Когда Евгенов прибыл в Сибирь, войска адмирала Колчака уже отступали под ударами Красной армии. Впрочем, служба Николая Ивановича проходила не на фронте, а в Гидрографическом управлении Морского министерства. 23 августа 1919 г. он был назначен начальником Геодезического отделения управления. Уже через шесть дней он получил «по линии» очередной чин старшего лейтенанта. 10 сентября 1919 г. Н.И. Евгенов был назначен представителем от Морского министерства в Междуведомственное совещание по вопросам техники съемочных работ, созываемое Министерством земледелия.

По всей вероятности, Евгенов был достаточно близок к А.В. Колчаку. Скорей всего, он был с ним знаком еще в бытность будущего Верховного Правителя командиром ледокольного транспорта «Вайгач» в 1910 г. Во всяком случае, по сведениям С.В. Дрокова, Евгенов был в числе немногих морских офицеров, арестованных в январе 1920 г. вместе с А.В. Колчаком. Но уже 25 февраля 1920 г. Евгенов был освобожден из Иркутской тюрьмы но постановлению Чрезвычайной следственной комиссии «за отсутствием состава преступления».

В Советской России Евгенов продолжил работу в качестве гидрографа. В 1920—1925 гг. он вел гидрографические исследования в устье реки Оленек (фактически это была первая советская научная экспедиция в Арктику), в дельте и нижнем течении Лены, в бухте Тикси, на западных берегах Новой Земли; с 1926 г. в течение шести лет возглавлял Карские экспедиции. В 1937 г. он получил ученую степень доктора географических наук. Его диссертацией стала первая лоция Карского моря. Она была восторженно встречена не только моряками-полярниками, но и учеными. Участвовал Евгенов вместе с Н.Н. Зубовым и в трех первых высокоширотных экспедициях на ледокольном судне «Садко». С 1933 по 1938 г. он был заместителем начальника Гидрографического управления Главсевморпути.

В 1938 г. Николая Ивановича постигла трагическая судьба многих ученых — он был арестован. Вместе с ним по «делу Гидрографического управления Главсевморпути» было арестовано 13 человек. Помимо Евгенова, в Морском министерстве правительства Колчака также служил П.К. Хмызников — выпускник Морского корпуса 1915 г. Обвинения, предъявленные арестованным гидрографам, были стандартными для тех страшных времен — создание антисоветской контрреволюционной организации и шпионаж (трагически знаменитая 58-я статья). В работе В. Звягинцева приводятся материалы обвинительного заключения, поражающие своей абсурдностью… «Евгенов же, по версии следствия, являлся “резидентом английской разведки “Интеллидженс сервис” и активным участником английской контрреволюционной организации “Российский Общевоинский Союз”». В обвинительном заключении подчеркивалось, что Евгенов еще «в 1918 году эмигрировал в США, где по 1919 год служил в бывшем царском посольстве в Вашингтоне, затем был переброшен в штаб армии Колчака, где служил в карательном отряде на штабном пароходе», в 1930—1936 годах передавал завербовавшему его Рекстину и другим английским агентам «секретные военно-морские карты Финского залива, Черноморского и Мурманского побережья, сведения о состоянии военно-морских сил РККФ, усовершенствованиях судовой артиллерии, минном хозяйстве и о вводе в строй новых кораблей». Эти секретные сведения он якобы получал от военных гидрографов Исаева, Эмме и Мещерского, осужденных по другому делу. Далее говорилось, что по заданию английской разведки Евгенов в начале 30-х годов создал в Гидрографическом управлении контрреволюционную организацию, в которую вовлек Петрова, Хмызникова и Гернета. А двое последних в свою очередь к тому времени уже работами на японскую разведку.

В защиту Н.И. Евгенова выступили многие видные ученые, в том числе академики А.Н. Крылов и Ю.М. Шокальский. Академик Крылов писал: «Географические и гидрографические работы Н.И. Евгенова занимают весьма видное место в исследованиях Арктики… имеет 39 печатных трудов, их совокупность доставила ему почетную должность как выдающегося советского гидрографа и исследователя Арктики наряду со славными именами Папанина, Федорова, Ширшова, Кренкеля, Шмидта, Визе — нашими современниками и именами деятелей начала прошлого столетия: Сарычева, Пахтусова, Литке, Врангеля». Но, несмотря на поддержку видных деятелей науки, машину сталинского «правосудия» остановить не удалось, и в 1939 г. Евгенов был осужден на 8 лет исправительно-трудовых лагерей. В октябре 1943 г. его условно-досрочно освободили (как отличника производства).

