Черноморское казачье войско имело свою гребную флотилию, артиллерию, полки, духовенство, свой архив, администрацию. Переселить такую массу было не очень просто (Ф. А. Щербина даже считает, что русская история не знала подобного рода переселения). По плану, разработанному войсковым правительством, решено было перевести войско на Кубань несколькими партиями. Первыми должны были отправиться казаки, служившие на флотилии.
Еще в мае бригадир русского флота П. Пустошкин получил приказ «Флотилию казаков черноморских препроводить до острова Тамань». Казачья флотилия, составленная в Аджидере, насчитывала 51 лодку и 1 яхту. К 8 августа починка и оснастка судов была закончена и их спустили на воду. Начиналась новая страница в истории черноморцев. Их ждала Кубань.
16 августа казачья флотилия отправилась в путь из Очаковского лимана и, двигаясь вдоль берегов Крыма, 25 августа благополучно достигла Тамани. «Предпринятый по Высочайшему повелению… вояж кончился сего августа 25 день». Численность этого первого десанта — 3247 человек.
Второй поток переселенцев составили казаки под командой полковника Кордовского. Как мы считаем, этот отряд отправился в путь так же, как и флотилия, из Очаковского лимана. Казаки, вероятно, не помещались на суда флотилии. Кроме того, с ними было несколько орудий и много волов и лошадей. Поэтому Кордовский пошел сухим путем через Крым и, достигнув кубанской земли, занял пост при Старом Темрюке.
2 сентября 1792 г. кошевой атаман 3. Чепега, собрав в Слободзее старшин и казаков и, отслужив напутственный молебен, выступил в поход на Кубань вместе с войсковым правительством и походной Святотроицкой церковью. К отряду, насчитывающему 2063 человека, по пути присоединилось еще немало казаков.
Чепега вел конных и пеших казаков, а также легкий обоз. Прибыв в Бугу, отряд переправился через реку в Соколах (ныне г. Вознесенск). Далее маршрут был проложен в юго–восточном направлении и следовал по бывшим землям Запорожской Сечи, а потом войска Донского. Переправившись через Дон у Новочеркасска, Чепега достиг 23 октября своей войсковой земли. Перейдя границу, атаман остановился на зимовку в Ханском городке (ныне на этом месте г. Ейск), а весною 1793 г. двинулся на юг и в мае месяце достиг р. Кубани.
26 апреля двинулся на Кубань и Антон Головатый с отрядом численностью примерно в 5 тыс. человек. Головатый прошел по маршруту Чепеги до Берислава, а там разделил свой отряд. Три колонны пехоты и легкий обоз составили отряд полковника Юзбаши, направившийся через Таврическую область на Керчь и Тамань. Остальные колонны из конных и семейных казаков вместе с тяжелым обозом составили отряд полковника Тиховского, который пошел путем Чепеги через Запорожье и Дон. Сам Головатый двинулся на Тамань. Вероятно, он шел с небольшим легким отрядом ускоренным маршем, ибо оказался на Тамани гораздо раньше Юзбаши.
И, наконец, последнее массовое переселение черноморских казаков было из Гаджибея, где около I тыс. человек под командой полкового есаула Черненко зарабатывали себе деньги для похода на Кубань. После этого было еще несколько организованных переселений небольших партий казаков, а в дальнейшем на Кубань двигались через специальный пересыльный пункт в Бериславе казаки–одиночки, отдельные семьи.
Таким образом, переселение черноморцев на Кубань шло по двум направлениям: через Тамань и с севера через речку Ею.
Поэтому первые временные поселения появились в этих районах. На Тамани оказалось 25 куреней, а 15 пришли на Ею. В начале 1794 г. войсковое правительство решило заселять пограничье, и Чепега издал приказ о переселении казаков, расположившихся на Ее. Поначалу этот приказ не был выполнен. Тогда Чепега 20 августа командировал на Ею старшину Ивана Шрама, снабдив его особыми полномочиями. После этого переселение к границе началось. По данным Ф. А. Щербины: на 24 кордонах (большая часть из которых была на Кубани) поселилось 7860 мужчин и 6514 женщин, основав 2936 дворов.
