Спустя два дня в Успенском соборе митрополитом Московским и Коломенским Тихоном был отслужен торжественный молебен над ракой с мощами священномученика Ермогена. Молить о прощении подвергшегося оскорблению святого пришли почти все члены Церковного Собора. Владыка Тихон обратился к богомольцам с кратким словом, в котором указал на чрезвычайные обстоятельства, собравшие верующих под сень древнего исторического храма, и призвал всех принести покаяние перед Богом и молить святого угодника Ермогена о заступничестве за родную землю.
Всероссийская же кампания по вскрытию, вернее, поруганию и уничтожению святых мощей началась в 1919 году. Перетряхнули раки с мощами великих русских святых Александра Невского, Сергия Радонежского, Тихона Задонского. Вскрытия зачастую сопровождались надругательством над памятью святых. В надежде, что глумлению над православной верой можно противостоять, патриарх Тихон писал 4/17 февраля 1919 года епархиальным архиереям:
«Господу угодно было прославить некоторых святых Своих нетлением их тела; честные мощи таковых угодников Божиих открыто почивают в храмах в драгоценных раках-гробницах, сооруженных любовью верующих… Благочестивое усердие верующих, окружая их останки благоговейным усердием, соорудило и для таковых честных мощей драгоценные раки и оправы, иногда по подобию человеческого тела, располагая в них в подобающих облачениях кости праведников и другие частицы святых их мощей…
Считая необходимым по обстоятельствам времени устранить всякий повод к глумлению и соблазну (в том, что доселе не вызывало соблазна и было лишь благочестивым народным обычаем), поручаю Вашему Высокопреосвященству, по Вашему непосредственному усмотрению и распоряжению, с архипастырской заботливостью и рассуждением устранить всякие поводы к соблазну в отношении святых мощей во всех тех случаях, когда и где это признано будет Вами необходимым и возможным, с донесением о последующих Ваших распоряжениях Священному Синоду.
Молю Господа, да поможет Он в этом деле и сохранит Вас беспреткновенно в нынешних лютых для Церкви обстояниях».
Большевики, сами не верившие ни во что, кроме победы мирового коммунизма, решили, что наглядный пример надругательства над останками святых поможет им побыстрее покончить с религией. Так, 16 февраля/1 марта 1919 года в 12-м часу дня в Саввино-Сторожевский монастырь прибыли члены съезда Звенигородского Совета советов и потребовали вскрыть мощи преподобного Саввы — первого настоятеля обители. Чтобы не подвергнуть оскорблению останки святого прикосновением к ним рук безбожников, монахи подчинились насилию и сами разоблачили мощи. Останки сохранились в виде черепа и тридцати двух костей. Члены съезда посмеивались: «Смотрите, товарищи, не собачьи ли кости набрали монахи и наклали сюда?» Когда же мощи были перенесены на блюде в алтарь, один из «товарищей», в ответ на слова монаха о вере народа в благодатную помощь преподобного Саввы, плюнул на череп и рассмеялся. Другой «товарищ» схватил череп и грубо ткнул им в лицо ризничего: «На, посмотри на своего заступника».
Безбожники решили сами разложить в раке останки святого, да так, чтобы посмешнее выглядели. Закончив свое кощунственное дело, они расклеили в городе и в монастыре объявления, приглашая публику на осмотр «трухи».
Община верующих при Саввино-Сторожевском монастыре обратилась к комиссару юстиции с просьбой о прекращении подобных оскорбительных для православного люда действий и умоляла «передать ей раку с мощами преподобного Саввы, глубоко почитаемого своего молитвенника и благодатного помощника, на хранение под полную ответственность за сохранение как раки, так и находящихся в ней мощей».
Но вандалы упорствовали в своем кощунстве. 20 марта/ 2 апреля 1919 года патриарх Тихон вынужден был обратиться к председателю СНК В. И. Ленину с заявлением: «Вскрытие мощей нас обязывает стать на защиту поругаемой святыни и вещать народу: должно повиноваться более Богу, нежели человекам».
