В конце 1930-х Крупская пыталась заступиться за Бухарина, Троцкого, Зиновьева, Каменева, протестовала против гонений на детей «врагов народа». Все это вызывало неудовольствие Сталина, он даже угрожал ей «представить в будущих учебниках женою Ленина не ее, а старую большевичку Е.Д.Стасову. Да-да, – добавил Сталин, – партия все может». (В этой ремарке иногда менялись имена: вместо Стасовой подставляли то Инессу Арманд, то Фотиеву). Сталин постоянно включал Крупскую и Анну Ильиничну в партийные комиссии, решавшие судьбы бывших вождей партии. Женщины в лучшем случае не являлись на заседания этих комиссий или голосовали, как все, то есть за предложение тов. Сталина. Крупская голосовала за предание суду Н.И. Бухарина, за исключение из партии Л.Д. Троцкого, Г.Е. Зиновьева, Л.Б.Каменева и своих ближайших друзей и соратников по партии.
Последние годы ее жизни она находилась в определенной изоляции, - ее переселили в санаторий старых большевиков «Архангельское». 19 октября 1935 г. умерла в Москве ее ближайшая подруга, старшая сестра Ленина, Анна Ильинична, которая была уже давно серьезно больна: сказались тяжелые переживания, аресты, ссылки. В доме № 9 по Манежной улице, в декабре 1982 года открылся новый ленинский музей. На фасаде дома мемориальная доска с надписью: «Видный деятель Коммунистической партии, сестра В. И. Ленина Анна Ильинична Ульянова-Елизарова жила в этом доме с 1919 по 1935 годы». После смерти Ленина Анна Ильинична была до 1932 г. научным сотрудником института Маркса – Энгельса – Ленина, являлась секретарем и членом редколлегии журнала «Пролетарская революция». По поручению ЦК партии она собирала документы по истории семьи Ульяновых. Полученные в конце лета 1924 г. копии документов из архивов Медико-хирургической академии свидетельствовали о еврейских корнях деда по линии матери и его переходе в православную веру. По формулярным (послужным) спискам удалось проследить служебный путь А. Д. Бланка. Получение дворянского звания подтвердили и копии документов Дворянского депутатского собрания Казанской губернии, где поселилась семья Бланков после выхода Александра Дмитриевича в отставку. Из Казани же были получены документы об И.Н.Ульянове. Во время поездки в Ленинград осенью 1924 г. Анна Ильинична ознакомилась с подлинниками обнаруженных документов, из которых следовало, что ее дед, Александр Бланк, принял святое крещение в 1820 г. в Санкт-Петербурге; до 1818 г. он был записан за мещанским еврейским обществом города Староконстантинова Волынской губернии под именем Израиль. Она надеялась получить у Сталина согласие на публикацию этой информации. «Для вас, вероятно, не секрет, что исследование о происхождении деда показало, что он происходит из бедной еврейской семьи, был, как говорится в документе о его крещении, сыном житомирского мещанина Мошки Бланка. Но в последние годы я, слыша, что антисемитизм у нас проявляется опять сильнее, прихожу к убеждению, что вряд ли правильно скрывать от масс этот факт, который, вследствие уважения, которым пользуется среди них Владимир Ильичи, может сослужить большую службу в борьбе с антисемитизмом, а повредить, по-моему, ничего не может… Мне думается, что так взглянул бы и Владимир Ильич. У нас ведь не может быть никакой причины скрывать этот факт, а он является лишним подтверждением данных об исключительных способностях семитического племени, что разделялось всегда Ильичем, и о выгоде для потомства смешения племен. Ильич высоко ставил всегда евреев. Очень жалею, что факт нашего происхождения, предполагавшийся мною и раньше, не был известен при его жизни. (Оригинал письма от 1932 г. находится в экспозиции Московского Исторического музея – А.З.) Сталин запретил открывать тайну о происхождении великого учителя, а Анну Ильиничну уволили по его указанию из института.
Через полтора года, 12 июня 1937 г., скончалась младшая сестра Ленин, Мария Ильинична. Она тяжело переживала смерть старшей сестры, старалась забыться, много работала, совсем не бывала дома, заботилась о Крупской. Вера Дридзо, секретарь Крупской, рассказала, что Мария Ильинична почти всегда покупала для Надежды Константиновне носильные вещи, заказывала билеты в театры, неизменно интересовалась ее здоровьем, направляла к ней врачей. 8 марта 1933 г. Мария Ильинична была награждена орденом Ленина, выступила на одиннадцатом утреннем заседании XVII съезда ВКП(б). Съезд избрал М.И.Ульянову членом Комиссии советского контроля при Совете Народных Комиссаров СССР, в 1935 г. она была избрана членом ЦИК СССР.
