По овладении крепостью Свеаборг, в 1808 году при ней учрежден был Свеаборгский порт, первым начальником которого назначен вице–адмирал Сарычев. В том же году другой бывший в Финляндии, на озере Саймо, Вильманстрандский порт упразднен, как потерявший всякое военное значение при перенесении границы нашей со Швецией к реке Торнео. Все находившееся в Вильманстрандском порту казенное имущество было сдано сухопутному начальству в Выборге, а суда переведены в Нейшлот и обращены в перевозные.

В Архангельском порту разрешено строить 11 флигелей для офицеров, 6 казарм для нижних чинов, сараи для разбивки на плазе корабельных членов, для обделки их и хранения, помещение для чертежной и магазин для экипажеских припасов На все это предполагалось употребить до 116 тысяч рублей; а в 1803 году повелено исчисленную «на окончательное устроение Архангельского адмиралтейства в прежнем обширном его виде» сумму 560 тысяч рублей отпустить из государственного казначейства в течение 6 лет.

Возведение новых построек и улучшение существовавших в портах Черного моря, главным образом, произошло в управление Грейга; а в 1816 году в Азовском море упразднен Таганрогский порт, «как признанный более ненужным». В нем оставлен только один адмиралтейский комиссионер для получения и отправления оттуда железа и якорей, доставляемых из Сибири для Черноморского флота.

По причине обмеления реки перед Астраханским адмиралтейством еще во второй половине XVIII века поднимался вопрос о перенесении судостроения в более удобное место на реку Цареву, один из притоков Волги, но составленный тогда проект не получил утверждения. В 1803 году совершенная ветхость портовых строений заставила возобновить вопрос о перенесении адмиралтейства на реку Цареву; выбор места, соображения и переписка тянулись до 1815 года, и когда на Цареве заложили элинг для починки судов, то ранее окончания его постройки убедились, что против элинга проток с каждым годом мелеет, и место проектированных доков заносится илом. Так дело тянулось до 1821 года, когда в управление Астраханским портом вступил энергичный и образованный генерал–майор Орловский. Он нашел, что при недостаточном числе судов Каспийской флотилии большинство астраханских портовых строений было в развалинах, запасов налицо никаких и мастеровых недостаточно. Донося о таком жалком положении порта. Орловский приводил убедительные доказательства о неудобствах строения судов для здешней флотилии в Казани и ходатайствовал о перенесении его в Астрахань и об устройстве здесь адмиралтейства на новом, удобном, избранном им месте, на волжской песчаной косе. Но несмотря на настоятельные представления Орловского и сочувствие к этому делу самого морского министра Моллера, переписка о перенесении судостроения в Астрахань продолжалась три года, и только в 1824 году отпущены были деньги на этот предмет, и явилась возможность приступить к работам.

В 1803 году утверждены были штаты для Охотского порта, по которым начальнику порта, назначаемому из морских офицеров, подчинен был, как коменданту, и самый город. Поэтому начальник порта состоял в подчинении морского министерства и генерал–губернатора Тобольского и Иркутского. По крайне неудобному морскому положению Охотского порта, с давнего времени приискивали для него другое, более удобное место, и так как такого на берегах Охотского моря не оказалось, то в 1812 году военным портом был сделан Петропавловск, находящийся на восточном берегу полуострова Камчатка, куда переведено и морское управление. Охотский же порт, потерявший прежнее значение, только временно посещаем был судами, принимавшими здесь казенные грузы для доставления в Петропавловск.

В Иркутске находилось адмиралтейство, построенное первоначально вне города, но при расширении его вошедшее в городскую черту и окруженное обывательскими домами, которое было в постоянной опасности от пожаров. Кроме того, недостаточная ширина реки представляла неудобство при спуске судов, и поэтому адмиралтейство со всеми его строениями было перенесено за город, за реку Ушаковку. Для постройки и исправлений казенных судов, плавающих по Байкалу, при Иркутском адмиралтействе находилось 3 офицера и около 90 нижних чинов морского ведомства.

Для Балтийского флота линейные суда строились в Петербурге, Архангельске и один 110–пушечный корабль Ростислав – в Кронштадте, для Черноморского флота – в Херсоне, Николаеве и Севастополе, суда для Каспийской флотилии – в Казани. Кроме линейных, на тех же верфях и в других местах строились мелкие суда различных типов. В Сибири, для местных надобностей, небольшие, преимущественно транспортные суда строились в Охотске, а для плавания по озеру Байкалу – в Иркутске.

Всего в первой четверти XIX века построено линейных: 53 корабля и 38 фрегатов; из числа их в Петербургском порту 26 кораблей (в Главном адмиралтействе 22, в Новом 3, на Охте 1) и 33 фрегата (в Главном адмиралтействе 10, в Новом 2, на Охте 11), 1 корабль в Кронштадте и 26 кораблей и 15 фрегатов в Архангельске. В Черноморских портах построено 23 корабля (в Херсоне 16, в Николаеве 7) и 12 фрегатов (в Херсоне 8, в Николаеве 3, в Севастополе 1). Для Каспийской флотилии построено в Казани 12 судов (3 бомбардирских, 4 корвета. 5 бригов) и один бриг в Астрахани.

Первый пароход Балтийского флота Скорый, в 30 сил, построен в 1817 году близ Петербурга на Ижорских заводах, и второй, Проворный, в 80 сил, там же в 1825 году. Первые пароходы Черноморского флота были построены в Николаеве: Везувий в 1820 и 14–пушечный Метеор в 1825 году. Замечательно, что нашему морскому министерству еще в 1812 году предлагали пароходы Фультона, с обещанием, что с пассажирами они будут проходить расстояние между Петербургом и Кронштадтом в 4 1/2 часа, а с грузом – в 6 часов; но это предложение тогда не было принято.

Из кораблестроителей наиболее замечательны по числу и достоинству работ были: в Архангельске – Курочкин, в Петербурге – Стоке и др. и начинающие свою практическую деятельность молодые строители: Амосов, Попов и в Астрахани – Бурачек.

«Лесной департамент», учрежденный незадолго до образования министерств, отошел в министерство финансов, на которое тогда возложено было и заготовление корабельных лесов. В 1810 году, когда Лесной департамент вошел в состав бывшего при министерстве финансов департамента Государственных имуществ, то к последнему перешла и обязанность заведывания лесами. Но независимо от этого общего положения все собственно «корабельные леса» находились в ведении Адмиралтейств–коллегий и были разделены на три округа: «Низовой» – по бассейну реки Волги, «Северный» – Северной Двины и «Западный» – Днепра. В первых двух округах учреждены особые правления, и в составе каждого из них находился корабельный мастер. Западный же округ, до времени, оставался в ведении местного лесного начальства. Низовой округ заготовлял леса для балтийских портов и Каспийской флотилии, Северный для Архангельского порта, а Западный для черноморских портов. Доставка лесов от местных пристаней к портам лежала уже на обязанности морского министерства. Заготовление всех прочих предметов, необходимых для кораблестроения и вообще для флота и морского ведомства, производилось тремя способами: казенными заводами, находящимися в ведении морского и других ведомств, подрядами и покупкой через комиссионеров.