В 1600 г. прибывший в Москву литовский канцлер Лев Сапега предложил заключить унию между Польшей и Россией. Посредством унии Польша хотела добиться распространения политического влияния на Россию, усилить свои позиции в борьбе со Швецией и Турцией. Правительство Годунова отклонило этот план. В 1601 г. с Польшей было заключено новое перемирие на 20 лет.
Борис Годунов добился учреждения в Москве патриаршества (1589). Это должно было поднять авторитет православной церкви — идеологической опоры феодальной системы и способствовать расширению связей России с другими странами.
Во внутренней политике Годунов, опираясь на широкие слои служилого дворянства и посадские верхи, стремился продолжать политику укрепления самодержавия, проводившуюся Иваном Грозным, чем вызвал сопротивление княжеско-боярской оппозиции во главе с князьями Мстиславскими, Шуйскими, боярами Романовыми и др.
В правление Годунова в стране резко усилился крепостной гнет. Было продлено действие «заповедных лет» (запрещение крестьянского выхода в Юрьев день). В результате участились случаи бегства крестьян от феодалов. В связи в этим в 1597 г. вышел указ о пятилетием сроке сыска беглых крестьян и указ о холопах, отменявший право кабальных людей выкупаться на свободу.
7 января 1598 г. умер, не оставив наследников, царь Федор Иванович: единственная дочь царя скончалась в раннем детстве, а младший брат Дмитрий, высланный вместе с матерью Марией Нагой в Углич, в 1591 г. погиб во время припадка эпилепсии. Однако распространились слухи, что его убили по приказу Годунова.
Между Борисом Годуновым и боярской оппозицией разгорелась борьба за престол. Победителем оказался Годунов: Земский собор, созванный 17 февраля 1598 г., на котором видное место принадлежало служилому дворянству, духовенству во главе с близким Годунову патриархом Иовом и верхушке посадских людей, избрал Бориса Годунова царем.
Вступив на престол, Годунов продолжал политику укрепления своей социальной базы: летом 1598 г. провел в Серпухове смотр дворянского войска, увеличил ему жалованье; продлил «посадское строение», предусматривающее возвращение в посад беглых тяглецов и приписку к посаду владельческих крестьян, занимавшихся торговлей и промыслами. В интересах казны была предпринята попытка замены прямых налогов косвенными. Кроме того, новый царь стремился распространить крепостнические порядки на те районы, где последние еще не были развиты, в частности на южные окраины государства.
Заняв трон, Годунов начал расправу с княжеско-боярской оппозицией, намеревавшейся после смерти царя Федора возвести на престол своего человека. Одним из первых попал в опалу воспитатель царевича Дмитрия Богдан Бельский. Его вызвали в Москву и после битья кнутом отправили в ссылку. В 1601 г. подверглись репрессиям Романовы. Старший брат Федор Никитич, наиболее влиятельный, был сослан в отдаленный монастырь и пострижен в монахи под именем Филарета. Гонения испытали и другие члены княжеско-боярской группировки — Шуйские, Мстиславские, Черкасские, Репнины, Шереметевы. При этом в качестве обвинительных материалов на противников служили доносы их холопов, что вызывало крайнее раздражение среди оппозиционной аристократии.
Новый царь, как утверждали современники, такие, в частности, как Авраамий Палицын, добился некоторых успехов в своей политике. Однако последующие события обнажили всю глубину социально-политических противоречий в Русском государстве. Обстоятельством, ускорившим кризис, стал неурожай 1601–1603 гг.
После сильных дождей летом 1601 г. наступили ранние морозы, посевы хлеба, не успевшего созреть, погибли. В стране начался голод. В следующем году хлеба вообще не взошли, а там, где и взошли, их уничтожили заморозки. Голод усилился и принял страшные размеры. Люди вынуждены были есть траву, кору деревьев, имели место случаи людоедства. Голод свирепствовал преимущественно в центральных областях страны. Не пострадали от неурожая только некоторые южные местности, например, район Курска. Частично голод ощущался также в Северской Украине. К довершению несчастья распространилось «моровое поветрие» — чума.
