В определениях бога Прокопович нередко отходит от традиционно-христианского понимания его как личности. «Есть некая невидимая всемогущая сила, — пишет он, — ю же богом называем» (45, ч. II, 23). Хотя чаще для определения бога им используются понятия отрицательной теологии, в его сочинениях можно найти и понимание бога как разума, как всесовершенного ума, предвечной мудрости, вечной истины (47, 229), а в некоторых случаях — близкое понятиям первопричины («безначальная вина») и даже закономерности природы. Эти определения бога, характерные для деизма, через утверждение о его вездесущности, иногда смыкаются в его работах с элементами пантеизма. И здесь Прокопович весьма близко подходит к пониманию бога как природы, высказанному Бруно и Спинозой. «В природе существует и живет бог» (37, 400), «бог… есть в вещах» (61, 78 об.), «природа сохраняется богом, а это все равно, что сохраняются субстанции» (там же, 85 л.). Конечно, эти мысли разбросаны в произведениях Прокоповича и не собраны в такую логически стройную концепцию, как это имеет место у Спинозы, тем не менее мысль об определенном единстве бога, природы, субстанции вещей у него безусловно есть. Нельзя не видеть, что она противоречит не только христианскому пониманию бога как личности, но и догмату о боге едином по существу и троичном в лицах. Наличие этого противоречия отмечалось церковниками еще при жизни Прокоповича, оно использовалось для обвинения его в ниспровержении догматов православной веры, в еретизме и безрелигиозности. Последующие православные богословы постарались это противоречие сгладить, но и они не могли отрицать, что «здесь мысли Феофана и амстердамского философа довольно ощутимо совпадают…» (123, 60).
Вытекающий из пантеизма отход от трактовки бога как личности закономерно превращается в критику его антропоморфистского понимания.
Во многих произведениях он критикует «антропоморфистов, которые буесловили о бозе, будто он имеет подобные телесному составу нашему уды и члены» (21, 72). «Глупо разсуждают тии, — говорит Феофан, — которые помышляют, будто бог есть составу человеческому подобен и будто имеет и голову, и бороду, и руки, и ноги, и другие телесные члены» (48, 4). Но это «глупое рассуждение» содержится и в Библии, ведь и «в писании упоминаются и очи, и уши, и руки божие и прочия части нашим подобныя». Прокопович не выражает своего прямого несогласия с Библией, дающей антропоморфное изображение бога, но говорит, что духовное здесь изображается как телесное, т. е. аллегорически, для того чтобы его хотя бы приближенно мог понять грубый и невежественный читатель. Более определенно он высказывается, когда речь идет о верованиях древних народов. Своих богов «сами Еллины повымышляли, не токмо из человек неких славных, но и из мест, из стихий, из свойств естественных, из добродетелей и злонравий и разных страстей человеческих» (12, 371).
Интересно, что во многих своих произведениях философ отмечает переход: сначала обожествляются стихии природы, затем — отдельные конкретные люди и, наконец, — абстрактные моральные качества, способности, силы человека. Уже говоря о первом, Феофан отмечает, что это «глупое человеческое вымышление. Явно то потому, что философы, стыдяся просто, как народ простой верил о богах верить, толковали в именах богов различных стихий силы, именем, например, Дия или Йовиша — воздух, именем Нептуна — воду, Цереры и Вакха именем силу земли плодородную. За что ис философов Сократ и Аристотель донесены были на суд яко безбожницы и Сократ Ареопагитским судом смерти за то предан» (36, 128 об.). Прокопович проводит аналогию между обожествлением природных стихий в античности и современными ему суевериями и верой в чудеса. Он раскрывает роль обычая, традиции, отсутствия проверки и исследования в закреплении этих верований. Суевер так же, как и язычник, «что ни видит в мире славимое и что ни слышит от прочих сказуемое, да еще от древних лет преданное, якобы к помощи или вреду действительное, то и приемлет себе без сумнения, хотя ни малого о том в уме своем основания не имеет… Подобно и древнии язычники, каких богов и богинь по рождении своем в мире застали, всех тех и почитали. Кто бы ныне мог поверить, что в быках, кошках, в рыбах, еще же и в травах, в капусте, в луке, в чесноке божество есть? А древнии египтяны все то крепко верили. Кого бы ныне мощно привести к вероятию, что и Лихорадка богиня, богиня Зима, богиня по травах ржавщина, богиня Туч и проч. А древних римлян все то богини были и имели себе великие посвящаемый храмы и определенные праздники, в том числе и Рома, то есть город Рим богиня им была» (34, 127 л.). Уже здесь намечается им противопоставление не идола истинному богу, но суеверия, неведения знанию.
