Для хранения культурных сокровищ гитлеровцы оборудовали целую сеть специальных складов: замок Нейшванштейн, монастырь Бухс, замок Кольмберг, соляные шахты и разработки в Бад-Аусзее. Особые склады для хранения архивов находились во Франкфурте-на-Майне, Хунгене возле Гессена, в замке Банц и в монастыре Райтенхаслах. Кроме того, была создана особая группа «Закупки», которую возглавляли обергруппенфюрер СС принц фон Гессен и директор Дрезденской галереи профессор Поссе. В ее задачи входил грабеж экспонатов для «музея фюрера» в Линце. Эберхард фон Кюнсберг возглавлял «Особую команду», которая первоначально специализировалась исключительно на захвате «политических архивов», а затем ее заинтересовали царские архивы в летней резиденции царской семьи под Ленинградом.
У таких нацистских «коллекционеров», как Эрих Кох, Геринг, Гиммлер, Розенберг и Борман, было немало личных тайников. Возможно, в один из них и попала знаменитая Янтарная комната из Пушкина. Этот город-музей был взят фашистами уже осенью 1941 года. Сразу же после его захвата солдаты вермахта и испанской «Голубой дивизии» занялись мародерством и грабежом. В Екатерининском дворце они штыками выламывали куски панелей Янтарной комнаты, запихивая добычу в ранцы. Это дикое разграбление было остановлено представителями прусской администрации царских дворцов и парков — графом Солмс-Лаубахом и капитаном Пренсгеном, действовавшими по приказу самого фюрера. Перед Янтарной комнатой была выставлена охрана. Мародерам было приказано вернуть выломанные фрагменты, но, как уже выяснилось после войны, возвращено ими было не все.
Семь человек из строительного батальона демонтировали Янтарную комнату за 36 часов. Аккуратно снятые янтарные панели, зеркала и люстры были упакованы в ящики, вывезены на грузовиках на железнодорожную станцию и 14 октября 1941 года отправлены в Кенигсберг (ныне Калининград). Так Янтарная комната покинула Россию. Удивительно, что такую «операцию» не смогли осуществить советские специалисты, когда накануне войны эвакуировали музейные ценности из Пушкина.
Между тем бесценным шедевром заинтересовались в Берлине. И не только там. Именно Альфред Кох, гаулейтер Восточной Пруссии, «положил глаз» на янтарное сокровище. Он фактически опередил министра «восточных территорий» рейхсляйтера Розенберга. Панели с солнечным камнем оказались в Кенигсберге в ведении профессора Альфреда Роде, являвшегося директором кенигсбергского музея. Именно он постоянно твердил Коху о том, что Янтарную комнату необходимо вернуть туда, где она создавалась. Под руководством профессора ее смонтировали в одном из залов Королевского дворца и в 1942 году выставили на обозрение посетителей. 13 января 1943 года в газете «Кенигсберг Альгемайне Цайтунг» появилось официальное сообщение о том, что Янтарная комната подарена Кенигсбергскому музею Германским государственным управлением дворцов и садов. Последний раз ее видели там в 1944 году.
В мае 1945 года из Москвы в Кенигсберг приехала правительственная комиссия во главе с сотрудником Государственного исторического музея Александром Яковлевичем Брюсовым. Она занялась поисками ценностей, вывезенных нацистами из СССР в Кенигсберг. Брюсов вместе с сотрудниками следственного отдела СМЕРШ допросил профессора Роде. Тот упорно повторял лишь одно — Янтарная комната сгорела во время пожара. Первый пожар в Королевском дворце произошел в 1943 году, но тогда реликвия практически не пострадала: только на камнях образовался темный налет, который легко убрали. После этого случая в феврале 1944 года комнату демонтировали, упаковали в ящики и сложили в одном из подвалов дворца. Там она пережила интенсивные налеты англо-американской авиации. Именно после тех бомбежек дворец и музей подверглись значительным разрушениям и, по утверждению Роде, вместе с ними сгорела и Янтарная комната. Однако проведенная ленинградскими искусствоведами экспертиза доказала: в пожаре сгорели только отдельные детали интерьера. На пепелище не нашли ни кусков оплавившегося янтаря, ни остатков бронзового убранства комнаты, ни осколков зеркал и даже химических следов всего этого. Результаты экспертизы наводили на мысль о том, что сокровище уцелело и профессор Роге говорит неправду.
