В мирные и счастливые годы жизни в Милане Леонардо испытывал великодушное обхождение герцога. В качестве служащего двора ему полагалось 2000 дукатов в год, но выплата жалования производилась нерегулярно. Кроме этого, удалось установить, что расходы Леонардо превышали его доходы. Из его записной книжки, где он тщательно фиксировал их, видно, что он попросту разбазаривал деньги на различного рода безделушки: «Сапоги, накидка, гребень, перчатки, столовая салфетка, ночной колпак, легкая шляпа, рубашка, ремень для шпаги, карта мира и т. д…» Вопреки этому постоянную нехватку денег он объяснял герцогу необходимостью содержать мастерскую. Он писал, что у него «на протяжении 36 месяцев на иждивении шесть человек, а он получил всего лишь 50 дукатов». Очевидно, что затруднительное финансовое положение складывалось еще и потому, что Леонардо желал жить в соответствии со своими представлениями. Так, Вазари сообщает: «Хотя он не был богат, у него всегда была прислуга и большое количество лошадей, которых он очень любил и о которых заботился всеми возможными способами». Его огромная любовь к животным превратила его в убежденного вегетарианца, который «переполненный страхом спрашивал: почему природа разрешает жить ее существам за счет смерти их друзей». Он не хотел, чтобы его тело стало «могилой для других животных… футляром, где происходит разложение».

Несмотря на то, что он был вегетарианцем, у него сложилась определенная система разумных оценок, позволяющая вести здоровый образ жизни и приемлемая для всех, которую и сегодня могли бы рекомендовать врачи своим пациентам. Серж Брамли цитирует некоторые руководящие принципы, записанные Леонардо:

Этот пример еще раз иллюстрирует, что Леонардо никогда в своей жизни не совершал действий и не имел помыслов, отчета в которых себе не давал бы. И это касалось не только собственных жизненных правил, это относилось и к существовавшим в обществе вредным для здоровья обычаям, которые он категорически отвергал. Так, были обнаружены записи, где он говорил о недопустимости тугого пеленания. Подобным образом он вникал в суть сокровенных качеств животных; зарисовывал их схематично Bestiarium, отображая иносказательно, но в доступной форме их специфические свойства. Он даже начал сочинять сказки, в которых в центре событий фигурировали животные; писал сатирические истории, направленные против монахов и священников. У Леонардо появилась привычка постоянно носить с собой как можно больше листов бумаги, где он при необходимости фиксировал все свои наблюдения, внезапные мысли и афоризмы, а затем оформлял их начисто. Он надеялся, что приведенные в порядок записи смогут им быть изданы в виде многотомных трудов, но своего намерения так и не осуществил. Нам известно, что на момент его смерти существовало около 13 тысяч рукописных страниц, из которых лишь около половины сохранилось. С самых ранних лет вплоть до 1490 года, наряду с короткими сочинениями об искусстве, скульптуре и музыке или поэзии, он писал трактаты о технических проблемах или геологических открытиях, предупреждавших о многом ученых последующих столетий. В результате изучения окаменевших моллюсков ему удалось сделать неожиданный для его современников вывод: в доисторические времена «вершины Апеннинских гор являлись островами, ибо были окружены со всех сторон соленой морской водой, а итальянская равнина, над которой сегодня летают стаями птицы, — дном, где плавали в большом количестве рыбы».

