Начальнику тыла флотилии было приказано подготовить все баржи и буксиры и выходить по сигналу с расчетом прибыть в Тендровский залив к исходу ночи 13 сентября. Все тыловые учреждения переводились по направлению Новая Збурьевка — Чулаковка — Циммервальд. Штаб флотилии, участок СНИС и 17-я пулеметная рота должны были отходить по сигналу командующего флотилией в том же направлении.

Несмотря на упорное сопротивление сухопутных частей обороны Дунайской флотилии при поддержке бронекатеров, к рассвету 12 сентября немцам удалось форсировать Днепр в районе Херсона и высадиться на остров. В течение суток части Тендровского боевого участка вели тяжелые оборонительные бои с превосходящими механизированными силами противника и к 16 часам вынуждены были отойти на новый рубеж обороны: Большая Кардашинка — Келегейские хутора.

Корабли флотилии сосредоточились в районе острова Соколиный. Бронекатера и тральщики сняли личный состав постов СНИС и 7-ю роту морской пехоты. В Цюрупинске и Голой Пристани при отходе наших частей были уничтожены все ценные в военном отношении объекты.

Приказом Военного совета Черноморского флота все сухопутные части Дунайской флотилии были переданы в оперативное подчинение Тендровскому боевому участку. Флотилии же была поставлена задача поддержать левый фланг этого участка со стороны Днепро-Бугского лимана.

Тендровский боевой участок с приданными ему частями Дунайской флотилии к 6 часам утра 13 сентября занимал рубеж обороны Старая Збурьевка — Железный порт. Одновременно готовились к обороне рубежи: Красная Знаменка, Ивановка, Шабы и район от села Прогнои на юг. Штаб Дунайской флотилии находился в селе Ивановка.

Немцы вели яростные атаки на участке Новая Збурьевка — Чулаковка, пытаясь прорвать наш фронт моторизованными частями, но успеха не добились. Лишь на нашем левом фланге противнику удалось нанести большие потери батальону 534-го стрелкового полка и отбросить его от Новой Збурьевки. Затем немцы развили наступление дальше вдоль берега Днепро-Бугского лимана на село Рыбальче — село Шабы — село Прогнои.

После переброски на этот участок 17-й пулеметной роты и поддержки, оказанной нашим частями огнем монитора «Ударный» и бронекатеров, дальнейшее продвижение противника было приостановлено. Учитывая создавшуюся обстановку и соотношение сил, командующий Черноморским флотом принял решение об эвакуации Тендровского боевого участка. С 12 часов 9 сентября начались подготовительные работы. В селе Покровка строились причалы для катеров.

Монитор «Ударный» и 1-й отряд бронекатеров 13 сентября взаимодействовали с частями 18-й армии в районе Каменка Днепровская.

По приказанию замнаркома ВМФ вице-адмирала Левченко Тендровский боевой участок был разделен на два направления: Северное и Восточное. Части этого участка при поддержке кораблей флотилии удерживали занимаемый рубеж.

Плавсредства и корабли флотилии в течение дня 14 сентября подвергались неоднократным атакам авиации противника. Канонерка «Днестр» получила несколько осколочных повреждений, четыре человека были ранены. При переходе к Ак-Мечети на канонерке «Буг» попаданием снаряда были выведены из строя 130-мм пушка и все зенитные средства.

Монитор «Железняков» 14 сентября действовал в районе Свободный порт, а монитор «Ударный», минный заградитель «Колхозник», 2-й, 3-й и 4-й отряды бронекатеров — в устье Днепра. В это время монитор «Мартынов» с 1-м отрядом бронекатеров по-прежнему взаимодействовал с частями 18-й армии.

15 сентября части Тендровского боевого участка удерживали занимаемые позиции по фронту: 2 км западнее Старой Збурьевки, Кротков, Чулаковка, Безтеры, Железный порт. Монитор «Ударный» с шестью бронекатерами действовали в районе устье протоки Конка — устье Днепра, оказывая содействие левому флангу боевого участка у Старой Збурьевки. Два бронекатера взаимодействовали с батареями на острове Первомайский. Монитор «Мартынов» и 1-й отряд бронекатеров продолжали взаимодействие с частями 18-й армии в районе Никополь — село Каменка Днепровская. Монитор «Железняков» с бронекатером действовали в районе Свободного порта.

