Увлечение Богданова энергетизмом В. Оствальда, а затем учением Э. Маха еще более углубляло его расхождения с Лениным. Эти расхождения резко политизировались, выливаясь в борьбу двух идеологий внутри большевизма. Окончательный разрыв предопределила организация Богдановым и его единомышленниками партийных школ на Капри и в Болонье, которые должны были стать центрами по формированию кадров богдановской фракции. Ленин незамедлительно принимает против своего бывшего союзника, а теперь оппонента самые решительные меры. В 1908 г. им была написана книга «Материализм и эмпириокритицизм», посвященная критике «махистского поветрия» в рядах российских социал-демократов. Одной из главных задач книги было показать несовместимость гносеологии эмпириокритицизма и его модификаций с философией марксизма. Вслед за этим Ленин добивается исключения Богданова из партии за фракционную деятельность (1909).
Влияние Богданова до некоторой степени возобновилось после Октябрьской революции 1917 г., когда он становится идеологом Пролеткульта — массовой (в 1920 г. до 400 тысяч членов) и разветвленной организации, претендующей на роль монопольного разработчика и хранителя «пролетарской культуры» в ее специфических, независимых от буржуазного влияния формах. Однако после резких выступлений Ленина, озабоченного как реставрацией «богдановщины», так и тенденцией противопоставить социалистическую культуру всей мировой культуре, Богданов отошел от политической деятельности. В этой обстановке мыслитель полностью отдается научному творчеству. В 1926 г. он создал и возглавил первый в мире Институт переливания крови; погиб, поставив на себе научный опыт.
Как мыслитель Богданов довольно рано проявил склонность к конструированию философской системы, дающей целостную картину мира. Основу этой целостности он усматривал в «социальном материализме» Маркса. Свое философское творчество он считал реализацией Марксовой программы революционной философии, берущей действительность не созерцательно, в форме нейтрального по отношению к человеку объекта, а как преодолевающую противоположность субъекта и объекта практику. Вместе с тем Богданов полагал, что Маркс решил поставленную им задачу лишь частично — применительно к сфере социального познания. Свою роль он видел в том, чтобы решить ту же задачу «в общефилософском масштабе», включая также познание и преобразование природы. Поэтому Богданов никогда не считал себя связанным «буквой» марксистских текстов и относился к ним лишь как к основе, которую еще надо дополнять и достраивать. Рассматривать мир явлений как социальную практику — значит, по Богданову, видеть в нем поле коллективного труда, где сталкиваются человеческая активность и стихийное сопротивление вещей. «Активность» и «сопротивление» — основные понятия богдановской «онтологии практики». Все формы, которые принимает действительность, суть не что иное, как различные сочетания активностей и сопротивления. В постоянном обновлении этих форм удерживаются те, в которых активности и сопротивления даны в наиболее устойчивом, гармоническом сочетании. Эту обобщенную схему действительности Богданов характеризует как всеорганизационную точку зрения. Ее корни лежат в коллективном труде, и задача состоит в том, чтобы, организуя человеческую деятельность, побеждать стихийное начало мира и в дальнейшем формировать мир в интересах человечества. Подобные представления нашли отражение в его романах «Красная звезда» (1908) и «Инженер Мэнни» (1912).
Всеорганизационная точка зрения, по Богданову, — это не просто интеллектуальная позиция. Она носит классовый характер, она совершенно чужда буржуазному индивидуализму, но естественна для класса, который своим трудом организует вещный мир и самого себя, т. е. для пролетариата. Рабочий класс представляется в этой связи наиболее адекватным субъектом организующей деятельности и прообразом человечества как некоего глобального трудового коллектива. Вот почему ему необходимо выработать и сознательно применять собственную систему организующих природу и общественную жизнь методов, составляющих в совокупности совершенно особую пролетарскую культуру.
Исходя из «организационной точки зрения», Богданов и разрабатывает свое философское учение — эмпириомонизм, которое представляет собой теорию и одновременно философскую критику опыта, понимаемого как некая первичная и, в сущности, единственная реальность, с которой имеет дело человек.
