Леонардо не признавал ни притягательной силы, ни благотворного действия телесного слияния двух людей. Он проклинал распутную любовь, так как «если возлюбленная личность подлая по своей сути, то унижает любящего». Его максимализм не был аскетизмом, а лишь точным соблюдением сущности всех вещей. Леонардо считал: «Кто не может удержать все свои желания в узде, связанные с распутством, тот уподобляется животным»; отчего компетентный Фрейд выразил мнение о том, что «он в своих сексуальных потребностях и своей сексуальной активности существенно принизил мужчину и в его возвышенных стремлениях необычно возвысил животную необходимость». Этот взгляд, разумеется, противоречит многим фактам из жизни художника, отраженным в биографическом анамнезе. В его записях имеется достаточное количество примеров того, что мужчине подобает не отвергать наслаждения от потребления мясной пищи. Впрочем, он их обозначил как вред для тех, кто ее употребляет слишком много. Кроме этого, он считал, что чувственность, вызываемая любовью, вредна, связана с неизбежным разочарованием и болью. Он намекал на опасность заражения, потому что с 1495 года в Италии устрашающим образом распространился сифилис.

Но все-таки не было случая, когда бы сексуальная активность Леонардо была сведена до минимума, как нас пытался заверить Фрейд. Его сексуальные потребности были направлены со всей очевидностью только на привлекательных мальчиков, соответствовавших его эстетическому вкусу, которых он, может быть, воспринимал не только в платоническом смысле. Такая предрасположенность не вызывала в нем чувства отвращения к гетеросексуальному половому акту и сексуальным действиям в целом, и он проявлял к ним огромнейший интерес, поскольку соотносил их с мужским половым органом. В этой связи Серж Брамли указывал, что на листе, усыпанном техническими рисунками, Леонардо изобразил пенис, направленный прямо в заднюю часть мужчины, и это изображение соответствовало упомянутой уже постыдной карикатуре, выполненной одним из его ассистентов. Интерес, который возникал у художника к мужскому половому органу, особенно проявился в небольшом сочинении, в котором он анализировал мышечные свойства: «Реакция мужского полового органа обусловливается духом человека и потом остается независимой. И хотя он стимулируется духом мужчины, но все равно остается упрямым и следует своим путем. Иногда он приходит в движение непроизвольно, независимо — думали о нем, или нет. Спите ли вы или бодрствуете — ему все равно. Часто бывает так: когда мужчина спит — он бодрствует, а когда мужчина бодрствует — он спит. Когда мужчина желает реализовать свои похотливые желания — он не хочет, но когда он хочет — мужчина не желает. Поэтому, чтобы овладеть духом и жизнью этого создания, необходимо рассмотреть его отдельно от мужчины. После этого выясняется, что мужчины стыдятся дать ему имя и выставить его напоказ. Его стараются прикрыть и спрятать, хотя должно быть наоборот — его необходимо торжественно показывать словно „священника, читающего мессу“». На основании этого описания можно с уверенностью утверждать, что у Леонардо исключалась импотенция, приписываемая ему неоднократно, потому что здесь он выразительно ссылается на наличие эрекции, возникающей ночью.