15 сентября канонерская лодка «Буг» прибыла в Ак-Мечеть, а другая — «Днестр» — находилась на переходе в Одессу. Дивизион катеров-тральщиков и минный заградитель «Колхозник» были на переходе в Егорлыцкий залив.

16 сентября приказом наркома ВМФ контр-адмирал Абрамов был снят в должности командующего Дунайской флотилией, а вместо него назначен контр-адмирал Александр Сергеевич Фролов. Ему было 39 лет. В 1932 г. он окончил курсы при Военно-Морской академии, с июля 1941 г. командовал Новороссийской военно-морской базой. По разным данным, непосредственно в командование Дунайской флотилией Фролов вступил между 19 и 22 сентября 1941 г.

Рано утром 17 сентября немцы начали новое наступление на позиции 9-й армии. К 16 часам они заняли селения Екатериновка, Антоновка и Терново. На Тендровском боевом участке немцы заняли селения Ново-Федоровка и Железный порт, а в районе Очакова сосредотачивали переправочные средства.

Разведка Дунайской флотилии обнаружила накопление сил противника у Новой Збурьевки, северо-западнее Келе-гей и западнее села Кларовка.

17 сентября монитор «Железняков» в районе Покровки и монитор «Ударный» с бронекатерами в районе протоки Конка — села Шабы огнем своей артиллерии поддерживали левый фланг боевого участка. В это время «Железняков» был атакован 17-ю самолетами противника, однако повреждений не получил. Во второй половине дня он перешел в Свободный порт.

Монитор «Мартынов» и два бронекатера обстреливали немцев в районе Тарасовки и уничтожили две их пулеметные точки.

При прорыве вспомогательных кораблей в ночь на 18 сентября в районе острова Первомайский подорвались две баржи, подорвалась и затонула плавбаза бронекатеров, буксиры при этом получили незначительные повреждения.

18 сентября по всему Тендровскому боевому участку шли ожесточенные бои. Немцы заняли Железный порт. Наши части с большими потерями отходили на рубеж село Рыбальче — озеро Оджиголь — Черниговка — Облои-I. К 18 часам уже не было общей линии фронта.

Монитор «Ударный» из района Покровки и бронекатера из района Заборина — Шабы поддерживали левый фланг боевого участка вблизи Рыбальче. Немецкие самолеты дважды бомбили «Ударный» в районе Покровки, монитор огнем своей зенитной артиллерии сбил один самолет.

В районе о. Первомайский — село Рыбальче действовали 2-й, 3-й и 4-й отряды бронекатеров, а в районе Покровки — мониторы «Ударный» и «Железняков», минный заградитель «Колхозник», дивизион катеров-тральщиков и сторожевой катер МО.

Канонерские лодки-«Буг» и «Днестр» по распоряжению Военного совета Черноморского флота были направлены в Одессу для ее обороны.

В связи с отходом наших войск от Днепра, согласно решению командующего Дунайской флотилией, основанному на донесениях командира отряда лейтенанта Л-С. Шика и разрешении командующего 18-й армией, в 4 ч. 18 мин. 18 сентября в 4 км выше села Благовещенское в протоке Конка были взорваны монитор «Мартынов» и бронекатера № 101, 102, 103 и 104 из 1-го отряда.

19 сентября на Тендровском боевом участке немцы заняли село Рыбальче. Командир Тендровской ВМБ доложил Военному совету Черноморского флота, что средств для эвакуации островов Березань и Первомайский на базе нет. Авиация противника бомбит базу каждый день и потопила болиндер[18]. Обстановка сложная, эвакуация частей с островов может потребоваться немедленно.

В связи с усложнившейся обстановкой Военный совет Черноморского флота приказал командиру Тендровской ВМБ ближайшей ночью с помощью болиндеров, буксиров и лайб эвакуировать остров Первомайский, а затем остров Березань, чтобы противник не мог их отрезать; вывезти оттуда артиллерию, имущество, спасти для Тендры зенитные батареи, а все, что не удастся вывезти, — уничтожить.

19 сентября бронекатера № 202, 205, 302, 303 и 401 продолжали поддерживать левый фланг Тендровского боевого участка, действуя в районе села Рыбальче. А бронекатера № 201, 204, 105 и 402 были подчинены коменданту острова Первомайский для отражения возможных попыток немцев высадить десант.