Заботы Гейзенберга об информации касались не только использования зарубежных источников. Информированность разработчиков внутри Уранового проекта была из рук вон плохой: отчеты о научно-исследовательских работах могли пересылаться только через Управление армейского вооружения, публикации результатов исследований запрещались, совещания и конференции проводились крайне редко, что приводило к искусственной разобщенности ученых. Обстановка взаимного недоверия, слежка и подозрительность доводили режим секретности до абсурда, когда он превращался из необходимой защитной меры, укрепляющей государство, в свою противоположность. Геринг, например, в 1943 г. запретил разработку радиолокационной системы потому, что это «могло натолкнуть противника на создание контрсистемы». В Урановом проекте был допущен не менее крупный промах в отношении использования французского циклотрона. Как известно, при оккупации Франции немцы получили в свое распоряжение почти готовый к пуску циклотрон в Париже, в лаборатории Фредерика Жолио. Вполне резонно было предположить, что этот циклотрон будет применен для важнейших ядерных исследований, тем более что в это время Вайцзеккер уже подошел к открытию плутония. Немецкие ученые участвовали в наладке, пуске и эксплуатации циклотрона, но не проводили на нем секретных исследований по программе Уранового проекта. Гейзенберг, обосновывая в июне 1942 г. перед Шпеером необходимость форсирования сооружения циклотрона в Германии, заявил, что парижский циклотрон не используется надлежащим образом из-за необходимости соблюдения секретности. Шпеер, судя по его реакции, считал эти доводы правильными.
А что же циклотроны, которые строились в Германии? В мае 1944 г. состоялся пробный пуск циклотрона в институте профессора Боте. В числе почетных гостей были А. Шпеер и А. Фёглер. Но пуско-наладочный период слишком затянулся. Затем циклотрон был поврежден при одной из бомбардировок. Еще хуже обстояло дело с лейпцигским циклотроном. Он был уже полностью готов, когда 20 февраля 1944 г. в здание института на Линнештрассе попала фугасная бомба. Гофман стал искать новое место для установки циклотрона и вскоре нашел полностью защищенную от бомбежек заброшенную горную выработку в 30 км от Лейпцига, в местечке Клостер-Хольц. Потребовались огромные усилия для того, чтобы составить и утвердить новую смету на приспособление старых шахт и монтаж циклотрона (более 1 млн. марок). Благодаря вмешательству Фёглера и Шпеера работы начались, но фронт неумолимо приближался к Лейпцигу. О монтаже циклотрона не могло быть и речи, а Гофман, как писали в июле Фёглеру, тяжело заболел: его нервы не выдержали, и он потерял рассудок.
Эвакуацию своих промышленных предприятий и институтов нацисты стыдливо называли «перемещением». Подготовка к эвакуации началась в первой половине 1943 г. и сначала преследовала цель рассредоточить объекты для меньшей их уязвимости с воздуха. Эвакуацией ведало министерство Шпеера. Война в это время шла еще на территории Советского Союза, и в ответ на директиву выбрать место для эвакуации профессор Боте, например, называл Вену. Это означало, что он со своим институтом физики должен был выехать из Гейдельберга на юго-западе Германии далеко на восток. Однако война все больше приближалась к границам Германии, и вскоре «перемещение» приняло ярко выраженный характер движения с севера и востока на юго-запад, в горы, навстречу войскам западных держав. К концу 1944 г. эвакуация потеряла всякую планомерность и превратилась в простое бегство.
Трудно себе представить, но нацисты одновременно с эвакуацией задумали провести реорганизацию всей системы военных исследований. Гитлер еще в середине 1940 г. специальным правительственным распоряжением запретил проведение исследований, которые не могли дать положительного результата в ближайшее время. К 1944 г. ошибочность этой концепции стала настолько очевидной, что даже в официальных документах писалось о «несвоевременном признании высокого значения фундаментальных исследований» и «горьком уроке рокового ошибочного решения 1940 г.» Принципиальное пренебрежение фундаментальными исследованиями усугублялось отсутствием единого руководящего центра, который координировал бы военные исследования в масштабах страны. Основные текущие военные разработки проводились в собственных исследовательских организациях армии, авиации и флота, но значительная часть исследований велась в институтах Общества кайзера Вильгельма, университетах, высших технических школах, лабораториях промышленных фирм и других невоенных организациях. Тематику исследований и объем ассигнований определяли действовавшие подчас без должного контакта друг с другом имперское министерство науки, воспитания и народного образования, Общество кайзера Вильгельма, Главное управление четырехлетнего плана, Управление армейского вооружения, Управление вооружения авиации, Управление вооружения флота, промышленные фирмы.