Но вскоре казачье население стало уходить с кордонов в глубь степей. Появилось несколько селений и множество хуторов. Некоторые дореволюционные историки называют их таборами. Сохранилось несколько названий таких селений: Онуфриевка, Константиновна, Киргизовка, Тимофеевка, Алексеевна и другие. В них были избраны сельские атаманы и писари.
Вскоре войсковое правительство решило разместить население по куреням (в селениях был смешанный состав), Кошевой атаман созвал в Екатеринодар сельских атаманов, которые и определили места расселения 40 куреней путем жеребьевки. По войсковому постановлению каждый курень избрал двух атаманов — сельского и куренного. Сельский находился в куренном селении (слобода), а куренной жил собственно в курене, в г. Екатеринодаре вместе с бездомными казаками.
Из 40 куреней 38 носили прежние запорожские названия: Батуринский, Брюховецкий, Васюринский, Ведмедовский, Величковский, Вышестеблиевский, Деревянковский, Джерелиевский, Динской, Дядьковский, Ивановский, Ирклиевский, Калниболотский, Каневский, Кисляковский, Конелевский, Кореневский, Корсунский, Крилевский, Кушевский, Леушковский, Минский, Мышастовсклй, Незамаевский, Нижестеблиевский, Пащковский, Переясловский, Пластуновский, Платнировский, Полтавский, Поповйчекский, Рогивский, Сергиевский, Тимашевский, Титаривский, Уманский, Шкуренский, Щербиновский (в написании куреней встречается несколько вариантов). Два новых куреня получили названия Екатериновский и Березанский.
Размещение куренных селений по войсковой территории явилось результатом предварительного объезда и знакомства с краем нескольких старшин во главе с 3. Чепегой. Но выбор во многих случаях оказался неудачным. Началась долгая неурядица передвижений населения с места на место. Большая часть куреней оказалась потом за десятки, а то и сотни верст от мест первоначального расселения.
Население Черномории в первые годы было весьма немногочисленное, в 1795 г. насчитывалось не более 25 тыс. душ обоего пола, из них 17 тыс. мужчин. Естественно, что войско было не в состоянии охранять границу и нуждалось в большем количестве как военных сил, так и мирного населения. Поэтому было принято решение о переселении в Черноморию малороссийских казаков из Полтавской и Черниговской губерний. Такие переселения состоялись в 1809–1811 гг., в 1821 —1825 г. г. и 1848— 1850 г. г. А всего перешло на Кубань чуть больше 100 тыс. душ обоего пола.
Параллельно с переселением Черноморского войска правительство планировало осуществить военно–казачью колонизацию земель по р. Кубани от крепости Усть–Лабинской до ее верховий. Высочайшим рескриптом от 28 февраля 1792 г. повелевалось заселить это пространство донскими казаками в количестве 3 000 семей из 6 донских полков, служивших в это время на линии. Узнав об этом решении, донцы взбунтовались и, оставив на Кубани старшин и полковые знамена, бежали на Дон.
Переселение на Кубань началось лишь в 1794 г. после усмирения казачьих восстаний. Переселенцы образовали станицы Темнолесскую, Воровсколесскую, Прочноокопскую, Григориполисскую и Усть–Лабинскую, которые составили Кубанский полк.
В 1802 г. на Кубанскую линию переселилось 3 277 казаков бывшего Екатеринославского войска. Они основали станицы Ладожскую, Тифлисскую, Казанскую и Темишбекскую. Жители этих станиц образовали особый казачий полк, названный Кавказским, Через два года переселенцами из Змиевского и Изюмского уездов была основана пятая станица, вошедшая в состав Кавказского полка, — Воронежская.
В 1824 г. по ходатайству главнокомандующего отдельным Кавказским корпусом генерала Ермолова правительство приняло решение перевести на Кубань хоперских казаков. Хоперцы начали переселение с осени 1825 г. и окончательно осели на новом месте в 1827 г. Они основали станицы Баталпашинскую, Беломечетскую, Невинномысскую, Барсуковскую (на р. Кубани), Бесленеевскую, Карантинную (на р. Куме).