На политику Бориса, да и на положение в стране оказывал огромное влияние экономический кризис. Вызванный опричниной, Ливонской войной, стихийными бедствиями, кризис достигает апогея в 1580-е гг. В запустение приходят многие районы центра, Новгородской и Псковской земель. Резко сокращаются ремесло и торговля, в том числе и внешняя, растут цены. Казна не могла выплатить жалованье служилым людям. Крестьяне бежали в южные более плодородные районы, еще больше дестабилизируя финансовую систему.
Стремясь остановить надвигающийся хаос, правительство предпринимает целый ряд мер. Годунов проводит реформу Государева двора, который с XV в. стал одним из важнейших носителей московской государственности. Суть реформы заключалась в том, что двор стал гораздо более замкнутой и аристократической организацией, но в то же время усилилась его служилая направленность. Боярская дума, многие представители которой были руководителями приказов, все больше превращалась в орган служилой аристократии, по определению С. Б. Веселовского, в своеобразный совет «из начальников приказов». Своего значения в качестве высшего правительственного органа государства она не утратила.
Очень важен вопрос о землевладении. Исследования последних лет убедительно показывают, что в ходе опричнины характер землевладения претерпел значительные изменения. Большой урон понесла родовая княжеско-боярская вотчина. Даже владение родовой вотчиной стало связываться с понятием «жалование». В целом заметно убавилось число богатых вотчинных родов.
Заметным явлением в последней трети XVI в. стало распространение землевладения столичной знати за пределы Замосковского края, что вызвало недовольство служилой мелкоты.
Менялся и характер местного управления. В послеопричный период оживилось наместничество, система кормлений. Однако на смену им шло воеводское правление на местах. Власть воеводы принципиально отличается от власти наместника. Она значительно шире, в отличие от наместника воевода выступает прежде всего как правительственный чиновник, над которым стоят центральные административные учреждения (приказы) и который опирается в управлении уездом на местный административный аппарат. Правда, это был еще начальный этап складывания системы воеводского управления.
В начале 1590-х гг. в основном было завершено составление писцовых книг, которые фактически закрепили за помещиками работавших на их землях крестьян. Введением заповедных лет, правительство попыталось остановить бегство крестьян, укрепить налоговую систему.
В 1597 г. были изданы важные указы. Один из них был посвящен кабальным холопам. По этому указу, тот, кто прослужил по вольному найму более полугода, превращался в кабального холопа и мог освободиться только после смерти господина. Другой указ устанавливал «урочные лета»: крестьяне, бежавшие от владельца, к землям которого были приписаны в писцовых книгах, в течение пяти лет могли быть возвращены на место.
Из мер правительства Бориса Годунова, направленных на борьбу с голодом, надо также назвать регулярные раздачи хлеба из государственных запасов, организацию общественных работ, которые были призваны занять обнищавшее население. Правительство стремилось восстановить тяглую массу посадских людей и отписывало в посады значительную часть населения белых слобод. Основывались и новые города, прежде всего в Поволжье.
Плодотворной была политика Годунова в церковной сфере. В 1589 г. было учреждено патриаршество. Первым патриархом стал близкий Годунову Иов. Русская церковь стала самостоятельной, перестала зависеть от константинопольского патриарха, что, естественно, способствовало росту влияния церкви и укрепляло ее союз с государством.
Не менее эффективной была и российская внешняя политика в это время на Востоке и Западе. Строится линия укреплений, призванная усилить оборону от набегов крымского хана. Далеко в Дикое Поле выдвинулись форпосты этой линии, в частности, город Царевборисов. Эти мероприятия вскоре дали результат. Когда в 1591 г. крымский хан Казы-Гирей попытался прорваться к столице Российского государства, ему в районе Тулы нанесли сокрушительное поражение.
В 1587 г. России подчинилась Большая Ногайская Орда в Нижнем Поволжье. В 1590–1593 гг. Россия воевала со Швецией. По Тявзинскому договору (1595) ей были возвращены Ивангород, Ям, Копорье и Корела. Парадокс ситуации заключался в том, что, несмотря на довольно результативную внутреннюю и внешнюю политику, Россия все больше и больше сползала в Смуту.