Выдвигая мысль о человеческом происхождении веры в бога, Прокопович не считает, что знание о боге естественным образом вложено во всех и поэтому очевидно само собой. Подобно другим мыслителям XVII и начала XVIII в., Бэкону, Декарту, Спинозе, Локку, Лейбницу, а впоследствии и Канту, он полагает, что бытие бога, знание о котором не является непосредственным, требует доказательств.
Онтологическое доказательство бытия бога, предложенное Ансельмом Кентерберийским, но отвергнутое уже Аквинатом, отсутствует в произведениях мыслителя. Хотя его приводят и Декарт, и Спиноза, и Лейбниц, Прокопович не считает возможным использовать его из-за его априорности. Впоследствии развернутое обоснование несостоятельности онтологического доказательства бытия бога дал Кант, показав, что оно смешивает мыслительное существование с реальным.
Единственный путь познания бога, по мнению Прокоповича, это восхождение к нему от «твари», от природы, поэтому для обоснования его бытия он использует только апостериорные доказательства. К их числу относится прежде всего космологическое доказательство, которое предлагается Феофаном в трех положениях: 1) движение каждого физического тела вызывается воздействием на него другого тела, на это другое — третьего и т. д., пока наконец не доходят до того, кто производит его начальное движение, а это и есть бог; 2) таким же образом доходят и до первопричины и точно так же — 3) от случайности — к признанию абсолютной необходимости, при этом бог оказывается «настолько необходимым, что не зависит от какой-либо иной причины и не может не существовать, если б даже сам этого захотел» (61, 43 об.). Все эти положения являются убедительным свидетельством того, что метафизическое понимание движения, причинности, необходимости и т. д. с неизбежностью ведет к идеализму. Только признание самодвижения материи, до которого еще не мог подняться механистический материализм, делает ненужным перводвигатель, первопричину, абсолютно необходимое существо и позволяет последовательно объяснить материальный мир из него самого.
В литературе уже отмечалось, что «космологическое доказательство бытия божия… Феофан изложил непосредственно по Лейбницу» (123, 63), у которого проскальзывает антиортодоксальная тенденция в его понимании. Действительно, если сравнить космологическое доказательство бытия бога, данное Лейбницем в сочинениях «Теодицея», «Богооправдание», «В защиту бога», с соответствующими местами из работ Прокоповича (см. 61, 151 л.), можно заметить их почти текстуальное совпадение. Лейбниц, написавший свои работы несколькими годами раньше Прокоповича, был корреспондентом Толомаи, учителя Феофана в Риме. От него Прокопович мог узнать об основных положениях философии Лейбница. Внимание Феофана к работам Лейбница мог привлечь и Петр I, с которым немецкий философ вел переписку об учреждении Академии наук. Однако ни сочинений Лейбница, ни упоминания его имени и ссылок на его работы мы у Феофана не находим. Поэтому вопрос о влиянии идей Лейбница на Прокоповича пока остается открытым.
Среди апостериорных доказательств бытия бога, которые приводит Прокопович, космологическое доказательство не является главным. На первый план у него выдвигается так называемое физико-телеологическое доказательство. От целесообразности, гармонии, закономерности, господствующих в природе, он приходит к наличию разума, устроившего этот мир и его сохраняющего. Это доказательство можно найти уже в одном из ранних произведений мыслителя — «Владимире»: