Личность Шагин Гирея очень своеобразна для Востока. Он учился в Салониках и Венеции, знал несколько языков и был человеком не только с европейским образованием, но и с европейскими взглядами. Став ханом, Шагин Гирей попытался осуществить свою грандиозную мечту: преобразовать ханство в черноморскую империю, европеизировав общество, но делал это он не считаясь с национальными татарскими обычаями. Экономическая слабость Крыма, поспешность в проведении реформ, нежелание считаться с традициями — все это вызвало широкое недовольство, вылившееся в ноябре 1777 г. в бунт.
В декабре 1777 г. после высадки в Крыму назначенного в Стамбуле ханом Селим Гирея III восстание охватило весь Крымский полуостров. Началась гражданская война. Русское правительство пристально следило за событиями. 6 ноября на заседании Государственного совета Потемкин заявил, что нужно сделать все необходимые приготовления для возможной войны и быть в состоянии нанести сильный удар. Совет высказался за всевозможные меры к сохранению мира, но, поддержав князя, рекомендовал быть готовыми к войне с Турцией из-за Крыма. Восставшие против Шагин Гирея татары были разбиты русскими войсками, а хану была оказана денежная помощь для укрепления его власти.
В конце апреля 1778 г. командование Крымским корпусом принял на себя А.В. Суворов. Ему предписывалось препятствовать возможной высадке турецких десантов, не доводя дело до войны. Он должен был поддерживать Шагин Гирея и одновременно, выполняя поручение Потемкина, организовать вывод из Крыма христианского населения на новые земли в Новороссийскую и Азовскую губернии. Шагин Гирей пытался воспрепятствовать этой акции: он даже покинул Бахчисарай и кочевал в окрестностях своей столицы, посылая жалобы Румянцеву на Суворова и резидента А.Д. Константинова, якобы допускавших самоуправство и нарушение обязательств русского правительства. Но Румянцев и Потемкин поддержали Суворова, и к 16 сентября 1778 г. в Россию было выведено более 30 тысяч армян и греков.
Таким образом, в Крыму складывалась следующая ситуация: Россия формально признавала независимость ханства, но в то же время Потемкин предпринимал шаги по его ослаблению, пользуясь недовольством татарской знати по отношению к нововведениям Шагин Гирея.
10 марта 1779 г. Россия и Турция подписали новую Анайлы-Кавакскую конвенцию, по которой Россия должна была вывести свои войска из полуострова и, подобно Турции, не вмешиваться во внутренние дела ханства.
Осенью 1781 г. ситуация в Крыму опять обострилась и привела к новому восстанию против Шагин Гирея. Его возглавили старшие братья хана — Батырь Гирей и Арслан Гирей. Как писал современник, никто точно не знал причин возмущения, султаны подняли мятеж «с зависти ль, либо по подыскам Порты или же под существенным предлогом, которой братья главным претекстом объявили, что они, видя народ, в Крыму обитающ, отягощенным новым от него Шагина в разных видах установлением…», а кроме того, «как уже весна наступала, в кое время обыкновенно крымцы к бунту по теплоте свободу имели». В конце мая 1782 г. тревожные известия достигли Потемкина, который получил письмо от своего родственника М.С. Потемкина из Петербурга: «Казалось бы, на самое короткое время отсюда отлучились (в это время князь был в Москве. — Н.Б.), а с двух сторон так важные пришли известия. Судьба не допускает Вас быть в удалении».
В июне уже Екатерина шлет Потемкину письмо, призывая его к действию: «Не токмо желание мое узнать о твоем добром состоянии принуждает меня послать к тебе сего нарочного, но и самая нужда по делам: в Крыму татары начали снова немалые безпокойства, от коих хан и Веселицкий уехали водою в Керчь… Теперь нужно обещанную защиту дать хану, свои границы и его, нашего друга, охранить. Все сие мы б с тобою в полчаса с тобою положили на меры, а теперь не знаю, где тебя найти». Князь поспешил в Петербург.
