Рапорт советского военного атташе в Риге от 23 ноября 1939 года иллюстрирует, какой сложной была эта операция для Красной Армии. Латвийские военные, ответственные за ведение дел с советскими войсками по проблемам в гарнизонах, были настроены недружелюбно и отказывались от сотрудничества. Старшие латвийские офицеры выражали надежду, что советское присутствие будет кратковременным. Такое отношение приносило вред всем сторонам деловых связей с Красной Армией ^[57].

Подобное отношение к советским гарнизонам существовало в каждой Прибалтийской стране. Пока шла «Зимняя война» с Финляндией, Сталин мог мало что сделать. Однако к середине 1940 года Советское правительство было готово приступать к выполнению последней стадии своего плана по ликвидации независимости Прибалтийских государств. Обвиняя их руководство в совместном заговоре с целью создать антисоветский военный союз, СССР потребовал отставки правительств и дополнительного приема советских войск для размещения вблизи всех главных городов.^[58]

19 июня 1940 года Проскуров распространил по подразделениям разведывательное донесение, в котором указывалось на увеличение германских вооруженных сил вдоль восточнопрусско-литовской границы после введения дополнительных советских войск в Прибалтику. Через два дня новый нарком обороны Тимошенко получил взволнованную, написанную от руки докладную записку от командующего Белорусским особым военным округом генерал-полковника Д. Г. Павлова. После заявления о том, что невозможно разрешить подразделениям литовской, латвийской и эстонской армий оставаться вместе, Павлов рекомендует разоружить все три армии, а оружие вывезти в Советский Союз, либо «после чистки офицерского состава и укрепления частей нашим комсоставом ‹…›, использовать для войны возможно против афганцев, румын и японцев, но не в Белорусском особом военном округе ‹…›. Считаю необходимым разоружить латышей полностью». После того, как с армиями будет покончено, немедля разоружить все население всех трех стран. «За несдачу оружия расстреливать», — добавляет он. «Особый военный округ готов помочь в проведении этих мер», — писал Павлов, но просил, чтобы приказ об этом «был дан за 36 часов до начала акции». Нет никаких данных о каком-либо ответе Тимошенко.

В то время реакция Павлова на проблемы, вызванные интеграцией армий Прибалтийских стран в Красную Армию, могла показаться преувеличенной, но вскоре сбылись его самые худшие опасения: литовские части на левом фланге Западного фронта взбунтовались и стали помогать наступающим немецким войскам. ^[59]

К 6 августа 1940 года Верховный Совет признал вхождение Прибалтийских государств в СССР, а 17 августа нарком Тимошенко приказал сохранить на один год существующие армии Литвы, Латвии и Эстонии, очистив их от неблагонадежных элементов. Затем армия каждой республики будет преобразована в корпус в составе РККА. Этот процесс «советизации» военной и гражданской жизни вызывал гнев даже политически умеренных лиц во всех трех странах ^[60] Но советская контрразведка, казалось, была более озабочена опасностью шпионажа происходившего от присутствия Германской репатриационной комиссии и других организаций, к которым принадлежали ожидающие репатриации немцы. К началу апреля 1941 года стало ясно, что эти немцы пытаются объединить латвийских националистов, создавая группы, известные как «Защитники Латвии» ‹«Тевияс саргс»›, с целью терроризировать латышей, сотрудничающих с советской администрацией. Немцы также снабжали группы оружием и снаряжением для использования против гарнизонов Красной Армии. ^[61] 3 мая НКГБ Литовской ССР раскрыла в Каунасе германскую разведывательную группу, имеющую радиопередатчик, которая поддерживала радиосвязь со Штеттином, где дислоцировался центр Абвера по подготовке агентов для диверсионных операций в Прибалтике. Руководителем радиостанции в Каунасе был бывший офицер литовской армии. Понятно, что хотя литовское националистическое подполье могло разрастаться медленно, его ярость раздувалась репрессивными мерами советских органов. По сообщению НКГБ, между июлем 1940-го и маем 1941 года им было раскрыто и ликвидировано семьдесят пять нелегальных антисоветских организаций, все из которых имели задания к подстрекательству восстаний против Советского правительства, как только начнется война между Германией и СССР. Среди националистов было много различных группировок, но в январе 1941 года все они объединились в организацию «Литовский союз активистов». ^[62]

