Возвышение новых соратников сопровождалось опалой старых. Зимой 1539/1540 г. состоялся суд над реформаторами Олаусом Петри и Лаврентиусом Андреэ, обвиненными в государственной измене. Они были приговорены к казни и помилованы на условии штрафов. Обвинение, вероятно, было фиктивным: Густава Васу не устраивала независимая позиция реформаторов первого поколения, отказ от официального ура-патриотизма, критика короля, попытки вмешиваться в политику.
Новый лидер шведской церкви Георг Норман стал суперинтендантом — в данном случае, должностным лицом, получившим назначение от короля и подотчетным ему. Суперинтендант смещал нерадивых священников и назначал новых, надзирал за духовными лицами, следил, чтобы они проповедовали покорность властям. По всему королевству Норман произвел инспекцию церквей, конфисковав в казну огромное количество серебряной утвари.
Политика Густава Васы — опора на иноземцев, реформа церкви, изъятие реликвий и поборы — вызвала новый взрыв недовольства. Вновь очагом борьбы стал юг Швеции. В Смоланде началось крестьянское восстание, возглавленное Нильсом Даке. Многочисленные организованные повстанцы добились внушительных успехов. В ответ король применил испытанные методы: вступил в переговоры, выиграл время, повел контрпропаганду. Заключив перемирие, Густав Васа локализовал восстание, осуществил блокаду мятежного региона, собрал войско из наемников и ополченцев. Возобновив военные действия, король нанес крестьянам несколько поражений. Вождь движения был убит, восстание подавлено. Большинство повстанцев получили помилование, уплатив крупные штрафы. Многие, целыми отрядами, перешли на службу королю. Теперь регулярное войско, созданное Густавом Васой, состояло не только из иностранцев, но и из шведов.
Восстание Нильса Даке повлекло частичный отход властей от реформ «немецкого времени». Были упразднены государственные органы, созданные по немецким образцам, отменена должность суперинтенданта, восстановлен епископат. Риксрод возродился в прежнем виде, вернул свои полномочия. Ьыл реабилитирован Олаус Петри, ставший настоятелем Стокгольмской городской церкви. Конрада фон Пюхю приговорили к пожизненному заключению за растрату и другие проступки. Возможно, на фон Пюхю просто была возложена ответственность за общие злоупотребления и просчеты.
После мятежа Даке для Швеции настало время стабилизации, укрепления финансов и мирного строительства. Это было и время кардинальной политической реформы: введения наследственной монархии. На риксдаге 1544 г. делегаты постановили, что престол должны наследовать потомки Густава Васы по прямой мужской линии. Первым наследником стал Эрик (Эрик XIV, 1560–1568), сын Густава Васы от первого брака с немкой Катариной Саксен-Лауэнбургской. Младшим сыновьям (от второго брака) были пожалованы новообразованные герцогства — неотъемлемые автономные части страны.
Как и для Дании, середина XVI в. стала для Швеции временем экономического подъема. В хозяйственной политике Густава Васы присутствовали черты меркантилизма: стимулирование производства и экспорта. Однако в данном случае задачей являлся не только приток денег (обычная цель меркантилистской политики), но и обеспечение страны натуральными продуктами. «Деньги, — говорил король, — я могу чеканить и сам». Густав I стимулировал внутреннюю колонизацию — освоение пустошей, расчистку лесов. Основывались города, в частности возник Хельсингфорс (Хельсинки). В духе времени король стремился, чтобы коммерческая деятельность сосредоточилась в полноправных торговых городах; окончательно запретил незаконную сельскую торговлю вне установленных мест (ландсчёп).
В последние годы Густава Васы (и еще более после его смерти) в Швеции обозначились резкие противоречия между герцогами — сыновьями короля, с одной стороны, и «королевскими родичами» — с другой. Эти «родичи», к которым относился и род Стуре, получили множество ленов. И герцоги, и «королевские родичи» составили после смерти Густава Васы опасную конкуренцию взошедшему на престол Эрику XIV.
