Закрепившись в Сиаме, Байиннаун занялся дальнейшим расширением своей империи. Здесь камнем преткновения для него стал Лаос. Бирманцы не раз захватывали столицу страны Вьентьян и даже сажали там марионеток, но король Сеттатират каждый раз уходил в джунгли и оттуда продолжал борьбу.
Между тем Маха Таммарача постепенно восстанавливал хозяйство, разрушенное войнами, одновременно защищаясь от набегов камбоджийских королей, спешивших использовать слабость соседа. В первые годы правления Таммарачи камбоджийские войска четырежды вторгались в Сиам (в 1570, 1575, 1578 и 1581—1582 гг.), причем в 1575 г. их армия и речной флот подошли к самой Аютии. Ссылаясь на камбоджийскую угрозу, Маха Таммарача добивался восстановления стен Аютии и в 1580 г. получил на это разрешение бирманских властей. Он вновь заселил столицу, переместив туда жителей своей старой вотчины — Северного Сиама. Это был первый шаг на пути к возвращению независимости.
Внешние обстоятельства благоприятствовали Сиаму. В 1580 г. умер Байиннаун, и бирманский престол занял его сын Нандабайин, которому не под силу было управлять обширной империей отца. В Бирме начали вспыхивать феодальные мятежи. В 1584 г. отделилась Северная Бирма. Во главе мятежа встал тесть Нандабайина — правитель Авы.
Выступая «на подавление восстания, Нандабайин потребовал от Сиама выставить вспомогательную армию. Во исполнение приказа принц Наресуан (за несколько лет до того он был отпущен к отцу и успел проявить себя как искусный военачальник в войнах с Камбоджей) в мае 1584 г. прибыл с войском на бирманскую границу. Здесь, по летописным данным, двое наемных убийц открылись ему в том, что бирманский король приказал им его уничтожить. Так ли это было на самом деле, неясно. Во всяком случае, Наресуан, трезво оценив ситуацию: король и большая часть бирманской армии сражаются, а столица империи Хантавади почти не защищена, — провозгласил независимость Сиама и начал военные действия против бирманцев. Захватить Хантавади внезапным ударом ему, однако, не удалось. Узнав о подавлении мятежа в Аве и возвращении бирманской армии, Наресуан двинулся обратно к границе, по дороге собирая многочисленных сиамских военнопленных, угнанных сюда в 1569 г. К нему присоединилась также часть южнобирманских монов, недовольных правлением Нандабайина.
В погоню за «изменником» была послана армия во главе с наследником бирманского престола. Наресуан был настигнут у р. Ситаун, но решительной контратакой, в которой он застрелил бирманского генерала Суракамму, отбил у бирманцев охоту его преследовать.
После этого к Наресуану присоединилось большое число шанов, бежавших из мест, куда они были переселены бирманскими правителями. На требование Нандабайина вернуть этих шанов в Бирму последовал отказ.
Обе стороны начали готовиться к решительной схватке. Резонно опасаясь, что главный удар бирманцев будет нанесен с севера — по равнине, Наресуан стянул все население Северного Сиама в район Аютии. Весь рис на вражеском пути был собран или уничтожен. Для охраны горных проходов на западе и в полуостровной части Сиама были созданы две новые армии. Общая численность всех сиамских войск составляла 50 тыс. человек.
В декабре 1584 г. началось бирманское вторжение. Западная бирманская армия (30 тыс. человек) сумела прорваться через перевал Трех Пагод, дошла до Супанбури, но здесь была разбита. Основные силы бирманцев (100 тыс.) под командованием Таравади Мина, тогдашнего короля Чиангмая, сына Байиннауна, к февралю 1585 г. достигли г. Чайнат на среднем Менаме. Однако вскоре они были вынуждены отступить до Кампенгпета, неся большие потери от сиамских партизан.
Узнав об этих поражениях, Нандабайин послал в помощь Таравади Мину новую, 50-тысячную армию во главе с наследным принцем Мин Чит Сва и приказал беспощадно разорять сельское хозяйство в Центральном Сиаме и в то же время организовать сев риса в обезлюдевшем Северном Сиаме. Около года борьба шла с переменным успехом. Наконец, в апреле 1586 г. в битве под Ангтонгом Наресуану удалось, инсценировав бегство, заманить армию Таравади Мина и Мин Чит Сва в засаду и нанести ей сокрушительное поражение. Сам Таравади Мин едва избежал плена.
