В 1804 году Балтийский флот разделен был на три дивизии, имевшие флаги белый, синий и красный, утвержденные Петром I. Адмиралами белого флага назначены Ушаков и Ханыков, синего – маркиз де-Траверсе и Макаров, красного – Тет. В то же время установлены правила о флагах и вымпелах судовых и шлюпочных. Дивизии разделялись на бригады. Впоследствии, в 1816 г., постановлено, чтобы в Кронштадте находилась одна дивизия, состоящая из трех бригад, одна в пять и две по 4 экипажа; в Ревеле также одна дивизия из двух бригад, каждая по 4 экипажа; в Финляндии одна бригада из 5 экипажей и в Архангельске одна бригада из 4 экипажей. Черноморский флот состоял из одной дивизии, разделенной на три бригады.

В 1810 году произведено коренное преобразование в составе морских команд разделением их на экипажи и роты. Существовавшие со времени Петра I в числе судовых экипажей морские солдаты отчислены к армии, а исполнение обязанностей их возложено на матросов, которым дали ружья, военную амуницию и стали обучать фронтовой службе. Относительно судов введен такой порядок, чтобы по возвращении из плавания они не оставались, как было до сих пор, в ведении своих командиров, а передавались бы капитану над портом, в котором они зимуют.

Каждый флотский экипаж был составлен из четырех рот и имел около 400 человек. В Балтийском флоте определено иметь 52 экипажа корабельных и 8 гребных; в Черноморском 31 экипаж корабельный и 4 гребных и в Каспийской флотилии 3 корабельных экипажа.

Таким образом, полное число экипажей было 98; но по наличному числу людей их сформировали только 82, предполагая недостающие добавить впоследствии. Экипажи различались по номерам, корабельные отдельно от гребных. Первые 52 номера присвоены экипажам Балтийского флота, следующие от № 53 до 83 – экипажам Черноморским и от № 84 до 86 включительно – экипажам Каспийской флотилии. Номера гребных экипажей были: Балтийского флота от № 1 до 8 и Черноморского от № 9 до 12 включительно. Морская артиллерия разделена была на бригады, каждая из 6 рот. В Балтийском флоте таких бригад было 6, в Черноморском 4; а в Каспийской флотилии одна артиллерийская рота. Таким же образом на экипажи и роты были разделены ластовые, мастеровые и даже комиссариатские команды.

Такой состав экипажей существовал только до 1816 года, когда корабельные и гребные экипажи слились под одно общее название «флотские экипажи», из которых каждый состоял из восьми рот. В Балтийском флоте экипажей нового состава положено 27, в Черноморском 17 и в Каспийской флотилии 1. Номера экипажей были в Балтийском, флоте от 1 до 27, в Черноморском от 28 до 44 включительно и в Каспийской флотилии 45–й экипаж.

Баллотировка, как средство справедливейшего выбора достойных к повышению в следующие чины офицеров, установлена в нашем флоте еще Петром I. Правила баллотировки, изменяясь в подробностях, сохранились до настоящего времени, в которое они получили некоторые улучшения и более правильный порядок. Так например, младшие чины отстранены от баллотирования старших, уничтожены шары, выражающие «сомнение», и оставлены только два разряда: достоин или недостоин. Баллотировать положено не во все чины, а только в те, которые по обязанностям своим представляют значительную разницу, как например чины: капитан–лейтенанта, капитана и флагмана. Производство из гардемаринов в мичмана и из мичманов в лейтенанты производили по экзамену; из лейтенантов в капитан–лейтенанты, из капитан–лейтенантов в капитаны и из капитан–командоров в контр–адмиралы по баллотировке. Старшинство офицеров, производимых по баллотировке, определялось по количеству удовлетворительных шаров; и у кого было более трети неудовлетворительных, тот считался забаллотированным. Забаллотированные два раза отставлялись от службы с половинной пенсией или на инвалидное содержание, если они выслужили; но полной пенсии они лишались, хотя бы прослужили 40 и более лет. Для производства из гардемаринов в мичмана кроме удовлетворительно выдержанного экзамена еще требовалось сделать пять морских кампаний; а при производстве из мичманов в лейтенанты – не менее 4 лет службы в чине. На открывающиеся вакансии флагманов половинное число производилось по царскому приказу и половина по баллотированию; в капитаны по царскому приказу производилась четвертая часть, в капитан–лейтенанты – шестая, а остальные по баллотировке.

