В марте 1545 года лорды из Совета велели Вильяму Синклеру вернуть все драгоценные камни, одеяния и украшения "Холирудского аббатства… хранящиеся у него дома". Но он не подчинился. Они находились в тайной сокровищнице в подвалах Росслинской часовни, рядом с усыпальницей. Скорее всего, в тайном складе хранилась и частица Истинного Креста в ковчеге из золота, серебра и драгоценных камней, которую охраняли чашеносец святой Маргариты и семейство Сент-Клеров в течение пяти столетий как самую драгоценную реликвию в Шотландии. Реформация в Англии уже уничтожила почти все святыни и драгоценные реликвии старой католической веры, и Холирудское аббатство тоже будет навсегда обезображено. Шотландия станет еще более усердной в уничтожении священных сокровищ Средних веков.
Хорошо, что эти священные сокровища не вернулись из Росслина, После очередного поражения шотландцев при Пинки Клу Холируд был снова разграблен. На сей раз английские захватчики смогли унести только свинец, содрав с крыши последний металл. Разрушение было до того полным, что самая прекрасная церковь в Шотландии стала после Реформации карьером для мародеров. Однако стражу религиозных сокровищ, сэру Вильяму Синклеру, было доверено сопровождать маленькую Марию, королеву Шотландскую, во Францию, где она обручится с дофином; тем временем ее мать пыталась в отсутствие дочери править непокорной Шотландией. На высокопоставленных католических священнослужителей уже совершались нападения. Джон Нокс, будущий лидер Реформации, увидел Божью волю в поражении шотландцев при Со-луэй Мосс, а возложение короны регента на голову Марии де Гиз назвал помещением "седла на спину норовистой коровы". В тот же месяц, когда она подписала "Обязательство" Вильяму Синклеру, группа лордов из Файфа ворвалась в замок Сент-Эндрюс и до смерти замучила кардинала Битона за то, что он осудил на сожжение на костре ведущего протестантского проповедника. Джон Нокс присоединился к мятежным лордам и стал проповедовать с кафедры сент-эндрюсского прихода, потом его отправил на галеры французский десант, отбивший замок для Марии де Гиз. В 1556 году ей пришлось предоставить право безопасного проезда своему доверенному лицу, Вильяму Синклеру, и отправить его во Францию за новыми подкреплениями. Он был на год освобожден от обязанностей верховного судьи, и Мария де Гиз поклялась защищать спрятанные в Росслине сокровища.
Религиозные войны в Шотландии обострились со смертью в 1558 году бездетной католической королевы Англии Марии Тюдор и восшествием на престол ее единокровной сестры, протестантки Елизаветы. К этому времени Мария, королева Шотландии, была уже замужем за дофином, и французский король Генрих Второй немедленно провозгласил ее королевой не только Шотландии, но и Англии с Ирландией. Поэт Ронсар писал, что Юпитер предопределил ей править Англией три месяца, Шотландией три года, а Францией полгода. Французская и католическая угроза казалась такой неминуемой, что шотландские мятежники-протестанты атаковали пограничные районы и на время заняли Эдинбург. Еще одно срочное воззвание к "нашему избранному сыну", Вильяму Сент-Клеру из Росслина, Мария де Гиз за год до своей смерти, в 1560 году, подписала от имени Франциска и Марии, как Deo gratis Rex et Regina Scotorum (Милостью Божией Король и Королева Скоттов). Там содержался приказ контратаковать пограничных мятежников, захватить и арестовать их, сколько бы их ни было, уничтожить их укрепленные дома и наказать за убийства и поджоги. Сам он получил неподсудность за все противозаконные действия, которые мог предпринять.
