В сентябре Кромвель начинает переговоры с королем. Левеллеры объявляют его предателем. 28 октября — 11 ноября происходит расширенное заседание совета армии в Пэтни, где обсуждается левеллерская конституция — «Народное соглашение». 11 ноября король бежит из Гемптон-Корта на остров Уайт. 15 ноября Кромвель подавляет выступление левеллеров в Уэре. Казнь солдата Ричарда Арнольда. В декабре Карл I подписывает с шотландцами тайное соглашение.

1648 — 3 января палата общин принимает решение о прекращении переговоров с королем. Весной начинается вторая гражданская война. 29 апреля происходит совещание офицеров армии — индепендентов и левеллеров — в Виндзоре; принято решение о привлечении Карла I к суду как виновника бедствий нации. 3 мая Кромвель выезжает из Лондона в Уэльс. В июле он осаждает Пемброк. После его падения идет с войсками на север. 17—19 августа он одерживает победу над роялистами при Престоне. В сентябре — октябре Кромвель воюет с шотландскими роялистами на севере, в начале октября вступает в Эдинбург и заключает мир с Аргайлом. Затем идет к югу и осаждает Понтефракт.

В начале декабря Карла I перевозят в замок Херст. 2 декабря армия вступает в Лондон, 6 декабря полковник Прайд и солдаты производят чистку парламента от пресвитериан. В тот же вечер Кромвель возвращается в Лондон.

1649 — 20 января начинается суд над королем. 30 января — казнь Карла I. 6 февраля парламент издает билль об упразднении палаты лордов. В феврале выходит памфлет Лилберна «Разоблачение новых цепей Англии». В марте выходит левеллерский памфлет «Охота на лисиц…» и памфлет Лилберна «Вторая часть разоблачения новых цепей Англии». Парламент объявляет этот памфлет мятежным и заключает в Тауэр вождей левеллерской оппозиции. Ранней весной начинается выступление «истинных левеллеров» — диггеров. Волнения в полках. 27 апреля — казнь Роберта Локиера. В начале мая Кромвель подавляет восстание левеллеров в Бэрфорде. 19 мая в Англии официально провозглашается республика.

15 августа Кромвель во главе английских войск высаживается в Ирландии. 11 сентября — штурм Дрогеды и зверское избиение жителей и гарнизона. 11 октября Кромвель берет штурмом Уэксфорд.

1650 — в апреле — мае Кромвель осаждает крепость Клонмель и терпит ряд поражений. 26 мая он покидает Ирландию. 8 июня после краткого пребывания в Лондоне он едет на север и в июле вторгается с армией в Шотландию. 3 сентября при Денбаре он одерживает крупную победу над шотландскими войсками.

1651 — февраль, апрель, май — Кромвель в Эдинбурге серьезно болеет. В начале августа он захватывает Перт, после чего вслед за шотландской армией Карла Стюарта спешит в Англию. 3 сентября происходит битва при Вустере, где Кромвель наносит сокрушительное поражение войскам Карла Стюарта и шотландцев.

9 октября парламент выпускает «Навигационный акт», направленный против голландского торгового преобладания. В декабре Кромвель обсуждает с Уайтлоком вопрос об «устроении нации».

1652 — в апреле начинается первая англо-голландская война (закончилась в апреле 1654 года). В августе издается «Акт об устроении Ирландии». В августе же офицеры армии подают петицию с требованием реформ. В ноябре Кромвель снова обсуждает с Уайтлоком конституционный вопрос.

1653 — 19 апреля Кромвель совещается с офицерами армии и некоторыми членами Долгого парламента в Уайтхолле, 20 апреля он разгоняет Долгий парламент и Государственный совет. 4 июля начинаются заседания Малого парламента. В августе происходит суд над Лилберном; присяжные оправдывают его. 12 декабря Малый парламент складывает с себя полномочия. 16 декабря Кромвель становится лордом-протектором Англии. Принимается новая конституций — «Орудие управления».

1654 — в апреле Англия заключает мир с Голландией и подписывает торговый договор со Швецией. 3 сентября открывается первый парламент протектората. В сентябре у Кромвеля умирает мать. В декабре отправляется экспедиция в Вест-Индию.

1655 — 22 января Кромвель распускает парламент. В апреле английский флот атакует Эспаньолу, но терпит неудачу. 17 мая — захват англичанами Ямайки. 9 августа Кромвель разделяет Англию и Уэльс на 11 военно-административных округов во главе с майор-генералами. 3 ноября Англия заключает союзный и торговый договор с Францией. Начинается война с Испанией.

1656 — 17 сентября открывает заседания второй парламент протектората. 27 ноября издан акт, подтверждающий ордонанс 1646 года об упразднении палаты по делам опеки.

1657 — в феврале в парламент вносится «Смиренная петиция и совет» — Кромвелю предлагают королевский титул. 23 марта подписан договор с Францией о совместных военных действиях против испанских Нидерландов. 8 мая Кромвель под нажимом офицеров отказывается от королевского титула. 25 мая парламент принимает «Смиренную петицию и совет». 26 июня происходит торжественное утверждение новой конституции и интронизация Кромвеля — вторичное провозглашение его лордом-протектором. Кромвель составляет списки палаты лордов.

1658 — 4 февраля Кромвель распускает парламент. 4 июня происходит сражение за Дюнкерк, англо-французские войска одерживают победу. Дюнкерк переходит к Англии. 6 августа умирает Элизабет Клейпол. 3 сентября умирает Оливер Кромвель.

1660 — 29 мая происходит реставрация Стюартов.

1661 — 30 января прах Кромвеля, Айртона и Брэдшоу извлечен из могил и предан надруганию.