Тем временем Цезарь начал работать над новым литературным произведением, используя свой несравненный талант для того, чтобы представить в выгодном свете свои действия и побудительные причины. Этот труд явился продолжением описания кампаний в Галлии, второй частью «Комментариев», и был посвящён гражданской войне, но охватывал только первые два года военных действий. Так же как и в случае «Комментариев к Галльской войне», дата выпуска окончательного издания точно не известна, но весьма вероятно, что влиятельные римляне получали очередную книгу вскоре после описанных в ней событий. Это предположение подтверждается необычно энергичным стремлением к самооправданию при описании первых кампаний гражданской войны, которым пронизана вся книга. Красной нитью проходит тезис о том, что враги Цезаря, преследуя личные цели и желая отомстить ему, вынудили его начать войну, которой он всеми силами стремился избежать. Его противники, конечно, могли бы столь же убедительно представить на всеобщее рассмотрение сомнительное прошлое Цезаря и раскрыть его тайные цели, если бы имели литератора, обладающего равным талантом. Но такого мастера среди противников Цезаря не нашлось. В одном Цезарь был, по крайней мере, прав. Он справедливо охарактеризовал своих врагов как небольшую группу реакционных сенаторов, вынудивших большинство уступить своим желаниям.

Хотя гнев и презрение и угадываются при описании гражданской войны, ясное, сжатое и спокойное изложение её событий рассчитано на то, чтобы составить выразительный контраст с бушующими вокруг автора полными ненависти слухами. С лихорадочным упорством Цезарь пишет о своём миролюбии. Он настаивает на том, что боролся не во имя уничтожения своих врагов, а для того, чтобы при минимальном кровопролитии разрешить, насколько возможно, существующие противоречия. Именно поэтому приблизительно за три недели до перехода через Рубикон он отказался от предложенного Курионом внезапного нападения. Цезарь стремился убедить всех и каждого, что сделал всё возможное для предотвращения военных действий. Он просто обязан был вести с собой своих солдат. То было время личных армий, и задача полководца заключалась в том, чтобы поддерживать у солдат уверенность в своём командире и в том, что их усилия будут соответствующим образом вознаграждены. Солдаты, в свою очередь, были связаны присягой и не могли допустить, чтобы их лидер подвергался несправедливому преследованию. Как и обычно, целью пропагандистских обращений Цезаря, в которых коварно перемешивались юридические и эмоциональные доводы, был Рим. В феврале 49 года до н. э. Цезарь определил три цели своей войны: освобождение народа Рима от притеснений со стороны небольшой клики, восстановление прав народных трибунов, незаконно изгнанных из города, и защита его самого, Цезаря, от незаслуженного оскорбления со стороны врагов. Он считал абсурдным противопоставление своей якобы революционности конституционализму Помпея. Вся карьера Помпея свидетельствовала о противоположном, а совершенные им в юности убийства требовали отмщения. Это, возможно, и не растопило лёд между Цезарем и теми, кто высоко ценил Помпея, достойного, законопослушного гражданина, каким он считался ко времени начала военных действий, однако грубое нарушение законных прав трибунов позволило Цезарю объявить себя стойким защитником римской конституции.

Лицемерная пропаганда Цезаря оказалась гораздо эффективнее пропагандистских мероприятий Помпея. Цезарю удалось подтвердить на деле свои заявления, кроме того, его агенты по всей Италии были гораздо искусней в создании убедительного образа своего патрона. За первые месяцы гражданской войны он обрушил на противника шквал мирных инициатив, направляя своих послов и неофициальные мирные миссии. Но из тенденциозного текста «Гражданской войны» мы вряд ли получим достоверную информацию об их деятельности. Возможно, в тот момент стремление Цезаря к миру было подлинным. Он даже поговаривал о признании символического превосходства Помпея, которое не помешало бы Цезарю, после его недавних побед, играть ведущую роль в управлении страной.