К 16 мая 1941 года Советские власти были в отчаянии. Центральный Комитет ВКП(б) и Совет Народных комиссаров издали указ «О мерах по очистке Литовской, Латвийской и Эстонской ССР от антисоветских, уголовных и социально опасных элементов». Указ перечислял категории лиц (и членов их семей) — «значительное число бывших членов различных контрреволюционных, националистических партий, бывших полицейских, жандармов, землевладельцев, фабрикантов, крупных чиновников бывших правительственных аппаратов Литвы, Латвии и Эстонии, а также других лиц, занимающихся подрывной антисоветской деятельностью и используемых иностранными разведками для шпионских целей» — которые подлежали тюремному заключению, ссылке и конфискации имущества, а так же определял процедуры, которые должны были быть для этого использованы, и конкретизировал места нахождение лагерей и пунктов ссылки. Вся операция должна была быть выполнена за три дня, под наблюдением народного комиссара государственной безопасности В. Н. Меркулова, его заместителя И. А. Серова и заместителя комиссара внутренних дел B. C. Абакумова. Говорят, что даже в то короткое время до германского вторжения, Сталин сумел депортировать тысячи людей, достигающих четырех процентов населения Эстонии и двух процентов населения Литвы и Латвии. ^[63]

Тем не менее, ему не удалось истребить все остатки литовского национализма. 27 мая НКГБ Литовской ССР подготовило материалы по группе, называющей себя «Литовским легионом». Предвидя надвигающееся нападение Германии на СССР, эта группа поставила целью «поднять восстание в тылу Красной Армии и развивать диверсионно-подрывную работу по взрыву мостов, разрушению железнодорожных магистралей, нарушению коммуникаций». В докладе НКГБ от 10 июня сообщается о «Гвардии обороны Литвы», которая искала возможности объединения литовцев вокруг идеи государственной независимой. Группа инструктировала своих членов, что сигналом к национальному восстанию будет момент, когда Германия пересечет границу Литовской ССР; в ее задачи будет входить «арест комиссаров и коммунистических активистов, захват центров Коммунистической партии без уничтожения их архивов, остановка депортации, приводить железнодорожные пути и шоссейные дороги в тылу советских войск в непригодное состояние и, наконец, в случае помощи Литовского корпуса (Красной Армии), разоружать советские войска и создавать панику». Другое сообщение о «Гвардии» и так называемых «Диверсантах» было послано в Москву оперативной группой НКГБ СССР, работающей в Литве; они описываются как готовящиеся оказывать вооруженную помощь германским войскам, которые нападут на СССР. НКГБ Литовской ССР намеревался арестовать 24 членов этих организаций и запросил Москву прислать группу «квалифицированных следователей». Интересно, удалось ли это сделать до 22 июня? ^[64]

Не только враждебность населения областей, присоединенных Советским Союзом в 1939 — 1940-х годах, создавала напряженность для Красной Армии. Сказывалось и отсутствие хорошо развитой военной инфраструктуры того типа, который существовал вдоль старой границы. Удовлетворение требований полностью отмобилизованной армии означало улучшение шоссейных и железных дорог, коммуникаций и сооружение аэродромов, полигонов, казарм, ремонтных мастерских, госпиталей, складов, нефтехранилищ и т. д. Ценой огромных расходов, эта работа велась безостановочно в течение 1930-х годов в Киевском и Белорусском особых военных округах, а также на Дальнем Востоке — свидетельством того, что Германия и Япония воспринимались как потенциальные противники. После расширения территорий в 1939–1940 годах советские западные границы отодвинулись на 400 километров. Военная инфраструктура, которую многие годы создавали вдоль старой границы, оказалась потерянной. Пропускная способность дорожной сети требовала увеличения, а железные дороги нуждались в расширении, чтобы соответствовать более широкой русской колее. Хотя существующие сооружения, такие как казармы или склады, могли быть приспособлены для военных нужд, многое должно было быть построено на пустом месте. Самой большой проблемой было полное отсутствие укреплений, подобных известной «Линии Сталина», сооруженной вдоль старой государственной границы.