Начальник Главного управления по делам печати М. П. Щербина немедленно, еще до выхода первого номера «Дела», сообщал в министерство внутренних дел Мезенцеву о том, что в отличие от остальных журналов «Дело» оставлено под предварительной цензурой, и дал распоряжение Цензурному комитету следить за журналом Благосветлова «с особой строгостью, чтобы принудить его к добровольному закрытию». В итоге из 48 печатных листов первого номера «Дела» цензура запретила 22.

Начался период, «самый трудный в жизни Благосветлова, а по некоторым последствиям даже роковой». Таково свидетельство Шелгунова, который опубликовал многие письма Благосветлова, относящиеся к этому времени (письма 1864–1866 годов он сжег после 4 апреля 1866 года). В одном из писем Благосветлов сравнивает себя с матросом, «выброшенным в открытое море после крушения корабля». «Вода течет, лодка опускается ко дну, и мне, — пишет Благосветлов, — приходится в одно и то же время затыкать дыру и выливать воду. Эта аллегория переводится на простой язык так: мне закрыли журнал, велели закрыть книжный магазин и передать типографию лицу благонадежному…» «Поверите ли, — говорит далее Благосветлов, — что я на свободе чувствую себя не лучше крепости. Скверные нервы не дают ни минуты покоя, потому что каждый день несет новые тяжелые впечатления. Удивляешься, что за каменная природа человек; кажется, давно пора бы лопнуть хилому механизму жизни, ан нет — он стоит и жаждет не покоя, а деятельности. Но деятельность-то становится не под силу; уж слишком много навалилось хлопот и неприятностей». Эти сетования не были проявлением слабости Благосветлова. Его положение и в самом деле было чрезвычайно трудным. Он был предупрежден, что «Дело» может отправиться по следам «Русского слова» в вечность. «Это было сказано не в виде угрозы, — писал он Шелгунову, — а факта, который нужно отвести всевозможными усилиями; все это, разумеется, достается кровью всем нам, но что же делать?»

Цензурные гонения были столь беспощадны, что иногда, казалось бы, у Благосветлова совсем опускались руки, но он упорно не бросал журнала. «Должен вам откровенно сказать, — писал он Шелгунову, — что я устал до истощения сил; чувствую, что еще хватит головы и энергии, чтобы бороться, но что это за борьба?… Борьба глухая и пассивная, вы не видите ни врага, ни оружия… жизнь уходит на мелкие состязания, а результата никакого…» И в том же письме он продолжает, что бросить «Дело» нельзя, но что нужно искать средства «идти не лбом против стены», он советует «удалиться пока в тихую область истории и естественных наук, а политических и экономических вопросов пока не трогать. Полунамеки и намеки не по силам нашей публике, и потому все, что посерьезнее, должно быть припрятано на черный день… Вот мое мнение, почерпнутое из 22 листов совершенно запрещенных для первой книжки «Дела».

Предприятие Благосветлова, который, обманув цензуру и III отделение, выпускал журнал, не имея на этот раз не только редакторских, но и издательских прав, было попросту опасным. Он знал это и пытался даже всячески маскировать свое участие в «Деле». Благосветлову было известно, что III отделение вновь намеревается выслать его из Петербурга. Он писал об этом не только Шелгунову, но и заграничному корреспонденту журнала, участнику Польского восстания, эмигранту П. И. Якоби: «По выходе первой книжки «Дела» на журнал посыпались со всех сторон доносы, именные и безымянные. Министр народного просвещения гр. Толстой, такой идиот, каких даже у нас мало, донес по начальству, что «Дело» то же «Русское слово», только под другой оберткой, что Благосветлов участвует в нем. Этого было достаточно для того, чтобы дать повод душить журнал безобразнейшим образом. Началось следствие, действительно ли я участвую, начали обыскивать типографии, стали перебирать рукописи, меня хотели выслать из города и дали цензуре особенное предписание давить журнал. Началась пытка: из 40 набранных листов пропускают какие-то обрывки на 6 листах, все прочее запрещают. Редактор Шульгин жалуется министру, — министр усиливает строгости. Шульгин просит выпустить его из-под цензуры, — не дозволяют. Шульгин хочет жаловаться царю, — к царю не допускают. А между тем «Дело» стоит, сотрудники стоят; каждый день несутся денежные убытки… В таком положении я находился до нынешнего дня. Только сегодня я получил некоторую уверенность, что журнал пойдет и что облегчат его ход. Поэтому и могу ответить вам на вопрос: что и как писать? Пока давящая сила правительства не ослабнет, пишите серьезные статьи по естественным наукам. Но только не касайтесь религии. Пока это строго запретный плод… При первой возможности «Дело» выйдет из-под цензуры, но теперь не выпускают».

