Чтобы прекратить слухи о «странной» дружбе Аликс и Ани, была придумана и другая версия, что Аня безответно, но страстно влюблена в императора Николая II. Для этого Аня разыграла в письме к нему признание в любви, а Аликс, перехватившая это письмо, — сцену ревности и изгнание фаворитки со своих глаз, но… на непродолжительное время. Затем состоялось драматическое прощение своей подруги, не виноватой в том, что она так отчаянно влюбилась в Ники. В течение многих лет Анна Вырубова писала императору любовные письма, а Аликс в письмах к мужу рекомендовала передавать Ане приветы через неё, а письма Ани сжигать. Так, в письме от 6 января 1916 года: «Любовь моя, ведь ты сжигаешь её письма, чтоб они никогда не попали в чужие руки?», а от 15 февраля 1917 года; «Напиши мне привет для Ани — это будет ей приятно». И Николай Александрович тотчас же отзывается в письме от 26 февраля 1917 года: «Да благословит тебя Бог, мое сокровище, и детей, и её!», от 27 февраля 1917 года: «Передай ей мой поклон».

Вероятно, Николай Александрович так и не узнал, что он играл роль, назначенную ему женой и её подругой. Даже во время войны, будучи главнокомандующим, этот очень добрый и нежный человек, жалевший всех людей, в письмах к жене считал своим долгом посылать через неё приветы и поклоны бедной влюблённой Ане.

Несмотря на отчисление от Двора, Анна Вырубова осталась при императрице как неизменная её спутница жизни. В Царском Селе был куплен маленький домик в непосредственной близости от дворца, и Анна Вырубова стала его хозяйкой, принимающей своих покровителей, царя и царицу, нужных людей и прежде всего Распутина для встречи с ними.

Анна Александровна Вырубова отнюдь не была такой простушкой, какую она представляла собой в царской семье. Она была доверенным лицом императрицы, которая, считая мужа слишком добрым и мягкотелым (а следовательно, неспособным без её помощи править страной), начала самостоятельно вести политику, набирая на все посты «своих» людей, рекомендованных ей Григорием, и заставляя своего супруга постоянно менять кабинет министров. Аликс писала мужу в Ставку: «Твоя жена — твой оплот — неизменно на страже в тылу». В высших кругах считали, что страной правят императрица с Распутиным. Но редко кто догадывался, что страной правят фаворит с фавориткой — Вырубова с Распутиным.

Вырубова проводила переговоры со многими людьми, имевшими значение в государственных делах и политике, передавала Аликс всё, что она видела и слышала; вместе с Распутиным проворачивала крупные дела по замене министров и других важных лиц «своими», рекомендованными Распутиным, за что через подставных лиц брала большие деньги, часть из которых передавалась Распутину. Знала ли об этом императрица и получала ли она деньги от Вырубовой, неизвестно, но, вероятнее всего, нет, потому что Аликс в качестве благодарности и преклонения перед ней, императрицей, получала дорогие подношения от лиц, назначаемых на высокие посты и приглашаемых к ней на аудиенцию. Всем была известна скупость Аликс и её более чем экономное отношение к деньгам и дорогам вещам. Заметим, что она никогда даже своему любимому Ники не дарила дорогих вещей, а всегда — книги, иконки, букетики цветов. А Ники ей — с первых дней знакомства — дорогую бриллиантовую брошь, а затем — бриллианты и драгоценные изделия Фаберже.