Отправления морских офицеров на службу волонтерами на английский флот, бывшие в предшествовавшие годы, продолжались и дальше. Так, с 1802 по 1804 года были посланы 4 лейтенанта и 5 мичманов и до 20 гардемаринов морского корпуса. В числе лейтенантов находился известный впоследствии адмирал П. И. Рикорд. Гардемарины же отправлены были в первый раз по распоряжению министра Чичагова, который полагал, что для флота полезнее будет практически образовать большее число юношей–воспитанников, нежели немногих офицеров, содержание которых за границей обходилось втрое дороже. Кроме гардемаринов, в то же время отправлено такое же число учеников, окончивших курс в училищах корабельной архитектуры и штурманском. Первые посылались для усовершенствования в деле кораблестроения и механике, и из них впоследствии вышло несколько хороших корабельных инженеров, в числе которых был И. А. Амосов. Штурманские же ученики посылались для изучения разных портовых мастерств: столярного, мачтового, парусного, канатного; по их возвращении в Россию они получали места мастеров или помощников мастеров.

Находившиеся в Англии офицеры и гардемарины в продолжение своей пятилетней службы волонтерами на военных судах почти постоянно были в плаваниях в Атлантическом и Тихом океанах, некоторые из них участвовали в Трафальгарском сражении, и еще во время пребывания в Англии 18 гардемаринов были произведены в мичмана. В числе этих волонтеров был Михаил Петрович Лазарев и другие выдавшиеся своей последующей службой офицеры.

В 1802 году в Петербурге учрежден «Комитет для поправления портов», обязанность которого заключалась в надзоре в балтийских портах за исправным содержанием существующих строений и возведением новых. Подчиненные комитету «экспедиции» находились в портах Кронштадтском, Ревельском и Петербургском. Эти учреждения, принесшие известную долю пользы, существовали до 1827 года, когда они были преобразованы в «Строительный департамент» и подчиненные ему портовые «Строительные комиссии».

Перенесение, по проекту Грейга, Петербургского адмиралтейства в Кронштадт, начавшееся при Екатерине II, приводилось постепенно в исполнение, и к началу XIX века большая часть зданий Петербургского главного адмиралтейства опустела, и только середина его, близ шпица, сохранила вид жилого помещения. В остальных же частях здания снаружи тянулись сплошные стены без окон, окруженные высоким земляным валом и наполненным водой рвом. Безобразя своей угрюмой наружностью центральную часть столицы, тогдашнее адмиралтейство представляло разительную противоположность с соседним величественным зданием Зимнего дворца.

Приведение адмиралтейства в лучший вид было такой вопиющей необходимостью, что в 1806 году, несмотря на военное время, было приступлено к переделке здания по проекту талантливого архитектора Захарова, которому было поручено и самое производство работ.

Грандиозное создание Захарова до настоящего времени в общем почти сохранило свой наружный вид. Главное изменение против первоначального проекта составляет надстройка на всем здании третьего этажа, тогда как у Захарова трехэтажными сделаны были только павильоны и выступы, отличенные колоннами, а части, лежащие между ними, были двухэтажные, украшенные рядом стоящих на них трофеев. Кроме того, впоследствии, были сняты обветшалые статуи, находившиеся у павильонов, выходящих на Неву, и у двух ворот. Внутренние помещения здания, сообразно новым потребностям, впоследствии получили другое назначение.