Еще на грани I и II тысячелетий сонгайские правители и знать приняли ислам, который с тех пор выполнял функции государственной идеологии и основы правовой системы страны. Однако Али Бер относился к исламу настороженно, видя в нем, как в идеологии потенциальных мощных врагов-североафриканцев, угрозу, и проявлял терпимость к языческим верованиям покоренных народов, а его сын Баро и вовсе отрекся от ислама, что и послужило основанием для его свержения Мухаммедом Туром. При нем, ревностном мусульманине, прославившемся далеко за пределами Сонгая пышным паломничеством в Мекку в 1496–1497 гг., политика основывалась на поддержке ислама, несмотря на жестокие войны не только с языческими, но и с мусульманскими правителями. Томбукту был одним из крупнейших в мире центров мусульманской учености, игравшим и большую политическую роль (среди его духовных лиц аския выбирал себе советников); важным центром исламского образования являлся и Дженне. При этом ислам по-прежнему сохранял городской и элитарный характер: широкие слои населения оставались неисламизированными.
«История Судана» — своеобразная хроника на арабском языке, написанная в Томбукту в 50–60 годы XVII в., так описывает Дженне:
«Это великий, процветающий и благословенный город… Жители города отзывчивы, благожелательны и сострадательны. Однако они по своей природе очень завистливы к мирским благам… Дженне — крупный рынок мусульман. В нем встречаются хозяева соли из рудника Тегаззы [север современного Мали — к северу от Дженне] и хозяева золота из рудника Бито [север современной Ганы — к югу от Дженне]. Оба эти благословенных рудника не имеют себе подобных во всем мире. <…>
Дженне окружен стенами, в них было одиннадцать ворот… Когда ты находишься снаружи города и в отдалении от него, то сочтешь его всего лишь рощей из-за многочисленных в нем деревьев, но когда ты войдешь в город, то кажется, будто в нем нет ни единого дерева… Земля Дженне плодородна и возделана; она полна рынками во все дни недели».
В последние годы правления Мухаммеда начинаются мятежи на окраинах державы, а после свержения 86-летнего аския одним из его сыновей Мусой наступает череда дворцовых переворотов: за следующие двадцать лет на троне побывало четыре человека. Другому сыну Мухаммеда, Дауду, удалось прочно утвердиться на троне (он правил с 1549 по 1582 г.) и, казалось бы, восстановить величие державы. Однако смерть Дауда повлекла за собой новые войны за престол (за девять лет сменилось три аския), мятежи в покоренных землях, а также восстания социальных низов. Положение усугублялось переориентацией торговли золотом на Атлантическое побережье и смещением главных транссахарских торговых путей на восток, к городам хауса, а также участившимися набегами кочевников — фульбе и туарегов. Ослабление государства подтолкнуло марокканского султана Ахмеда аль-Мансура I к вторжению в Сонгай. Уже в 1584 г. марокканцы захватили принадлежавшие ему медные рудники Тегаззы. В 1591 г. в битве при Тондиби недалеко от Гао армия аския Исхака II (1588–1591) потерпела сокрушительное поражение от войска полководца султана Джудара-паши, пятикратно уступавшего ей в численности, но использовавшего огнестрельное оружие. И хотя вскоре марокканцы были вынуждены отказаться от идеи подчинить себе столь обширный регион, укрепившись лишь в Гао, Томбукту и Дженне, сонгай уже не смогли восстановить свой контроль над ним. Сонгайская держава рассыпалась, а власть ее правителей сохранилась лишь над Денди — районом, где она некогда зарождалась. Таким образом, Сонгай повторил путь Мали: пережив эпохи взлета и упадка, он вернулся в «исходное состояние».
Падение Сонгая и слабость власти марокканских пашей привели к активизации экспансии туарегов, формированию языческих государств бамбара (народ группы мадинго), завершившемуся уже в XVIII столетии, и к восстановлению независимости также языческой Масины (1629),
В XVI в. достигают наивысшего подъема государства моей (располагались на землях нынешних Буркина-Фасо и Ганы), в особенности — Ятенга, Ризьям, Нанумба и Дагомба. В середине XVI столетия правитель Дагомбы по имени Даторли завоевал земли до реки Черная Вольта. Но во второй четверти XVII в. войска Дагомбы были разбиты армией созданного в середине XVI в. народом малинке государства Гонджа. Экспансия Гонджи продолжалась до 1709 г., когда ее удалось остановить ашанти.