В ноябре 1586 г., собрав три армии общей численностью 250 тыс. человек, Нандабайин лично возглавил вторжение в Сиам. Не имея возможности устоять против таких сил в открытом бою, Наресуан снова укрыл все небоеспособное население за стенами Аютии, собрав или уничтожив весь урожай, и развернул против бирманцев широкую партизанскую войну.
В январе 1587 т. бирманские армии с севера, запада и востока подошли к Аютии. Началась осада, в ходе которой, делая частые вылазки, Наресуан не раз сражался не только на слоне, как было положено принцу, но и в пешем строю. Ему удалось продержаться до начала дождей, после чего бирманцы были вынуждены снять осаду и уйти.
Сразу же после этого Наресуан совершил стремительный поход в Камбоджу (в отместку за набег камбоджийского короля Сатты на Восточный Сиам во время осады Аютии) и захватил там ряд городов. Затем наступила трехлетняя мирная пауза, которой Наресуан воспользовался для укрепления своей армии и консолидации страны.
В июле 1590 г. умер Маха Таммарача, и 35-летний Наресуан, уже шесть лет фактически правивший государством, официально стал королем (1590—1605). Своим заместителем и наследником он назначил младшего брата, Экатотсарота, с которым его всю жизнь связывала самая тесная дружба (случай, редкий в королевских семьях).
Осенью 1590 г. Нандабайин снова предпринял попытку покорить Сиам. На этот раз Наресуан встретил бирманскую армию близ границы и, разгромив авангард, ворвался в расположение главной армии и принудил командующего принца Мин Чит Сва бежать.
Но и эта катастрофа не остановила Нандабайина. К концу 1592 г. он собрал новое войско, насчитывающее 250 тыс. человек, и, разделив его на две армии, двинулся против Сиама с двух сторон.
Наресуан направил свой первый удар против армии, которой командовал уже не раз битый им наследник бирманского престола. В феврале 1593 г. при деревне Нонгсарай (Юго-Западный Сиам) произошло генеральное сражение. В ходе его, согласно бирманской версии, принц Мин Чит Сва был убит пушечным ядром. Сиамские летописи дают гораздо более драматическое описание этого эпизода. Наресуан так увлекся боем, что прорвался до самой ставки Мин Чит Сва, не заметив, что за ним следует только Экатотсарот. Плен или смерть сиамского короля казались неизбежными. Но Наресуан, не утратив присутствия духа, обратился к бирманскому главнокомандующему: «Брат мой принц! Выходи из тени дерева. Сразимся ради чести наших имен и на удивление будущим векам». Понятия рыцарского кодекса не позволили Мин Чит Сва уклониться от вызова. Он вступил в поединок с Наресуаном и был им убит. В последовавшей свалке сам Наресуан был ранен, его слоновожатый погиб, но время было выиграно. Сиамские воины подоспели на помощь своему королю. Лишившись командующего, деморализованная бирманская армия не сумела противостоять сиамцам и начала отступление.
Вторая армия, под командой правителя Прома (совр. Пьи), покинула территорию Сиама, даже не вступив в сражение. С этого момента Сиам из обороняющейся стороны превратился в наступающую.
Весной 1593 г. сиамские войска захватили Тавой и Тенассерим, потерянные в 1568 г. В 1593—1594 гг. на юге Бирмы вспыхивают одно за другим монские восстания, которым Наресуан оказывает энергичную поддержку. В 1595 г. войска Наресуана начинают осаду бирманской столицы. Вовремя подошедшие подкрепления из Прома, Таунгу и Чиангмая сумели отбить осаждавших, но это было последним успехом единой бирманской державы в этой войне.
Король Нандабайин, у которого в результате всех его несчастий началась мания преследования, стал терроризировать своих вельмож. В короткое время все крупные феодалы Бирмы объявили себя независимыми. В 1599 г. войска Таунгу в союзе с армией Аракана (Ракхайн) взяли штурмом Хантавади. Город был сожжен, а Нандабайин увезен в Таунгу, где его вскоре отравили. Наресуан, также вторгшийся в это время в Южную Бирму, опоздал и пришел только к дымящимся развалинам бирманской столицы.