Письмо это помечено 14 ноября 1866 года. А вот что в это же время, в конце ноября, писал он Шелгунову: «Вот уже пятнадцатую ночь, как я не сплю нормальным человеческим сном: забудусь и проснусь. Напряжение нервов доходит до изумительной тонкости… Думается много, ужасно много, но эти тяжелые мысли, как бесплодный груз, ложатся камнем на мозг и на всю нервную механику. И за всем тем, это состояние нельзя назвать болезненным. Энергия и силы чувствуются в здоровом состоянии. Но об этом не стоило бы и говорить, если бы это было только мое личное настроение. Нет, я вижу и других в таком же положении. Я убежден, что это общий органический перелом эпохи, более или менее отражающийся на всем чувствующем… Дряблые натуришки впадают обыкновенно в мистицизм в такие эпохи; сильные натуры или ломятся пополам, или делают добрые и честные дела…»

Благосветлов принадлежал к сильным натурам. И хотя условия его работы были ужасными, хотя правительство, «несмотря на все просьбы и ходатайства, не выпускало журнал из-под предварительной цензуры и не давало ему вздохнуть спокойно, Благосветлов продолжал вести журнал по избранному им пути.

«Человек этот — сильной воли и твердого характера . Как ни жмет и ни теснит его Главное управление по делам печати, он все-таки держится твердо и не отступает от предвзятых им целей и стремлений», — говорилось в очередной записке III отделения в январе 1867 года и вновь предлагалось: «Так как в близком будущем грозит ч(Делу» запрещение, то было бы гуманнее прекратить существование этого журнала ныне же и тем лишить партию, вступившую в борьбу с правительственными воззрениями, возможности распространять свое учение, уже признанное вредным, в особенности для быстро увлекающегося юношества».

И тем не менее журнал продолжал выходить, причем в нем участвуют «лучшие наши силы после крушения двух журналов, — пишет Благосветлов литератору Г. П. Данилевскому. — Тут все работают — Писарев, Елисеев, Шелгунов, Щапов, Якоби и пр. Жалко только, что все лучшие и честные представители нашей мысли должны скрывать свои имена под спудом, облекаться в разные маскарадные платья и под псевдонимами давать себя чувствовать публике. Но эти потемки пройдут, и наступит свет…».

Благосветлов мыслил журнал «Дело» как идейное и духовное продолжение «Русского слова» — как мы видим, так же расценивала «Дело» и цензура. Так оно и было, в значительной степени прежде всего по кругу сотрудников, в «Деле» продолжали писать П. Н. Ткачев, Д. Д. Минаев, А. Шеллер-Михайлов, А. Ф. Бажин, Эли Реклю и др. Уже первый номер журнала, хотя он прошел сквозь беспощадную, невиданно трудную цензуру, открыто декларировал эту преемственность: здесь было помещено продолжение повести Шеллера-Михайлова «Засоренные дороги», начало которой было напечатано в «Русском слове», в последней книжке его, за которую журналу было объявлено роковое третье предостережение. Весь дух номера подспудно выявлял все то же демократическое, «отрицательное» направление, за которое было закрыто «Русское слово». Статья Шелгунова «Убытки земледельческой России» продолжала одну из коренных тем «Русского слова» — тему крайней отсталости страны, бедственного положения ее земледельческого населения, что ни в малой степени не изменила политика правительственных реформ. Эта мысль развернута в программной для журнала статье Благосветлова «Ирландия»., где на примере отсталой Ирландии он показывает, что, никакие полумеры не в состоянии изменить бедственного положения народа. Выход один: «Переход земель от мелкой и крупной сквайрократии (т. е. дворянства) в руки самих земледельцев есть первый шаг к благосостоянию страны».