12 января 2006 г. был освобожден в Стамбуле после 25-летнего тюремного заключения «за примерное поведение и в связи с истечением установленного наказания».

20 января 2006 г. Мехмет Али Агджа вновь был арестован. Верховный суд Турции отменил решение суда низшей инстанции об освобождении Мехмета Али Агджи, посчитав, что тот был выпущен на свободу на основании ошибки в подсчетах. По мнению Верховного суда, 20 лет, которые Али Агджа провел в итальянской тюрьме, не могут быть вычтены из его тюремного срока в Турции, поскольку в Италии он отбывал срок за преступление, совершенное за пределами Турции.