Твердые сторонники Стюартов и католического дела, росслинские Синклеры были обречены Реформацией, которая произошла на другой год, шотландский парламент ввел протестантское вероисповедание, отменил юрисдикцию папы и запретил отправление мессы под страхом смертной казни за третье нарушение запрета. Эти акты были представлены на утверждение Марин, королеве Скоттов, однако такового не получили. Впрочем, они стали залогом принятия Реформации в Шотландии, и росслинские лорды будут осуждены за свою веру и верность короне. С падением Марии, королевы Шотландской, и пленения ее англичанами через семь лет после смерти матери, Вильям Синклер был арестован, будущее его владений оказалось в опасности, однако в конце концов их возвратили ему.
Нападения эдинбургской черни в 1592 году опустошили Росслинскую часовню, хотя сотню образов Девы Марии, апостолов и святых убрали из них в подвалы с усыпальницей и священными сокровищами католической веры. Четыре алтаря, посвященные Деве Марии, святым Матфею, Андрею и Петру, были разрушены. Однако роскошная часовня, полная языческих по сути изображений и Зеленых людей, не была разрушена полностью по двум причинам. Первая заключалась в том, что Синклеры оставались наследственными Великими Магистрами цехов, гильдий и масонов Шотландии, хотя многие из этих организации вышли из католической веры и приняли протестантскую. Второй причиной послужил секрет, доверенный Марии де Гиз, которой она сохранила в секрете — местонахождение под алтарем сокровищницы, где хранились религиозные реликвии и драгоценности, в том числе вывезенные из Холирудского аббатства и оставшиеся после падения храмовников, в надежных руках Синклеров или Санкто Кларо. Сознание, что Росслинская часовня представляет собой священное место, чтимое как масонами, так и католиками, остановило молотки и топоры религиозных фанатиков.
В последние годы XVI века, когда шотландский король Яков Шестой готовился стать английским королем Яковом Первым по смерти Елизаветы, росслинские Синклеры были признаны верными подданными своего суверена, хотя они хранили спрятанные католические сокровища под часовней. Этим объясняется необычная петиция Шоу от 1600 года. Ее подписал Вильям Шоу, управитель королевских работ и ведущий каменщик всей Шотландии, как за столетие до него Джон Мороу. Кроме него поставили подписи главные лица в строительных профессиях. Документ этот подлинный, он хранится в архиве шотландских масонов. В нем содержится просьба к росслинским Синклерам вновь принять на себя роль наследственных Великих Магистров цехов, гильдий и орденов Шотландии, потому что в последнее десятилетие, когда Синклеры были отстранены от своих обязанностей, произошли серьезные беспорядки. В начале петиции полностью признается власть росслинских баронов в предшествующие столетия:
"Мы, главы цехов, мастера и вольные каменщики королевства Шотландия, с согласия и по поручению Вильяма Шоу, управляющего работ нашего суверенного повелителя короля, — поскольку из века в век Росслинские Лорды были покровителями и защитниками нас и наших привилегий — как наши предшественники повиновались им и признавали их своими покровителями и защитниками…".
Владельцы Росслина временно утратили свое традиционное судейское положение из-за религиозного конфликта и подозрения в том, что они по-прежнему поддерживают католическое дело и род Стюартов. Но близкая смерть королевы Елизаветы и предстоявший переезд Якова Шестого со двором в Лондон делали невыносимой перспективу новых волнений в ремесленных организациях, когда их единственный судья будет находиться в далеком Вестминстере. Синклеры традиционно являлись роялистами, и всегда играли очень важную роль в Шотландии. Это подтверждается другой петицией, переданной им тридцать лет спустя и вновь подписанной всеми ведущими шотландскими масонами. В это время шотландский и английский престолы занимал второй Стюарт, Карл Первый, и оказывавшаяся ими поддержка власти епископов над могущественными прихожанами вновь угрожала вызвать религиозный конфликт; который в итоге закончился Гражданской войной. Росслинские бароны символизировали былую стабильность посреди ненадежною будущего. Как говорилось в петиции:
"Мы от своего имени и от имени наших братьев и ремесленников соглашаемся, чтобы Вильям Сент-Клер из Росслина и его наследники взяли в свои руки судопроизводство над нами и нашими потомками на все будущие времена как покровители и судьи над нами и нашими собратьями в королевстве".