В 1942 г. для централизованного руководства всеми научными исследованиями был создан имперский исследовательский совет под председательством рейхсмаршала Г. Геринга, но должные организационные мероприятия проведены не были и намеченная цель не была достигнута.
Прогрессирующее отставание немецкой военной техники заставило гитлеровское руководство в середине 1944 г. вновь вернуться к проблеме организации военных исследований. После долгой подготовки, в развитие приказа Гитлера от 19 июня 1944 г. о концентрации производства вооружений, Геринг 24 августа 1944 г. издал приказ о проведении самой крупной реорганизации системы военных научных исследований: отныне все без исключения военные исследования в Германии должны были проводиться под руководством единого центрального органа — Объединения военных исследований.
Объединению предполагалось передать научное руководство исследовательскими организациями вооруженных сил, министерства науки, воспитания и народного образования, Общества кайзера Вильгельма, университетов, промышленных фирм, которые вели или могли вести военные исследования. Объединение должно было рассматривать планы военных исследовательских работ, выделять важнейшие темы, прекращать бесперспективные исследования. Высшим органом Объединения военных исследований был руководящий научный штаб под председательством Геринга, в который должны были входить крупнейшие ученые в качестве руководителей специальных отделов, ответственных за отдельные направления науки и техники.
Структура Объединения военных исследований, действовавшего в рамках имперского исследовательского совета, предусматривала также создание территориальных филиалов, которые должны были координировать вопросы использования рабочей силы, материалов, оборудования, финансов. При этом административное подчинение всех входящих в объединение научных организаций оставалось прежним.
Атомные разработки были сразу включены в Объединение военных исследований. Централизованное научное руководство военными исследованиями, вероятно, подняло бы эффективность военных разработок, если бы проводилось раньше. Но в конце 1944 — начале 1945 г., когда война велась уже на территории Германии, никакие проекты реорганизации науки не могли осуществиться, и проект реорганизации системы руководства военными исследованиями только усилил общую неразбериху.
В конце 1943 г. в Германии была предпринята еще одна отчаянная попытка форсировать военные исследования — усилить состав исследователей в основных институтах, ведущих оборонные работы, за счет освобождения из армии 5 тыс. ученых. Результаты этой операции, проводившейся под шифром «Активизация исследований», не оказали никакого влияния на активизацию атомных исследований. В 32 института Общества кайзера Вильгельма с 18 декабря 1943 г. по 5 марта 1945 г. было направлено всего 167 специалистов, в том числе в берлинский Физический институт — четыре человека, в Химический институт семь…
Между тем эвакуация продолжалась. Особенно тяжело переживал ее необходимость Гейзенберг. К концу 1943 г. был готов бункер для проведения так называемого большого опыта. Начинались испытания созданного на основе исправленных расчетов реактора с использованием металлического литого урана, большего, чем прежде, количества тяжелой воды и графита. Гейзенберг дал согласие отправить на юг Германии, во Фрайбург, Хайгерлох и Тайльфинген, все оборудование и сотрудников института, не участвовавших в опыте, а сам остался в Берлине. Свою семью он отправил в Вальхензее еще раньше, и дом его на Харнакштрассе, 5, некоторое время пустовал. Однако вскоре он заполнился людьми: увеличился приток беженцев, среди которых было много старых знакомых и коллег Гейзенберга, да и у некоторых берлинцев, сотрудников Гейзенберга, дома оказались разрушенными. Дом Гейзенберга (12 комнат) был заселен полностью. Сначала заселялись комнаты сына и дочери, комната для гостей, столовая и прочие, а затем в ход пошли комнаты для кактусов, для прислуги, для рукоделия и все остальные свободные помещения. С каждым из квартирантов Гейзенберг заключал договор с указанием платы и с подробным перечислением всех подсобных помещений, которыми они имели право пользоваться.