Понятие опыта Богданов в принципе берет в той интерпретации, которая была предложена создателями эмпириокритицизма Э. Махом и Р. Авенариусом (за что и подвергался резкой критике Плехановым и Лениным) и в соответствии с которой он раскладывался на некие непосредственные данности — «элементы», объединяемые затем в «комплексы элементов» по принципу «экономии мышления» («наименьшей траты сил»). Однако он считал, что Мах и Авенариус не смогли снять дуализм физического и психического; из их концепции неясно, почему в опыте, который в сущности должен быть субстанциально однородным, одни элементы приобретают статус «физических» явлений, тогда как другие противопоставляются им в качестве «психических образов» этих явлений. Богданов продолжал связывать различие физического и психического с различиями в типе организации опыта. Элементы, из которых построены и объективная реальность, и наше сознание, одни и те же (это цвет, конфигурации формы и т. п.). Но они могут быть по-разному связаны между собой. Физическое — это социально организованный опыт, психическое — опыт сугубо личный, индивидуальный, не вошедший составной частью в коллективно выработанные системы представлений.
Через понятие социально организованного опыта специфические философские понятия махизма у Богданова сопрягаются с понятийными рядами и проблематикой марксизма. Ссылаясь на Маркса, Богданов рассматривает процесс познания как смену идеологических форм. В этом процессе идея принципиального единства физического и психического опыта тесно связана с идеей коллективизма как основополагающего принципа миропонимания пролетариата и противостоит индивидуалистическому социальному опыту буржуазии, центром которого является личное «я».
По сути своей эмпириомонизм — это «пограничное» философствование, в то время еще редкое в марксизме, но во второй половине XX века сделавшееся достаточно обычным и проявившее себя в разных сочетаниях: марксизм и экзистенциализм, марксизм и фрейдизм, марксизм и структурализм, марксизм и феноменология и т. п. Фундаментальное для Богданова понятие организации, воплощаясь одновременно в двух ипостасях — и как категория «критики опыта», и как обобщающее определение социально-исторической деятельности человека, — придает теоретическому сознанию мыслителя известную целостность, делается фокусом его философствования.
При переходе от всеобщих принципов организации (т. е. структурности, упорядоченности мироздания) к упорядочивающей, «организующей» активности человека в философии Богданова возникает проблема культуры. Культура для него — это способы организации труда, общения, познания и жизни, вырабатываемые крупными социальными коллективами (классами, социальными группами) и принимаемые обществом.
Социально-исторический подход марксизма к культуре Богданов истолковывал в смысле прямого отождествления культурных форм с социальными. Сознание и культура, с этой точки зрения, не просто выражают собой определенные социальные позиции — они представляют собой структурные аналоги, дубликаты тех связей, которые устанавливаются внутри данного коллектива или общества в целом. «Всякий, — разъяснял свою модель культуры Богданов, — строит мир по образу и подобию своего социального опыта».
Так, древние цивилизации были основаны на сугубо авторитарных отношениях между «организаторами» (царь и его чиновники, рабовладельцы) и «исполнителями» (рабы, крестьяне-общинники). Поэтому для них характерен и авторитарный тип мышления, склонный искать за всеми происходящими событиями, в том числе природными, активно действующую личную волю (Бог, мировой дух и т. п.). Напротив, в идущем на смену этим цивилизациям капиталистическом обществе, где господствует анархия рыночных отношений, закономерное и необходимое мыслится по образцу стихийно действующих рыночных сил и приобретает характер неких безличных императивов (такова, к примеру, идея долга, правовые нормы, эталоны научности и т. д.). При социализме, считал Богданов, между людьми установится товарищеский тип сотрудничества. Поэтому и культура будет уже не авторитарной и не индивидуалистической, а «товарищеской», коллективистской. Ее предвосхищением служит так называемая пролетарская культура, формирование которой должно обязательно предшествовать социализму, так как она является необходимым инструментом его строительства.