Немногочисленные слова и фразы, не поддающиеся в рукописи прочтению по разным причинам, в опубликованном тексте опущены, пропуск их обозначен звездочкой, отсылающей к подстрочному примечанию; слова, прочитанные предположительно, обозначаются в тексте знаком · <?> в конце слова, например: «воскресенье <? ·, 12* ?> — января» или так: «неприеменно> д<олжны> быть». Отсутствующие в рукописи слова и предлоги, легко восполнимые по смыслу, ставятся в угловые скобки, например: «Человек может не хлебом одним <быть> жив…». В квадратных скобках даны редакционные пояснения текста. Поскольку в этом дневнике отец Иоанн также пользуется наряду с круглыми и квадратными скобками, каждый случай авторских квадратных скобок оговаривается под строкой.

Все подстрочные примечания и переводы принадлежат редакции.

Текст Дневника сопровожден издательскими Примечаниями, аннотированным Указателем имен, Указателем цитат Священного Писания и богослужебных, а также Тематическим указателем.