Осуществление одной из мирных инициатив Цезарь поручил племяннику Бальба, такому же колоритному и активному политику, как и его дядя. Ему нужно было склонить на свою сторону благородного патрона и несостоятельного должника, консула Лентула. Но молодой человек прибыл слишком поздно: Лентул уже успел покинуть Италию. После того как Агенобарб лишился своих отрядов, численный перевес оказался на стороне Цезаря, и Помпей поспешно выступил в Брундизий; а затем 4 марта оба консула с частью армии и сенаторов пересекли Адриатику.

Для Цезаря это стало серьёзным ударом, так как отъезд консулов из Италии лишал его деятельность даже видимости законности и создавал серьёзные осложнения при организации консульских выборов на следующий срок, а выборы по-прежнему оставались неотъемлемой частью его политической программы. Однако Помпей был всё ещё в Брундизии. Цезарь с шестью легионами подошёл к городу несколькими днями позже и, после того как все его многочисленные попытки договориться о мире потерпели неудачу, попробовал блокировать Помпея в гавани. Но Цезарю не хватило необходимой поддержки с моря, и 17 марта Помпей искусно прорвал блокаду, вынудил корабли Цезаря уйти в открытое море и со своей флотилией направился в сторону Балканского побережья.

Цицерон, а впоследствии и Наполеон расценивали решение Помпея оставить Италию как ошибочное, но трудно себе представить, что ещё он мог тогда предпринять. Армии и клиенты Помпея в Италии продемонстрировали свою ненадёжность. С другой стороны, в его распоряжении по-прежнему оставались обширные ресурсы Испании и восточных провинций. Причём восточные провинции казались более предпочтительными, поскольку были богаче, а кроме того, Испании угрожали отряды Цезаря, расквартированные в Галлии. Помпей доминировал на море и планировал возвратиться с Востока так же победоносно, как он это сделал тринадцатью годами ранее.

Итак, Помпей оставил Италию, а Цезарь вынужден был отложить, как это уже случалось неоднократно, свои планы разрушить его сомнительный союз с консервативным блоком. Будущее в тот момент казалось неопределённым и тревожным. Однако Цезарь мог благодарить судьбу. Он завоевал всю Италию за 65 дней, не встретив серьёзного сопротивления и не нанеся ни одного серьёзного удара. Теперь он продемонстрировал, что для него Италия не только сам Апеннинский полуостров, но и север, который до настоящего времени не считался частью страны. Цезарь прекрасно понимал, что своим успехом он в значительной степени обязан неограниченным ресурсам Цизальпинской Галлии и превосходным отрядам, которые он там завербовал. Поэтому следовало скорее положить конец оскорбительному положению, в котором находились города, расположенные за рекой По, где можно было получить только половину прав граждан Рима. Не прошло и недели после того, а Помпей уже отплыл от берегов Италии, а Цезарь отдал распоряжение претору предоставить этим городам всю полноту прав римского гражданства.

Затем Цезарь оставил Брундизий и направился в столицу. По пути в Рим он настоял на встрече с Цицероном, и они действительно встретились, впервые за десять лет. Цезарь считал абсолютно необходимым либо привлечь этого златоуста экс-консула на свою сторону, либо, по крайней мере, добиться его нейтралитета. Бальб и другие посредники уже подготавливали почву, а сам Цезарь написал ему учтивое письмо, напомнив о том, что они связаны через Долабеллу, зятя Цицерона (правда, Долабелла ужасно обращался с дочерью Цицерона Туллией). Цезарь поздравил оратора с благодарственной церемонией, организованной в честь победы Цицерона над бандитами во время правления на Сицилии, что было достаточно смехотворным, поскольку, кроме незначительной перестрелки, там ничего не произошло. Цезарь, разумеется, не мог удержаться и напомнил Цицерону о том, как вёл себя его союзник, Катон, выступивший против организации церемонии. Цицерон, со своей стороны, ответил многословно и изящно, продемонстрировав такую же неискренность, как и Цезарь. Направив Цезарю наполненное грубой лестью приветствие в связи с проявленным им в Корфинии милосердием, Цицерон в это же время писал Аттику, что этой мягкости ни в коем случае нельзя доверять, что Цезарь — не кто иной, как преступник, не заслуживающий ничего, кроме отвращения, и что, придя к власти, он оставит в живых лишь немногих представителей высших классов.