Июль 1493 года упоминается биографами Леонардо как месяц, в котором произошло событие, спутавшее, естественно, только до некоторой степени, историков, — точные детали его установить трудно, а сопутствующие обстоятельства наполнены тайной: в его доме для ведения хозяйства появилась пожилая женщина по имени Катерина. И хотя на сегодняшний день не сохранилось достоверных источников, по которым можно было бы идентифицировать эту женщину, существует гипотеза, что речь идет о матери Леонардо. По этому поводу в его рабочей тетради можно найти только две записи: «16 июля 1493 года пришла Катерина». Такое краткое указание достойно дополнительного внимания: при приеме ученика Леонардо в своей тетради записал «явился мне», а не «пришел ко мне». Повторение датирования событий появилось в связи со смертью его отца синьора Пиеро, правда, уже с указанием точных временных сведений: «9 июля 1504 года, среда, 7 часов. Синьора Пиеро да Винчи, работавший нотариусом во дворце городского головы, скончался в 7 часов в возрасте 80 лет». Такое повторение сухих цифр свидетельствовало об эмоциональном возбуждении или, как выразилась Жозеффина Фумагалли, специалист в области психоаналитического языкознания, о «замещении» в себе малосущественных второстепенностей, которые недооценивались им. Все это возможно было бы понять, если бы однажды на пороге его дома неожиданно появилась мать. В защиту этой версии Героламо Кальви ссылается на то, что на оборотной стороне листа рукой Леонардо было записано несколько имен, связанных тесно с его детством; это в свою очередь, дало повод Сержу Брамли считать, что встреча Катерины с Леонардо навеяла цепь детских воспоминаний. В 1493 году матери Леонардо исполнилось 66 лет; очевидно, она уже овдовела и, потеряв законнорожденного сына, осталась без какой-либо поддержки. С тех пор многое говорило о том, что между нею и незаконным сыном возобновились отношения. Такой точке зрения соответствует и приглашение, написанное Леонардо, которому она могла последовать: «сделать все, что желает Катерина». В дальнейшем эта гипотеза подкреплялась еще и тем, что в Codex Antlanticus существовало недатированное сообщение неизвестного адресата: «Скажи мне, как обстоят дела (семьи Accattabriga), и хочет ли Катерина приехать». Не последним аргументом считается тот факт, что Леонардо в своих записях и рабочих тетрадях едва ли когда-нибудь упоминал имена женщин, отчего подобная ситуация должна была бы расцениваться как ситуация особая. Едва ли вероятно, что Леонардо нуждался в ней только в плане ведения домашнего хозяйства, и, как думает Курт Айсслер, она была ему необходима для того, чтобы осуществить «замещение матери». Была ли в действительности Катерина его матерью или нет, останется тайной, которую она унесла вмести с собой в могилу. Для нас же решающим является только то, что существовала, согласно формулировке Курта Айсслера, «психологическая тяжесть упоминания ее имени». Спустя полгода в его записях ее имя появляется вновь со словами: «Катерина — 10 сольдо». По происшествии двадцати лет после ее прибытия в Милан в связи с ее смертью Леонардо упомянул о ней в последний раз. Тщательно оформленная в тетради совокупность расходов, связанных с лечением у врача (5 сольдо) и с ее погребением (123 сольдо), по верному определению Сержа Брамли, была слишком большой суммой для служанки и очень малой для матери. Как всегда в таких случаях, Леонардо не проявил особых чувств, и воспринял смерть, скорее всего, как действие закона природы.

Примерно с 1490 года возникает впечатление, что исследования Леонардо приобретают характер постоянного стремления к «спиралевидному» познанию высших сфер. Отчасти это соответствовало рационально вычисленному покорению нового, неизвестного, во-вторых, он следовал таинственной интуиции, которая нередко помогала ему делать прыжок через столетия. Подумайте только над известным высказыванием, предвосхитившим открытие кислорода: «Там, где не живет пламя, не может жить животное, которое дышит». Здесь необходимо вспомнить и о всех его пророческих открытиях и познаниях, и это несмотря на то, что он, uomo senza lettere, не только не получил образования в университете, но даже не посещал гимназию. Он овладевал всеми существующими знаниями, скрупулезно наблюдая за явлениями окружающего мира, читая научные статьи и принимая участие в дискуссиях, проходивших между учеными и философами миланского двора. В своей рабочей тетради он упоминал многих авторов, с которыми, по-видимому, контактировал; а в списке его личной библиотеки было 170 книг, которые он в то время читал. В возрасте сорока лет ему стало совершенно ясно, что продолжение образования невозможно без знания латинского языка, и он словно гимназист, начал упражняться в спряжении и склонении, писал свой словарь латинского языка, постепенно расширяя словарный запас. Как у ревностного поклонника трудов Аристотеля, у него зародилось дерзкое желание создать универсальную энциклопедию, в которую были бы включены все достижения и открытия в области техники (от строительства новых типов военно-технических аппаратов с применением гидравлики до чертежей летательных машин), а также все знания в сфере геологии, оптики и анатомии с тем, чтобы передать их потомкам. Такой труд, обобщавший все достижения своего времени, настраивал художника на описание «гипотетическим образом бесконечности, животного и растительного мира, а также географических местностей». Леонардо-ученый стремился к универсальности, как и Леонардо-художник. Если Вазари обвинял его в ереси, то только потому, что он не был сторонником религии и «ставил научное познание выше христианской веры». Разумеется, Леонардо верил в Бога, как создателя и творца всего сущего, и никогда ни под каким предлогом не занимал атеистической позиции. Его очевидный антиклерикализм определялся, впрочем как и у многих верующих того времени, только протестом против двурушничества, лживости и лукавства священников, которые, как он пишет, «болтают, обогащаются и сулят рай». Он осуждал постыдные индульгенции, обогащавшие церковь, насмехался над бесполезными прелатами, «утверждающими, что делают Богу приятное тем, что год от года бьют баклуши, пребывая в роскоши». Можно лишь удивляться тому, что высказывания Леонардо по поводу реформации воспринимались как ересь: ведь по сравнению с непрерывной проповедью разлагающегося морально высшего духовенства они не имели сколько-нибудь значимого влияния на общество.