3 августа императрица в письме к Шагин Гирею обещала направить ему на помощь военные силы для усмирения мятежников и утверждения его безопасности и предлагала хану прибыть в Петровскую крепость, куда должен был приехать и Потемкин, имевший необходимые полномочия. Потемкин считал, что новый бунт — это следствие «неминуемого и всегдашнего подстрекания татар против России», усилившегося из-за привязанности хана к России. Князь настаивал на введении войск в Крым, и «естли Вам не подать помощи ему, сим некоторым образом дознают, будто бунтовщики имели право возстать на хана… Я Вас уверить могу, что татар большое число, увидя войски, отопрутся от прозьбы Порте вознесенной и вину всю возложат на начальников возмущения».
8 августа 1782 г. Потемкин направился на юг, где 23 сентября встретился с Шагин Гиреем в Петровской крепости. В беседе с ханом князь передал ему личное послание императрицы, которая решила ввести войска в Крым, рискуя при этом пойти на открытый конфликт с Турцией, и посоветовал Шагин Гирею, «дабы по приведении в порядок крымских дел будущею весною побывать и на Кубане, чтоб и тамошния народы персонально привесть в лутчее состояние».
Через четыре дня генерал-поручик граф Де Бальмен получил приказание Потемкина вступить в Крым, причем особое внимание он должен был уделить отношению к местному населению: «Вступая в Крым и выполняя все, что следовать может к утверждению Шагин Гирея паки на ханство, обращайтесь, впрочем, с жителями ласково, наказывая оружием, когда нужда дойдет сонмища упорных, но не касайтесь казнями частных людей. Казни же пусть хан производит своими, — писал Потемкин, — если в нем не подействует дух кроткий монархини нашей, который ему сообщен. Естли б паче чаяния жители отозвалися, что они лучше желают войти в подданство Ея императорскому величеству, то отвечайте, что вы, кроме спомоществования хану, другим ничем не уполномочены, однако ж мне о таком произшествии донесите… Сообщите мне и примечания ваши о мыслях и движении народном, о приласкании которого паки подтверждаю».
Хан, получивший военную помощь России и обнадеженный Потемкиным, двинулся к Перекопу. Толпы мятежников разбегались при подходе русских полков. Однако русский дипломатический агент Я.И. Рудзевич, донося Потемкину 30 октября 1782 г. «об успокоении большей части черни и о просьбе мурз защитить их от гнева хана», сделал весьма важное замечание: «Но Шагин Гирею никто бы не повиновался без русских войск».
Потемкин и сам, побывав в эти дни в Крыму, убедился, что личность Шагин Гирея вызывает недовольство у татарской знати, она, возможно, с большим желанием восприняла бы протекторат России, нежели такую «независимость». Особое влияние на настроение крымских жителей оказала та необычайная жестокость, с которой Шагин Гирей расправился с мятежниками. Батыр и Арслан Гирей были брошены своими сторонниками и захвачены в плен. Только вмешательство Потемкина и Екатерины спасло их от казни по приказанию хана.
29 декабря состоялась казнь двух старшин и 10 мулл, обвиненных в сопротивлении, что подробно описал Цебриков в своем сочинении: «Халым и все другие убеждали чернь о прощении, особливо Халым неробко выгаваривал, дабы опомнились, и из черни многия их из рук в руки перехватывали, не смея нихто приступить к начальному убийству. Но когда адним штапом велено к зборищу приступить 30 донским казакам, то по долгом смятении, адин из бешлеев, взявши камень, сперва бросил в голову Халыма, а потом и зборище, тем поощерясь, в 12 часу днем всех 11 человек насмерть побили. Халымов труп публично татара похоронили в городе Карасубазаре».
Столь жестокая казнь, учиненная Шагин Гиреем вопреки манифестам Екатерины II о «человеколюбии и щадении повинную приносящим», стала известна высочайшему двору и самому Потемкину. Хан надеялся утаить эти события или сгладить их с помощью Рудзевича, в данном случае сыгравшего роль так называемого «двойного агента». При начале подавления мятежа против хана Потемкин дал Рудзевичу секретный ордер, чтобы он «испытал у крымцов мысли, могут ли они предшествовать отзывом и желанием в российское подданство». Суть своей миссии Рудзевич открыл хану и стал тайно помогать ему в противостоянии с Потемкиным; и, как писал Цебриков, он «все рачение употреблял к затмению возчатаго князем о подданстве прознаменования… и донесений, хотя пред всеми об оных оглашал, к князю ни чрез кого не отправлял…».