В 1601 и 1602 гг. страну постигли сильные неурожаи. Невиданные размеры принял голод, свирепствовала эпидемия холеры. На окраинах зрело недовольство политикой центра. Особенно неспокойно было на юго-западе, где на пограничье с Речью Посполитой скапливались массы беглецов и возникла благоприятная среда для развития самозванческой авантюры.
Однако в 1603 г. восстание охватило центр. Толпы голодных людей громили все, что попадалось под руку, в поисках продовольствия. Во главе восставших был некто Хлопко, судя по прозвищу — бывший холоп. Осенью правительство двинуло против него целую армию во главе с воеводой Басмановым, которой в кровопролитном сражении удалось одержать победу. Хлопко был ранен, взят в плен, а затем казнен.
Еще в 1602 г. стали приходить известия о появлении в польских пределах якобы спасшегося от убийц царевича Дмитрия. Это был беглый монах московского Чудова монастыря Григорий Отрепьев, до монашества служивший у бояр Романовых. Монах-расстрига нашел себе влиятельных покровителей среди польской знати. Первым из них был Адам Вишневецкий. Затем очень активно самозванца поддержал Юрий Мнишек, с дочерью которого Мариной самозванец обручился. Магнаты помогали Лжедмитрию собирать отряды для похода на Москву. Присоединились и казаки: в Запорожье началось формирование отрядов; налаживались контакты с Доном.
В конце октября 1604 г. Лжедмитрий вторгся на Черниговщину, где в Комарицкой волости его поддержали беглые. Началось его продвижение к Москве. Оно отнюдь не было триумфальным шествием — самозванец терпел и поражения, но популярность его росла. Вера в истинного царя была уже весьма сильна в русском народе, явившись результатом исторического пути в несколько веков. Самозванец умело пользовался этой верой, рассылая зажигательные воззвания.
В апреле 1605 г. умер Борис Годунов, уже давно страдавший от тяжелого недуга. Его 16-летний сын стал жертвой заговора и народного мятежа, вместе с матерью — царицей Марией он был убит. Правительственные войска, осаждавшие казаков Лжедмитрия в Кромах, перешли на сторону самозванца, который в июне въехал в Москву. Шуйские, руководившие Боярской думой, подверглись опале, будучи заподозренными в заговоре против самозванца.
Надо отдать должное самозванцу — свое правление он старался вести по определенной программе, стремясь создать образ «доброго царя». По определенным дням он принимал жалобы от населения, раздавал дворянам деньги, приказал составить сводный Судебник. Экономическое положение страны при нем улучшилось, а власть государя значительно возросла. Однако разрушить прежние традиции и избавиться от опеки Боярской думы ему не удалось. Более того, стал зреть конфликт. В народе популярности Лжедмитрию не прибавляло его непочтительное отношение к православной церкви, женитьба на католичке Марине Мнишек, злоупотребления прибывших с ним поляков.
В мае 1606 г. в Москве вспыхнуло восстание, одним из организаторов которого был князь Василий Шуйский. Отрепьев пытался бежать, но был схвачен заговорщиками и убит. Новым царем стал Шуйский (1606–1610), который обошелся без земского собора, будучи «выкрикнутым из толпы». Но население юго-западной «украйны» отнюдь не питало симпатий к новому царю. Путивль становится центром нового восстания, инициаторами которого были князь Г. Шаховской и М. Молчанов — бывший фаворит Лжедмитрия. Военным руководителем стал Иван Исаевич Болотников, выступивший в роли воеводы якобы спасшегося в Москве царя. На соединение с ним шел еще один самозванец — назвавшийся сыном царя Федора, царевичем Петром, которою никогда в природе не было. К Болотникову присоединились и рязанские дворяне под руководством Прокопия Ляпунова Войско восставших было сложным по составу: казаки, холопы, дворяне, служилые люди по прибору.