Основным понятием «Натурфилософии» Прокоповича, выполняющим одновременно функцию структурного ядра всего его философского учения, является понятие природного (физического) тела. Подобно Гоббсу, который считал, что Вселенная «является агрегатом всех тел… не оставляя тем самым места для пустоты…» (78, 415), Прокопович исключал из мира вещей как духовные сущности, так и пустоту. По его мнению, мир — это «материальное соединение вещей», или тел (61, 180 л.). Хотя мир и создан богом, но в нем нет ничего, что не относилось бы к телам, движущимся на основании их собственной сущности и природной причинности.
В «Натурфилософии» Феофан показывает, что только природное тело может быть адекватным объектом, изучаемым естествознанием.
Прокопович и другие профессора академии расчленяют и анализируют природные тела, выявляя общее в вещах, их субстрат, из которого все возникает и в который все превращается. Он обладает протяженностью, величиной, фигурой. Но этот субстрат рассматривается безотносительно к противоположности духа и мира, безотносительно к его познанию. Он берется вне основного вопроса философии. Прокопович пытается найти эту объективную основу или перво-признак природных тел вне их отношения к сознанию. Вследствие этого сама основа представляется совокупностью свойств, в которых она как объект растворяется, ее первичность остается чем-то само собой разумеющимся, но специально не выделяется и не исследуется.
Известно, что на определенных исторических этапах развития философии тело, вещь, вещество выступают как эквивалент материи. Но у Прокоповича тело и материя отнюдь не одно и то же. Тело, а не материя характеризуется им как субстанция. Материя же является лишь одним из определений субстанции, одним из ее оснований или принципов, ее существенной частью. Материя, по Прокоповичу, есть незавершенная субстанция. Именно в этом смысле в философском курсе Прокоповича говорится, что материя является субстанцией, а субстанция определяется через материю.
Определение природных тел как независимых и существующих самих по себе субстанций отражало в курсе Прокоповича и других профессоров киевской академии метафизическую разорванность и неизменность природы. Вместе с тем понимание их как субстанций отсекало необходимость вмешательства бога в дела природы и превращало его лишь в гаранта ее неизменности. Оно не могло не накладывать на всемогущество бога весьма серьезные ограничения. Действительно, если сущность природных тел субстанциальна, то «сущность одной вещи не может придаваться другой даже при помощи абсолютного могущества бога… Это правильно, так как сущность субстанции не есть ее существование самой по себе любым способом, а только согласным с природой, то есть ее бытие требует существования в соответствии с ее собственной природой» (133, 179).
В произведениях Прокоповича так же, как и у Спинозы, неоднократно говорится о природе как о принципе и причине движения. Однако трактовка этого принципа у Прокоповича совсем другая. Природа выступает в качестве такого принципа по отношению к отдельным природным телам, что вполне соответствовало механическому пониманию причинности, согласно которому причина, источник движения находится не в том, что движется, а вне его, в толкающем теле. Но вследствие того что субстанцией у Прокоповича является не природа, а отдельное природное тело, возникает вопрос, как объяснить его самобытие так, чтобы не нарушить и принцип механической причинности. Его решение связывается Феофаном с признанием внутренней неоднородности субстанции. Хотя на первый взгляд эта мысль кажется весьма диалектичной, поскольку она переносит причину движения внутрь субстанции и связывает ее с внутренней неоднородностью, различием, противоречивостью, на деле же она обосновывает механицизм. Ибо, как рассуждает Прокопович, если субстанция не однородна, а внутренне расчленена, то один ее компонент или часть может рассматриваться как нечто внешнее по отношению к другому, причиняющему как его движение, так и субстанцию в целом. «Ничто, взятое как целое, — говорит он, — не может быть причиной самого себя (causa sui), но когда оно берется в значении одной из своих частей, то может быть само для себя внутренней причиной» (61, 77 л.). Самопричинение не является существенной определенностью субстанции у Прокоповича.
