Восстановленный Печатный двор вновь заработал при Михаиле Романове. В это время издательская и типографская деятельность приобретает широкий размах, Печатный двор превращается в предприятие мануфактурного типа, на котором работает большое количество разнообразных специалистов печатного дела.

По повелению царя Михаила Федоровича на территории Печатного двора начали строить большие и великолепные каменные палаты. На гравюре того времени Печатный двор высок и наряден, украшен островерхими башенками, солнечными часами, а над полукруглой аркой ворот установлены барельефы с изображениями льва и единорога. Впоследствии появление этих животных, часто встречающихся в английской геральдике, связывали с тем, что на Никольской улице жили иностранные послы, в том числе и английские. В действительности же их символика была хорошо известна и на Руси. По средневековым представлениям лев издавна был олицетворением силы, единорог — чести. Кроме того, лев мог означать государственное могущество, единорог — единодержавную власть. Изображение единорога встречается на печати Ивана Грозного.

При Петре I на Московском печатном дворе были напечатаны первая русская газета — «Ведомости», положившая начало нашей периодической печати, и первая книга, набранная гражданским шрифтом — «Геометрия славенски землемерие».

В конце царствования Петра Московский печатный двор был передан Святейшему синоду — организации, управляющей церковными делами — и стал называться Московской синодальной типографией. До 1917 года здесь издавалась богослужебная литература.

При Московском печатном дворе (а затем при Московской синодальной типографии) существовало большое книжное собрание — «книгохранительная палата», в которой находились старинные рукописи и книги, использовавшиеся для редактирования, в том числе и издания Ивана Федорова.

Здание XVII века постепенно ветшало, и в 1810 году его разобрали.

Новое здание было построено в 1814 году по проекту архитектора И. Л. Мироновского. Архитектору удалось создать интересное и необычное сооружение по мотивам предыдущего — с башенками, солнечными часами, львом и единорогом над главным входом.

С 1932 года здесь располагается Историко-архивный институт, который заканчивали многие выдающиеся современные историки, в том числе и те, кто впоследствии занимался исследованиями истории печатного дела в России.

На стене здания, выходящей на Никольскую улицу, установлена мемориальная доска с надписью: «На этом месте находился Печатный двор, где в 1564 году Иван Федоров напечатал первую русскую книгу».

Типография в Остроге после переезда Ивана Федорова во Львов стала работать под руководством члена Острожского научно-просветительского кружка писателя-публициста Василия Сурожского. В послефедоровский период здесь были напечатаны Букварь, Часослов, теоретические труды византийских богословов, ряд сочинений, представляющих собой антикатолическую публицистику.

Интересно, что «Книга о постничестве» Василия Великого, выпущенная в 1594 году, была отпечатана шрифтом, который в Вильне использовал Петр Мстиславец. Можно предположить, что давний друг Ивана Федорова на какое-то время приезжал в Острог или присылал в помощь острожским типографам кого-то из своих учеников.

После принятия унии в 1596 году из Острожской типографии выходят издания, направленные против униатской пропаганды. Авторами этих сочинений были Василий Сурожский, Герасим Смотрицкий, Демьян Наливайко — брат знаменитого Северина Наливайко, возглавившего крестьянско-казацкое восстание на Украине. Понимая, каким мощным оружием в борьбе с навязыванием католицизма было печатное слово, один католический автор писал: «Казак Наливайко убивал тела, <…> поп Наливайко убивал души».

В то время князь Острожский был уже стар и, как он сам полагал, жить ему оставалось недолго. После смерти старого князя Острог должен был перейти к его сыну Янушу — воспитаннику иезуитов и ревностному католику. Желая сохранить типографию, Острожский в 1602 году перевел ее из Острога в Дерманский монастырь. Однако в силу ряда причин организационного характера наладить работу должным образом оказалось затруднительно, и около 1605 года типография была возвращена в Острог.

Князь Константин Острожский умер в 1608 году. Как он и опасался, его сын Януш начал насаждать в своих имениях церковную унию, и типография прекратила свое существование. Однако ее издания получили широкое распространение на обширных территориях и еще долгое время считались образцовыми, не раз переиздаваясь в Московском царстве, на Украине и в Белоруссии.

Типография во Львове в отличие от всех остальных была собственностью самого Ивана Федорова. Прямым наследником первопечатника являлся его сын — Иван Друкаревич. Имеется упоминание и о других детях Ивана Федорова, ко времени его смерти несовершеннолетних (поскольку львовский магистрат официально назначал им опекуна, можно предположить, что они были рождены в законном браке, то есть после отъезда из Москвы Иван Федоров женился вторично), но о них никаких дальнейших сведений нет.

Иван Друкаревич знал и любил книжное дело, но получить отцовское наследство он не смог. Дело в том, что ввиду постоянной нехватки денег Иван Федоров не раз закладывал и типографское оборудование, и часть выпущенных книг. К моменту смерти первопечатника значительная часть типографского имущества находилась в закладе у нескольких ростовщиков.

Типографию решило выкупить Львовское Успенское братство — национально-религиозная общественная организация, в которую входили львовские горожане православного вероисповедания. Вероятно, членом Успенского братства был и Иван Друкаревич. Деятельность братства была направлена на противостояние католической (а затем и униатской) пропаганде и защите православных от притеснений со стороны властей. Братчики основали во Львове православную школу, содержали больницу и хотели иметь собственную типографию. Братчиков поддержал львовский епископ Гедеон Балабан. Он обратился с посланием «ко всему православному христианству», призывая жертвовать деньги на выкуп типографии Ивана Федорова «со всеми належачими штуками».

Деньги были собраны, и типография стала собственностью братства.

Однако вскоре произошел конфликт между братством и Гедеоном Балабаном. Епископ притязал на принадлежавшие братству Онуфриевский и Уневский монастыри. Кроме того, он пытался руководить деятельностью братчиков, тогда как они считали себя подчиненными не епископу, а непосредственно митрополиту. Обе стороны апеллировали к польскому королю, конфликт был решен в пользу братства. Однако в ходе конфликта некоторые особенно активные члены братства пострадали от произвола епископа, в том числе и Иван Друкаревич. Балабан засадил сына первопечатника в яму и, как писали в своей жалобе братчики, «на смерть уморил». Произошло это в конце 1584-го или в начале 1585 года, то есть через год с небольшим после смерти Ивана Федорова.

Братская типография не только использовала типографское оборудование Ивана Федорова, но и опиралось на его опыт. Братство намеревалось издавать книги самого разного содержания, и прежде всего книги, необходимые для школьного обучения. «Купили друкарню той же школе потребную», — говорится в одном из документов. У церковных властей братство просило разрешения «друковати невозбранно священные книги церковные <…>, но и училищу потребные и нужные, сиречь грамматику, пиитику, риторику и философию». Вместе с типографией братство приобрело и книги, напечатанные Иваном Федоровым. К ним относились как к особой ценности. В 1625 году братство, продавая известному культурно-религиозному деятелю Петру Могиле «Апостол», особо оговорило, что эта книга «друку старого Ивана Москвитина».

Ученик Ивана Федорова Гринь после смерти учителя отошел от типографского дела. В одном документе есть упоминание о жившем во Львове художнике Грицко, который был призван к ответу за нарушенное обещание жениться, данное им поповской дочке Химке. Некоторые исследователи предполагают, что упомянутый Грицко и есть непутевый ученик первопечатника.