К юго-востоку и востоку от «королевств» моей на торговых путях между Суданом и побережьем Гвинейского залива с XV в. формировалось Боргу — объединение политий народности бариба, нередко вступавших в соперничество не только с соседями, но и друг с другом, как две крупнейшие среди них: Бусса и Никки. Их расцвет пришелся на XVI в. Бариба постепенно расселились по всей саванне до массива Атакора, смешиваясь с местным населением. Основой процветания бариба была торговля солью, орехами кола, слоновой костью, золотом и невольниками. С последней четверти XVII в. до 1783 г. Боргу находилось в зависимости от йорубской «империи» Ойо. Боргу признало верховенство ее правителя и платило дань, но сохранило самостоятельность в ведении торговли и собственные династии.
История сильнейших политий крайнего Запада региона — территорий современных Сенегала и Гамбии — Фута-Торо, Джолофа, Сина и Салума до XVI в. известна мало. Вплоть до ослабления Сонгая все они в той или иной мере находились под влиянием великих держав Западного Судана. В середине XVI в. Коли Тенгела, великий воин и основатель новой династии Деньян-кобе, правившей до 1776 г., объединил населенную тукулерами Фута-Торо и расширил ее пределы. Фута-Торо стала первой зоной массовой исламизации на территории нынешнего Сенегала.
Расцвет созданного народом волоф Джолофа пришелся на вторую половину XV в., когда в зависимости от него в числе прочих находились Син и Салум. Около 1540 г. в результате восстания наместника области Кайор Амари Нгоне Собеля от Джолофа откололись три провинции, ставшие суверенными политиями: Кайор, Баол и Вало. Джолоф же продолжал существовать в урезанных границах вплоть до французской колонизации. Амари правил одновременно Кайором и Баолом до конца XVI в. В дальнейшем главной чертой политической истории этих областей явились многочисленные войны между их правителями, несмотря на близкое родство династий.
Основную массу населения Сина и Салума составляли представители одного народа — серер. В начале XV в. в ходе миграций завоеватели-сосе принесли на земли серер государственную организацию, образовав возвысившуюся над ними аристократию. Однако вскоре сосе слились с серерами и в конце XV в. образовали династии правителей Сина и Салума. В конце XVI в. Салум и Син избавились от джолофского господства. Салум подчинил себе Син, и лишь спустя долгое время Син восстановил независимость.
Вследствие своего географического положения народы Сенегала и Гамбии первыми оказались вовлечены в торговлю с европейцами. При этом местные правители не только прямо наживались на ней, но и пытались играть на противоречиях между европейскими державами, время от времени нападая на фактории.
В Центральном Судане последние десятилетия XV — начало XVI в. были отмечены восстановлением могущества государства Борну: май (правитель) Али Дунама пресек внутренние распри и сделал государство более централизованным. По сообщению знаменитого путешественника Льва Африканского, Али Дунама был необыкновенно богат, потому что поддерживал интенсивные торговые отношения со странами Магриба, продавая рабов и покупая лошадей для армии: конница составляла одну из основ его военной силы. Али Дунама вел войны с соседями, а с правителями Северной Африки устанавливал дипломатические отношения. Основным направлением экспансии было западное — на земли хауса.
В середине XVI в. Борну пережило пору упадка, связанную с военными поражениями и волнениями покоренных народов. Восстановление мощи Борну связано с именем май Идриса Алумы (1562/80-1602/17). Идрис упорядочил систему командования войском, снабдил его огнестрельным оружием и пригласил военных инструкторов из Турции. Войны он вел практически постоянно, перемежая крупные военные предприятия с набегами за рабами. Он восстановил порядок в самом Борну, а затем совершил успешные походы против туарегов, тубу, котоко, мандара (народы, живущие в районе озера Чад и в Центральной Сахаре). Подавляя их сопротивление, Идрис (как и его наследники) шел на решительные меры вплоть до переселения целых племен.