В дальнейшем эта версия подтвердилась. Во-первых, существовал документ от 2 сентября 1944 года, написанный рукой самого Роде. Из него следовало: «Янтарная комната за исключением 6 цокольных элементов цела и невредима». Был найден еще один любопытный документ, датированный 12 января 1945 года. Альфред Роде писал в Культурное управление Кенигсберга: «Я упаковал Янтарную комнату в ящики и контейнеры. Эти панели должны быть перевезены в Вексельбург у Рохлица». Весной 1945 года, когда Восточная Пруссия горела в огне бомбежек, когда наступала Красная армия и царили всеобщая паника и бегство, Эрих Кох объявил своим подчиненным в Кенигсберге и лично профессору Роде выговоры за то, что 4 марта они не успели эвакуировать ценности из дворца и музея. Значит, тогда Янтарная комната еще находилась в Кенигсберге.
В 1998 году журналистам удалось обнаружить сенсационные документы. В них со ссылкой на сына А. Роде утверждалось следующее: 31 декабря 1944 года Кох прислал личное распоряжение Роде спрятать Янтарную комнату в Кенигсберге. Часть ящиков с тщательно упакованным имуществом дворца необходимо было вынести во двор и подготовить к отправке. В официальных сопровождающих документах секретный груз был будто бы оприходован как Янтарная комната. В январе 1945 года в Кенигсберг прибыл Герхард Штраус — уполномоченный по ее эвакуации. Ему Роде показал ящики якобы с Янтарной комнатой, стоявшие во дворе горевшего дворца. Проверять их содержимое в такой обстановке никто не стал. Их погрузили и увезли. Согласно этой версии, А. Роде надежно спрятал янтарное сокровище в Кенигсберге, а в Саксонию была отправлена «кукла». Что ж, замок прусских королей в Кенигсберге был знаменит огромным количеством подземных помещений. В них было нетрудно спрятать 18 ящиков, а вот искать их оказалось не только нелегко, но и небезопасно.
Прекрасные тайники для Янтарной комнаты могли находиться и в других местах города. Некоторые исследователи склонны считать, что ее спрятали в подвалах бывшей пивоварни «Понарт». В связи с этим особенно любопытен такой факт: из подземных погребов пивоварни шла железнодорожная колея к стационарной железной дороге Кенигсберг — Берлин. По ней сокровище без особого труда могли вывезти из города, если бы не одно но: к тому времени Кенигсберг находился в плотном кольце окружения. Следовательно, если Коху и Роде удалось провернуть дерзкую операцию с «куклой», то Янтарную комнату по-прежнему надо искать в нынешнем Калининграде.
У сотрудников СМЕРШа к А. Роде было много вопросов. Встреча с ним была назначена на 16 декабря 1945 года. Но незадолго до нее некто Эрдман сообщил Брюсову о скоропостижной смерти как самого профессора, так и его жены от… дизентерии. Семья Роде просто исчезла из своего особняка. Когда оперативная группа приехала туда, дверь оказалась открытой, при осмотре квартиры были обнаружены следы обыска, повсюду царил беспорядок. Визит в больницу только укрепил подозрения в том, что акция была тщательно спланирована: оперативникам предъявили записки, что супруги Роде скончались от желудочного кровотечения. Однако врача, написавшего заключение о смерти, так и не нашли. Зато
показали место захоронения умерших. На кладбище отыскался холмик с деревянным крестом, на котором химическим карандашом было выведено: «Эльза и Альфред Роде». Могила, как и следовало ожидать, оказалась фальшивой.
Существует версия, согласно которой Роде якобы решил рассказать советским представителям о том, как и куда была вывезена Янтарная комната. Об этом свидетельствуют записи в найденном позднее дневнике профессора, который был красноречиво назван им «Моя исповедь». В нем пишется о том, что ценная реликвия не пострадала при бомбежке в начале 1945 года. Она была упакована в ящики и… Последующие страницы дневника оказались вырванными. По-видимому, о попытке Роде связаться с советскими представителями узнала агентура Коха, и он был ликвидирован. По другой гипотезе, смерть или же таинственное исчезновение семейства Роде — дело рук секретной организации «Вервольф» («Оборотень»), в задачу которой входило сокрытие от посторонних тайн Третьего рейха в послевоенное время. Так или иначе, но гибель профессора стала первым звеном в цепочке других загадочных смертей, связанных с поиском Янтарной комнаты.