Стевен ван дер Мелен. Портрет короля Швеции Эрика XIV. 1561 г. Национальный музей, Стокгольм
Новый король, в свою очередь, стремился противодействовать герцогам, упразднить автономию их владений. В связи с этим он опирался на «королевских родичей», жаловал им титулы графов и баронов. При их поддержке Эрик XIV созвал в 1561 г. риксдаг. Там было принято постановление, ограничившее самостоятельность герцогств, ставившее их под контроль короля. Как следствие, обострились отношения с герцогом Юханом, обособившимся в своем герцогстве Финляндии и вдобавок женившемся на католичке — польской принцессе Катарине Ягеллонке, сестре короля Сигизмунда Августа. В 1563 г. на очередном риксдаге герцог Юхан был обвинен в измене. Опираясь на это постановление, Эрик XIV потребовал от Юхана повиновения королю. В ответ герцог начал военные приготовления. Эрик XIV, опередив его, осадил Або (Турку), где находился Юхан, взял того под стражу, доставил в Швецию и подверг заключению.
Следствие по делу герцога Юхана было поручено Верховной комиссии (Hoga namnden). Это был послушный судебный орган, зависевший от короля и выносивший угодные монарху приговоры. За шесть лет (между 1561 и 1567 гг.) этот суд приговорил к смерти более 300 человек за должностные злоупотребления, измену и хулу на короля.
Кульминация деятельности Верховной комиссии наступила, когда возник конфликт между Эриком XIV и его бывшими союзниками, «королевскими родичами» — аристократами из семейств Стуре, Лейонхувудов, Стенбоков, Банеров. Король считал, что эти аристократы интригуют против него. Весной 1567 г. многие из них были брошены в тюрьму и преданы суду. Чтобы придать приговору видимость общественного постановления, Эрик XIV созвал риксдаг и огласил обвинение. Но ждать ответа монарх не стал. 24 мая 1567 г. он посетил заключенных и повел речь о примирении. Внезапно король вонзил кинжал в руку одного из узников — Нильса Стуре. По этому сигналу стражники убили почти всех обвиняемых дворян. Король спешно покинул темницу, скрылся в лесу и на время лишился рассудка. В течение нескольких месяцев он не мог вести дела, воображал, что свергнут и взят под стражу.
Причины расправы («убийства Стуре») и вообще оценка Эрика XIV являются предметом дискуссий. Их итог таков: Эрик XIV был противоречивым человеком — способным, но неуравновешенным, мнительным. На его душевном состоянии, вероятно, отразилась жестокая политическая борьба. Проводя в целом умную политику, он все же подчас терял чувство меры и реальности. К тому же, увлекаясь астрологией, король нередко основывал действия на предсказаниях звездочетов, а это было чревато роковыми последствиями. Само «убийство Стуре» было вызвано политико-династической борьбой. Король боялся (возможно, не без оснований), что недруги хотят истребить род Густава Васы и упразднить наследственную монархию. Поэтому он сам уничтожил соперников, в частности отпрысков Стуре, которые как наследники средневековых регентов могли претендовать на власть.
После «убийства Стуре», пока у короля был помутнен рассудок, Швецией правил риксрод. Герцог Юхан был освобожден. Ответственность за расправу возложили на королевского советника Йерана Перссона.
Еще не восстановив здоровье, Эрик XIV вступил в брак с любовницей — Карин Монсдоттер, девушкой из простонародья, вскоре родившей сына. Младшие братья, герцоги Юхан и Карл, немедленно подняли восстание, овладели Стокгольмом и казнили Йерана Перссона. Эрик XIV был свергнут и заключен в замок, где и умер (возможно, был убит). Королем стал Юхан.
Новый монарх — Юхан III (1568–1592), опираясь на аристократию, утвердил и расширил ее привилегии. Графы и бароны получили значительные владения. Но все же Юхан III нарушал обязательства в отношении дворян, в частности при введении экстраординарных налогов.
Тем временем достиг совершеннолетия Карл — младший сын Густава Васы, получивший герцогство в Центральной Швеции. Сначала отношения Карла с Юханом III были дружественными. Но затем возникли противоречия — отчасти религиозные: Юхан III был сторонником уступок католицизму, а герцог Карл последовательным лютеранином. Основное противоречие являлось политическим: Карл добивался самостоятельности своего герцогства, опираясь на местных дворян и давая им привилегии.