Согласно Зигмунду Фрейду, случайное незаконное рождение и нежные чувства матери, для которой он стал единственной радостью, выразившиеся «в поцелуях на этапе его раннего сексуального развития», стали фактором, оказавшим влияние на формирование его характера и дальнейшую судьбу в целом. Однако это толкование Фрейда существенно принизило значение других событий, которые должны были бы психически травмировать Леонардо в детстве, и поставило во главу угла одиночество как результат разлуки с горячо любимой матерью. В рабочих тетрадях Леонардо находим большое количество «пророчеств», связанных с очень волновавшими его тогда загадками, и их можно признать (как, например, записи, сделанные при изучении растительного и животного мира) травматическим опытом, полученным в детстве ребенком, вследствие незаконного рождения и разлуки с родителями. О подобных ситуациях говорят примерно так: «Многие дети, если они отлучены от своей матери, становятся безжалостными и жестокими» или: «Нежная, горячо любящая всем своим сердцем мать становится частью своего ребенка, свирепая и неумолимая мачеха — всем остальным; я вижу, что твои дети попали в рабство… Оно будет угнетать их в течение всей их жизни». Дальше Серж Брамли цитирует примеры на эти же темы и, таким образом, приходит к выводам о значении переживаний, полученных в ранние детские годы. Возможно, что то же самое хотел сделать и Леонардо, разделявший боль своей матери, которую ей причинил его отец, вступив в брак с другой женщиной в то время, когда она находилась на последних месяцах беременности. Позже, изучая эмбриональное развитие человека, он написал о «единой душе, наделяющей жизнью мать и эмбрион» и решил для себя, что страдания матери передаются новому созданию так же, как и всем частям женского тела. Из этого следует, что «чувства матери оставляют след не только в ее душе, но и в теле ребенка, связанного с ней». Таким образом, он изучал серьезнейший вопрос, подхваченный в конце XIX столетия в большинстве научных работ: передаются ли страдания матери плоду.

Разумеется, психофизическое развитие Леонардо было обусловлено не только со стороны матери; огромное значение играл в его жизни отец не только своим отсутствием в первые годы жизни, но и присутствием в детские годы жизни мальчика. В этой связи Зигмунд Фрейд указывал: «Какой ребенок, жаждущий своей матери, и этого никоим образом нельзя избежать, не желал бы поставить себя на место своего отца, тем самым идентифицировать свои фантазии, связанные с ним, и сделать целью своей жизни позже ликвидировать их». Это чувство соперничества, проявляемое в связи с его отцом, должно было бы возникнуть в то мгновение, когда он был передан в руки молодой мачехи, находившейся в доме его отца и в действительности исполнявшей обязанности его матери.

Из небольшого количества документов, дошедших до нас, можно сделать вывод, что молодая мачеха проявляла к ребенку самые нежные чувства, отчего она в его жизни могла бы занять положение его собственной матери, с которой он был разлучен в первые годы жизни. С наступлением половой зрелости, когда обычно определяется сексуальная ориентация, идентификация первоначальных стремлений к своему отцу уже не играет для дальнейшего сексуального развития никакой роли. Очевидно, что в одном из его пристрастий — носить великолепную одежду и окружать себя роскошью — проявилась настоятельная потребность подражать отцу и, возможно, даже перещеголять его. Даже если он окружил себя, как сообщает Вазари, прислугой и лошадьми, хотя «почти ничего не имел и они мало работали», то это свидетельствовало о том, что он несмотря на то, что был беден и имел крестьянское происхождение со стороны своей матери, так же, как и его отец, принадлежал к состоятельному сословию и держал себя как знатный и элегантный господин. Впрочем, его целью было не скопировать, а перещеголять во всем своего отца.

Впечатления, полученные в первые годы жизни, оставаясь в бессознательном, не были вытеснены опытом дальнейшей жизни, даже когда он пытался их корректировать, не оценивая больше поведение своего отца как «насилие». Таким образом, Леонардо-художник, который, как и все представители искусства, должен был проявлять отцовские чувства к своим произведениям, устранил роковые последствия: по прошествии времени он заботился о них так же мало, как его отец заботился о нем. С другой стороны, протест против отца позитивно окупился и, по мнению Фрейда, вероятно, воплотился в «инфантильные потребности исследователя, стимулировавшие его великие достижения». Если все-таки он стал первым исследователем нового времени, изучавшим природу, то только потому, что он резко осудил чисто искусственное подражание «старине» и в познании опирался только на собственные наблюдения природы и вытекавшие из них суждения. Психоаналитики считают, что авторитеты для него отождествлялись с отцом, а природа со всеми ее тайнами воспринималась в качестве добросердечной матери, родившей и вскормившей его грудью. Если бы в первые годы жизни над ним не было насилия со стороны отца, выразившегося в его отсутствии, то он, одержимый мужеством и отвагой, никогда позже осознанно не отрекся бы в своих научных опытах и экспериментальных исследованиях от опоры на тот самый авторитет и не стал бы на путь независимых исследований.