Елена Дмитриевна Стасова впоследствии рассказывала о последних часах жизни младшей сестры Ленина: «Вспоминаю нашу последнюю встречу с ней. Мы втроем — Мария Ильинична, Надежда Константиновна и я — участвовали в 1937 году на конференции Московской партийной организации. Марии Ильиничне нужно было уйти с заседания для выполнения какой-то срочной работы. Она, всегда заботливо относившаяся к Надежде Константиновне, попросила меня проводить ее до дому, так как Надежда Константиновна плохо видела. Придя в свой кабинет, Мария Ильинична почувствовала страшную головную боль, вызвавшую обморочное состояние. Припадок прошел, но скоро повторился. Это было кровоизлияние в мозг, от которого Мария Ильинична и скончалась». Первый приступ у нее начался 7 июня, прибыли врачи, им удалось добиться временного улучшения состояния, Мария пришла в себя. Но вскоре начался второй приступ, после которого она впала в глубокое бессознательное состояние, деятельность сердца слабела с каждой минутой, и 12 июня она умерла. 13 июня все газеты Советского Союза сообщали о смерти М.И.Ульяновой. Все дни болезни Марии Ильиничны рядом была Надежда Константиновна, и ей пришлось сообщить горестную весть Дмитрию Ильичу, который был в это время в санатории: «Дорогой, родной Дмитрий Ильич! Умерла наша Маняша. Не звонила Вам потому, что было очень уж тяжело, да и врачи, по обыкновению, говорили по-разному... Теперь надо составить ее биографию, собрать все воспоминания, составить сборник. Без вас этого нельзя сделать, Вы лучше всех, ближе всех ее знаете. Глубокая партийка, она отдавала себя всю работе, всю без остатка. Надо сохранить для истории ее образ, ее облик. Надо все собрать; на Вас ложится сейчас большая задача. Поговорим об этом деле с Вами при свидании. Крепко Вас обнимаю. Берегите себя. Ваша Н.К.». Сама Надежда Константиновна за одну ночь написала статью о Марии Ульяновой, и утром 13 июня вся страна читала ее в «Правде»: «...Вся ее жизнь была неразрывно связана с жизнью и работой Ильича... Первые годы ее работа проходит под руководством Ильича. Ее опыт широкой работы с массами, ленинская привычка прислушиваться к голосу масс сделали ее активным организатором рабкоровского движения... Сил своих она не жалела, работала с утра до 3 — 4 часов ночи, без отдыха, без перерыва. Уже больная, принимала активное участие в работах районной, Московской городской и областной конференций. Придя на работу с конференции, она почувствовала недомогание, слегла и уже не встала...».
Со смертью Марии Ильиничны из всей многочисленной семьи Ульяновых в живых остались только Дмитрий Ильич, его дети, Ольга и Виктор, и Надежда Константиновна. Дмитрий Ильич работал с 1933 г. в научном секторе поликлиники Сануправления Кремля. Был делегатом XVI и XVII съездов ВКП(б). Часто болел.
Крупская использовала любую представившуюся возможность, любой повод, чтобы рассказать свои истории о Ленине-человеке всем, кто мог их запомнить или записать и передать другим. Когда ее почти перестали публиковать, Крупская начала использовать обходной путь — стала посвящать немалую часть своего времени консультациям для авторов, пишущих о Ленине. Причем не только рассказывала писателям о его жизни, но и использовала остатки своего влияния, чтобы продвинуть написанное в печать. Особое раздражение Сталина и его окружения вызвал роман Мариэтты Шагинян «Билет по истории».
В 1938 году писательница Мариэтта Шагинян обратилась к Крупской по поводу рецензии и поддержки ее романа о Ленине «Билет по истории». Надежда Константиновна ответила ей подробным письмом, чем вызвала негодование Сталина. В решении Политбюро 1938 г. книгу назвали «политически вредным, идеологически враждебным произведением». Роман из употребления изъяли, а всех причастных к его выходу в свет, включая Крупскую, наказали. В решении говорилось: «Осудить поведение Крупской, которая, получив рукопись романа Шагинян, не только не воспрепятствовала появлению романа в свет, но, наоборот, всячески поощряла Шагинян, давала о рукописи положительные отзывы и консультировала Шагинян по различным сторонам жизни Ульяновых и тем самым несла полную ответственность за эту книжку. Считать поведение Крупской тем более недопустимым и бестактным, что т. Крупская сделала все это без ведома и согласия ЦК ВКП (б), за спиной ЦК ВКП (б), превращая тем самым общепартийное дело составления произведений о Ленине в частное и семейное дело и выступая в роли монополиста и истолкователя общественной и личной жизни и работы Ленина и его семьи, на что ЦК никому и никогда прав не давал".