Субстанция, т. е. природное тело, базируется на двух принципах, или началах, — материи и форме. «Принципы, — говорит Феофан, — есть то, что не происходит ни из чего другого, ни из себя самого, но все происходит из них» (там же, 65 л.).
Вполне понятно, что для той области объектов, по отношению к которым нечто является принципом или основанием, согласно определению, не правомерен вопрос о происхождении или выведении самих принципов. Напротив, в этой области все должно происходить или выводиться из принципов. Поэтому отнесение материи к принципам природных тел давало возможность Прокоповичу сосредоточить внимание не на том, откуда берется или как происходит материя, а на том, как из материи происходят все природные тела. Вместе с тем различение материи и формы позволяло объяснить многообразие тел при признании их единым субстратом — материей. Сведение материи к субстрату природных тел выражало ее основную определенность в этой концепции принципов.
Такое понимание принципов, или оснований, было традиционным в XII–XVII вв. (см. 143, 719 и 132, 80–83). Оно восходит от Аристотеля через схоластику к философии Возрождения, с которой связано начало его изменения. Хотя вплоть до первой половины XVIII в. основная линия в определении материи шла через ее соотнесение не с сознанием, а с формой, фиксируя ее субстратность, уже в эпоху Возрождения вместе с началом опытного естествознания наметилось разложение аристотелевского понятия абстрактной бескачественной материи. Оно проходило в двух направлениях. С одной стороны, возникала тенденция к отождествлению материи с ее наблюдаемыми в опыте чувственно-воспринимаемыми качествами — теплым, желтым, шероховатым и т. д., которая таила в себе опасность ее субъективации (учение о формах и природах у Бэкона и путь от него к Беркли). С другой стороны, с развитием механики и появлением механистического материализма возникла тенденция к сведению материи к основным, первичным, неизменным свойствам, общим для всех материальных тел, таким, как протяженность, тяжесть, фигура и др., определяемым строго геометрически или физически. Обе эти тенденции были шагом вперед по сравнению с пониманием материи только как абстрактного субстрата природных тел.
Первая из них осталась чуждой Прокоповичу, так как он считает, что материя, как таковая, непосредственно не дается человеческим ощущениям. «Материя, — пишет он, — есть во всех телах. Следовательно, возникает потребность исследовать, что она есть, и старательно рассмотреть ее природу. Сделать это тем тяжелей, что мы не можем постичь ее ни одним из ощущений, так как она существует в разнообразных акциденциях скрыто и тайно» (61, 68 л.). Физик судит о природе материи только на основании изучения природных тел, т. е. опосредствованно.
Более близкой для Прокоповича, как и других профессоров киевской академии, оказывается вторая тенденция. «Материя же всякая, — пишет Прокопович, — в рассуждении своего существа постигаемая бывает нами, яко всячески протяженная, сиречь имеющая широту, долготу, глубину, высоту и прочая фигуры» (38, 22). Нельзя не видеть близости этого определения к декартовскому пониманию материи, согласно которому природа материи, то есть тела, состоит не в том, что оно есть «вещь твердая, весомая, окрашенная или каким-либо иным образом возбуждающая наши чувства, но лишь в том, что оно есть субстанция, протяженная в длину, широту, глубину» (80, 446). При сопоставлении мыслей, высказанных Прокоповичем, и данного определения материи Декарта видно, что линия сходства между ними проходит через такие пункты: 1) оба мыслителя под субстанцией понимают тело, 2) оба они возражают против сведения материи к чувственно воспринимаемым качествам, 3) и тот и другой видят ее основное свойство в геометрически измеримой протяженности, постигаемой посредством рассудка и разума. Это же сопоставление дает основание для вывода о наличии в их взглядах не только сходства, но и существенного различия, которое состоит прежде всего в том, что для Декарта тело есть материя, а для Прокоповича оно есть соединение материи и формы.