Умная, хитрая и изворотливая Вырубова под личиной глуповатой, а во время её болезней даже немного капризной простушки постепенно заставила нянчиться с собою не только Аликс, но и Ники. После катастрофы на железной дороге, в которую она попала, она, сильно покалеченная, долго болела. Аликс поместила её в свой госпиталь и часто её навещала. Но Анна требовала, чтобы Аликс была у её постели постоянно и чтобы её навещал и любимый ею император. В письме от 7 марта 1915 года Аликс жалуется мужу: «Видишь, я забочусь о своём здоровье и сегодня встала лишь к 8 часам. Аня этого не хочет понять. Дети, доктор и я ей это объясняем, и все же каждый день приходят пять писем с просьбой прийти к ней, — она знает, что я лежу и все-таки удивляется. Такой эгоизм! Она знает, что я никогда не упускаю случая прийти к ней, когда только могу, даже когда я безумно устала, и все же ворчит, почему я два раза в день ходила к неизвестному офицеру. Она не обращает внимания на слова Боткина, что это он меня не пускает: у нее гости целый день. Мои визиты к ней она считает моей обязанностью (мне кажется) и поэтому часто их не ценит, тогда как другие благодарны за каждую секунду, проведенную с ними. Ей очень полезно не видать меня несколько дней, хотя во вчерашнем шестом письме она жаловалась, что так давно не имела моих поцелуев и благословения. Если бы она хоть раз соблаговолила вспомнить, кто я, она поняла бы, что у меня есть другие обязанности, кроме нее. Сто раз я ей говорила про тебя, кто ты, что император никогда не посещает больных ежедневно (что бы подумали об этом!), что ты, прежде всего, должен заботиться о своей стране, что ты устаешь от работы и нуждаешься в свежем воздухе, и должен гулять с Бэби и т. д. Это все как об стену горох — она не желает понимать, потому что находит, что она должна быть на первом месте. Она предлагает пригласить вечером офицеров для детей, надеясь залучить меня к себе, но они ответили ей, что хотят остаться со мной, так как это единственное время, когда мы можем спокойно посидеть вместе. Мы ее слишком избаловали, но я серьезно нахожу, что она, как дочь наших друзей, должна была бы лучше понимать вещи, и болезнь должна была бы изменить ее. Но теперь довольно про нее — скучно; это перестало огорчать меня, как раньше, меня только изводит ее эгоизм».

Вырубова была очень деятельной натурой и умела заставить людей помогать ей в её начинаниях. Став инвалидом, она очень переживала из-за своей хромоты, испорченной фигуры, начавшей полнеть, из-за плохого самочувствия. Однако она не могла сидеть сложа руки и решила создать приют для инвалидов, некое для них прибежище. Но для этого нужны были деньги, которых у неё не было. Просить у Аликс было бесполезно. Тогда она собрала пожертвования и к этим средствам добавила 100 тысяч рублей, которые она получила от железной дороги по страховке. Аликс писала мужу в Ставку: «Я очень рада, что у Ани много дела с ее убежищем; она ездит по нескольку раз в день, чтобы смотреть за всем и распоряжаться. И как много всего нужно для 50 инвалидов, для санитаров, сестер, докторов и пр.! Ей помогают Вильч. (С. Н. Вильчковский. — И.В.) Ломан и Решетников (из Москвы): у нее, кажется, 27 000, — и все пожертвования! Своих она не дала ни копейки. Так хорошо, что для нее наконец нашлось дело; ей некогда хандрить, и Бог благословит ее за этот труд. В результате она за эту неделю потеряла в весе фунт, что приводит Жука в восторг. Завтра она принимает своих первых солдат» (15 января 1916 года).

Поняв, какое значение у трона приобрела фаворитка Вырубова, на неё (а следовательно, и на Александру Феодоровну) пресса обрушила буквально шквал всяких грязных статей и отзывов о якобы развратном поведении Вырубовой, фаворитки императрицы. Монах Варнава, поклонник Распутина, передавал Александре Феодоровне, что Самарин назвал её «глупой бабой», а о Вырубовой говорил «такие отвратительные вещи, которые он даже не может повторить». Императрица пишет мужу в Ставку: «Оказывается, в „Речи“ была ужасная статья против А. (Ани. — И.В.). Как люди подлы, что клевещут так на молодую женщину!» (6 марта 1916 года). Шла дискредитация царской семьи, рядом с которой, по мнению многих, находились «грязный, развратный мужик Григорий Распутин» и «развратная, порочная Анна Вырубова».