти хроники говорят об одном и том же, и раздвинули их во времени. Так раздвоились реальные персонажи. Не в жизни, а на бумаге». Это произошло уже в XVI–XVII веках нашей эры.

Такое положение возникло в результате хронологических сдвигов на 333, 1053 и 1778 лет и размещения в разных странах одного и того же блока событий, оригиналом которого послужила средневековая империя Габсбургов в XIII–XVII веках. Современный учебник древней и средневековой истории является слоистой хроникой, образованной из склейки фактически одинаковых экземпляров более короткой хроники и ее трех дубликатов. Первый сдвиг — римско-византийский, на 330–360 лет отодвигал в прошлое и удлинял историю Рима-Византии. Второй сдвиг — на 1053 года «удревнил» и удлинил историю Римской империи. Третий сдвиг — на 1780–1800 лет отодвинул в прошлое и удлинил историю Греции и библейскую историю. Эта история, многократно рассказанная под различными именами, — одна и та же история. По Морозову, основные события древнего мира относятся к III–V векам н. э., то есть ко времени на 500-1000 лет более позднему, чем по традиционной хронологии. Согласно расчетам Фоменко, эти события происходили еще на 700-1000 лет позже, в X–XV веках н. э. Начало истории человечества, от которой сохранились письменные источники, Морозов относил к I веку нашей эры, а Фоменко — уже к IX веку. Таким образом, полулегендарные римские цари, правившие в VIII–VI вв. до н. э., императоры I в. до н. э. — начала III в. н. э., императоры конца III–VI вв. н. э., египетские фараоны, цари древнего Вавилона, Ассирии, Персии, Израиля и Иудеи и т. д., а также даже императоры средневековой Римской империи германской нации X–XIII вв. оказываются «отражениями», «дубликатами» той же империи, когда ее корона принадлежала Габсбургам в 1273–1619 гг. (Последующее время, когда представители этой династия продолжали возглавлять империю — вплоть до 1806 г. — Фоменко опускает, так как в тот период уже сформировалась традиционная хронология в ее нынешнем виде в трудах известных астрономов и математиков И. Скалигера, Д. Петавиуса и их учеников.)