На следующий год после освобождения Евгенову удалось продолжить научную деятельность — он был назначен старшим инженером, а затем и директором Архангельской научно-исследовательской лаборатории, а затем (до 1947 г.) работал старшим научным сотрудником Архангельского стационара АН СССР. В 1947 г. Евгенову удалось вернуться в Ленинград. В 1947—1951 гг. Николай Иванович был профессором кафедры океанологии Ленинградского гидрометеорологического института, а затем, до 1961 г. — старшим научным сотрудником Ленинградского отделения Государственного океанографического института. Скончался Н.И. Евгенов в 1964 г. в Ленинграде.

Круг научных интересов Н.И. Евгенова был необыкновенно широк. Хорошо знавший его полярный исследователь и ученый Я.Я. Гаккель называл Евгенова мореведом. Высоко оценивал научную работу Н.И. Евгенова начальник Ленинградского отделения Государственного океанографического института Ю.В. Преображенский: «Евгенов Н.И. породу своей деятельности сочетает в себе опытного навигатора-моряка, гидрографа-исследователя арктических морей с производственным уклоном научного работника-океанолога, и, наконец, педагога высшей школы области океанографических наук». Сам же Николай Иванович скромно считал себя «географом-путешественником». Он писал о себе в 1958 г.: «Моя служба на флоте была обусловлена в большей степени желанием побывать в “Дальних странах”, впитать в себя новое с точки зрения географа. В связи с этим я старался, по возможности, участвовать в дальнем плавании, в малоисследованных районах, хотя это мне не всегда удавалось». Николай Иванович Евгенов оставил научное наследие в виде более ста научных работ.

Именем Евгенова названы: мыс на острове Большевик (архипелаг Северная Земля), мыс в Антарктиде, бухта в заливе Седова на восточном побережье Новой Земли. В честь Евгенова был назван гидрографический бот, принадлежавший Главному управлению Северного морского пути. После ареста Ы.И. Евгенова, приказом начальника ГУСМП И.Д. Папанина № 225 от 16 июня 1938 г. бот был переименован в «Летчик Махоткин» (в 1942 г. по ложному доносу был арестован и В.М. Махоткин; сведениями о дальнейших переименованиях судна автор пока не располагает). В 1974 г. в строй вошло лоцмейстерско-гидрографическое судно «Николай Евгенов» (в настоящее время принадлежит Архангельской гидрографической базе Государственного унитарного гидрографического предприятия Министерства транспорта Российской Федерации).

Награды: золотой знак об окончании полного курса наук Морского корпуса (1910 г.); светло-бронзовая медаль в память 300-летия царствования Дома Романовых (1913 г.); орден Святой Анны 3-й степени (1913 г.); светло-бронзовая медаль в память 200-летия Гангутской победы (1915 г.); орден Святого Владимира 4-й степени (12 ноября 1915 г.); мечи и бант к ордену Святой Анны 3-й степени; орден Святой Анны 4-й степени с надписью «За храбрость»; мечи и бант к ордену Святого Владимира 4-й степени; малая золотая медаль Русского географического общества (1924 г.)

Российский государственный архив экономики (РГЛЭ). Ф. 579. Оп. 1. Д. 38. Оп. 2. Д. 21,23. Ф. 9570. Оп. 2. Д. 124.

Российский государственный военный архив (РГВА). Ф. 39597. Оп. 1. Д. 67. Л. 112, 131, 150.

70 лет полярной гидрографии. СПб., 2003.

Бизертинский «Морской сборник» 1921—1923. Избранные страницы. М., 2003.

Евгенова Н.Н. Студеные вахты (Воспоминания об исследователе Арктики). СПб., 2006.

Звягинцев В. Трибунал для флагманов. М., 2007.