Тяжелым положением голодающих народных масс воспользовались помещики, купцы, зажиточные крестьяне, располагавшие хлебными запасами. Спекуляция хлебом приняла огромные размеры. Доведенные до отчаяния люди брали на себя кабалу, за бесценок продавали имущество. По стране бродили голодающие. Начались нападения на помещичьи усадьбы, на купцов. Особенную ненависть у народа вызывали хлеботорговцы и помещики, спекулировавшие хлебом. Голодающие на торговых трактах нападали на купеческие обозы, дороги становились опасными. Бегство голодных крестьян приняло массовый характер. Правительство посылало против них карательные отряды.
Годунов пытался смягчить недовольство, вызванное голодом, раздачей хлеба из царских житниц и денег из казны, а также привлекая голодающих к постройке колокольни Ивана Великого в Кремле и т. п. В 1601–1602 гг. были изданы указы, несколько ограничившие крепостное право. Крестьянам мелких и средних помещиков представлялась возможность выхода. На крестьян, закрепленных за крупными владениями (дворцовых, боярских, монастырских, церковных), это право не распространялось.
Хотя «своз» (переманивание помещиками друг у друга крестьян) был разрешен только мелким и средним помещикам и запрещен крупным, фактически им занимались, как обычно, крупные помещики, так как мелким и средним это было не под силу. Таким образом, царские указы, хотя и несколько ослабили крепостной гнет, фактически служили интересам лишь крупных помещиков. Бегство крестьян в южные пограничные районы страны еще более усилилось. Средние и мелкие помещики центральных областей, теряя из-за побегов крестьян рабочие руки, роптали на правительство и крупных землевладельцев, занимавшихся «свозом». Таким образом, обострились противоречия не только между крестьянами и феодалами в целом, но и внутри класса феодалов — между мелким служилым людом и крупными землевладельцами, к которым принадлежали преимущественно князья и бояре.
В конечном итоге политикой Бориса Годунова были недовольны все слои населения, хотя, само собой разумеется, по разным причинам и не в одинаковой мере.
Крестьянские волнения приобретали все более грозную форму: крестьяне и холопы брались за оружие. Их отряды появились даже в непосредственной близости от Москвы. Из среды крестьян выделился отважный предводитель по прозванию Хлопко. Объединенные им отряды повстанцев двинулись на Москву. Началась первая в истории России крестьянская война.
Наибольшую ненависть к феодалам, упорство и самоотверженность в борьбе проявляли холопы. Поэтому правительство Годунова попыталось внести раздор в среду повстанцев, отколоть холопов от крестьян. С этой целью Боярская дума 16 августа 1603 г. издала указ: холопы, прогнанные господами (это было обычным явлением во время голода) без отпускных, могли явиться в Москву, в приказ холопьего суда, и получить отпускные, т. е. свободу. Однако этот указ не мог сколько-нибудь улучшить положение холопов, так как в условиях жесточайшего голода мало кто принимал их к себе.
Холопы и крестьяне с прежним упорством продолжали борьбу. Правительство бросило против восставших большое войско под начальством окольничего И. Ф. Басманова. В сентябре 1603 г. вблизи Москвы произошло сражение. Восставшие проявили неустрашимость и стойкость, а Хлопко — незаурядные способности военного руководителя. Повстанцы нанесли правительственным войскам сильный удар. В бою погиб и окольничий И. Ф. Басманов. Все же хорошо вооруженным и опытным в военном деле царским войскам удалось разбить восставших. Часть их попала в плен, в том числе и раненый Хлопко. Победители учинили кровавую расправу над захваченными крестьянами и холопами. Подавив восстание, Борис Годунов не только не возобновил указов о крестьянском выходе, но отменил и указ от 16 августа 1603 г. о холопах.
Значительная часть повстанцев бежала на южные и юго-западные окраины. Беглецы, по словам современника, «уйдоша на Украйну», где вскорости начался новый подъем народного движения.