Но не для того завели в Наркомате юстиции ликвидационный VIII отдел, чтобы считаться с верующими. Если тело святого оказывалось нетленным, как было с мощами святого князя Глеба Андреевича, сына Андрея Боголюбского, то протокол осмотра хранили в тайне. Молчали и когда сохранялась большая часть кожи, мышц и сухожилий, не зная, как научно объяснить такое явление. Но если находили в раках лишь скелеты с присохшей к костям кожей, то моментально газеты начинали кричать об обмане священнослужителями народа, требовать немедленного суда над духовенством. Наркомат же юстиции увозил мощи в анатомический музей, выставляя их в одном ряду с мумиями и окаменевшими крысами.
Один из многочисленных судебных спектаклей, разыгранных в связи с кампанией поругания святых мощей, получил название «процесс Виленских угодников».
В Вильне в XIV веке при дворе литовского князя Ольгерда жили два знатных литовца — братья Кумец и Нежило, возлюбившие христианство и после крещения принявшие имена Иоанна и Антония. За исповедание Христа не раз попадали они в темницу, но мученичество лишь привлекало к ним все больше народа. Тогда языческие жрецы обратились к Ольгерду с требованием предать Антония и Иоанна смерти. Князь решил казнить одного Антония, надеясь, что Иоанн одумается и отречется от христианства.
В дубовой роще 14 января 1347 года (по другому преданию — 14 апреля) Антоний был повешен. Иоанн же продолжал в темнице проповедовать христианскую веру, и 24 апреля того же года его повесили на том же дубе, что и брата. Тела святых мучеников с честью погребли в древнейшей церкви Вильны — Свято-Николаевской. Среди их родственников оставался еще один христианин — Евстафий, и Ольгерд решил уничтожить его, как последнего из своих придворных, живущих согласно с христианскими обычаями. Евстафия били железными палками, выводили на жестокий мороз и лили в рот ледяную воду, ломали ступни ног, вырывали волосы, отрезали уши и нос. Но мученик не изменил веры и 13 декабря 1347 года был повешен на том же злосчастном дубе.
Язычники не подозревали, что гонения и смерть святых Виленских мучеников послужат распространению в Литве христианской веры, что чудеса и исцеления на их гробах будут и спустя много веков привлекать толпы богомольцев в Свято-Духов монастырь.
Архиепископ Литовский и Виленский Тихон не единожды молился у раки с мощами Виленских мучеников:
— Святии мученицы Антоние, Иоанне и Евстафие! Призрите с небеснаго чертога на требующих вашей помощи и не отвергните прошений наших, но яко приснии благодетели и ходатаи наши, молите Христа Бога, да человеколюбив и многомилостив сый, сохранит нас от всякаго лютаго обстояния: от труса, потопа, огня, меча, нашествия иноплеменников и междуусобныя брани. Да не осудит нас грешных по беззакониям нашим, и да не во зло обратим благая, даруемая нам от Всещедраго Бога, но во славу святого имени Его, и в прославление крепкаго вашего заступления. Да молитвами вашими даст нам Господь мир помыслов, воздержание от пагубных страстей и от всякия скверны: и да укрепит во всем мире свою единую святую соборную и апостольскую Церковь, юже стяжал есть честною Своею кровию. Молитеся прилежно, святии мученицы, да благословит Христос Бог своего помазанника, благочестивейшаго государя императора Николая Александровича, весь его царствующий Дом и всю его державу, да утвердит во святей Своей Православной Церкви живый дух правыя веры и благочестия; да вси члены ея, чистии от суемудрия и суеверия, духом и истиною поклоняются Ему, и усердно пекутся о соблюдении Его заповедей; да мы вси в мире и благочестии поживем в настоящем веце, и достигнем блаженный вечныя жизни на небеси, благодатию Господа нашего Иисуса Христа, Ему же подобает всякая слава, честь и держава со Отцем и Святым Духом, ныне и присно, и во веки веков. Аминь.
Когда в 1915 году враг подступал к столице Литовского края, владыка Тихон вывез из Вильны в Москву священные православные реликвии, и среди них главную святыню — раку с мощами святых Виленских мучеников. Ее поместили в Донском монастыре под охраной и уходом иеромонаха Досифея.