В дальнейшем в течение января 1940 г. линкор «Октябрьская революция» сделал еще три выхода для артиллерийской поддержки сухопутных войск. На огневую позицию корабль выходил с помощью ледокола «Ермак». Этим участие линкоров Балтийского моря в финской кампании и ограничилось.

За несколько дней до начала Великой Отечественной войны было принято решение о рассредоточении кораблей. Согласно этому решению линкор «Марат» перешел из Таллина в Кронштадт, а «Октябрьская революция» встретила начало войны в Таллине. Немецкие самолеты–разведчики обнаружили линкор на таллинском рейде. Нахождение его там с учетом возросшей минной опасностью, не говоря уже о возможных атаках авиации, стало нецелесообразным, и 1 июля линкор снялся с якоря и ушел в Кронштадт. Его прикрывали 8 эсминцев, 8 катеров МО и 5 базовых тральщиков, а с воздуха — истребители. (Только по одному этому эпизоду видно, сколько легких сил, нужных в других местах, отвлекали для своего прикрытия на переходах линкоры.) Уход линкора был сделан весьма своевременно — фронт все ближе подходил к Таллину, и эвакуация кораблей стала реальностью. 28 августа корабли и транспорты Балтийского флота, приняв войска, покинули Таллин. Отход прикрывали крейсер «Киров» и эсминцы. Этот переход был одним из самых трагичных событий на Балтике. Из 29 транспортов, вышедших из Таллина, погибло 25, а до Кронштадта дошел один транспорт — «Казахстан». Большие потери понесли и военные корабли. На минах погибли 5 эсминцев, 2 сторожевых корабля и подводная лодка. Основные потери транспортов приходятся на мины. Сам факт подрыва такого количества транспортных судов и боевых кораблей на минном поле (считается, что там было выставлено до 4000 мин), поставленном под самым носом достаточно многочисленного соединения кораблей в Таллине, вызывает некоторое недоумение. В постановках этого заграждения могли участвовать только немецкие подводные лодки, авиация и немногочисленный флот Финляндии, так почему корабли, эсминцы в первую очередь, не оказали противодействия? (Вообще это трагическое событие еще ждет своего беспристрастного исследователя.)

Однако хорошо, что линкоры вовремя ушли в свою базу, а то и они могли стать жертвой минных полей. По прибытии в Кронштадт они сразу включились в оборону Ленинграда и Кронштадта. Первой открыла огонь по противнику 5 сентября «Октябрьская революция». Огонь велся на дистанцию в 170 кабельтовых, но, как и прежде, без корректировки и потому без особенного эффекта. Вообще стрельба 305–мм калибром по наземным целям — занятие весьма расточительное, особенно без корректировки. Как правило, на сухопутном фронте до тех пор, пока противник не создаст долговременных оборонительных сооружений, не бывает достойных целей для тяжелых снарядов. При этом надо помнить и об относительно небольшом ресурсе крупнокалиберной артиллерии. Однако обстановка под Ленинградом складывалась таким образом, что беречь пушки и боезапас уже не приходилось. В последующие дни линкоры проводили почти ежедневно стрельбы главным калибром. Качество стрельбы было несколько улучшено за счет налаживания службы корректировочных постов, имеющих постоянную связь с линкорами. Для усиления обороны города линкор «Октябрьская революция» отдал 8 своих 120–мм пушек на сухопутный фронт вместе с расчетами — всего 92 человека. 15 сентября с Петергофского рейда линкор открыл огонь на дистанцию до 200 кабельтовых, значительно превышающую предельную. Для этого, как в свое время сделала «Слава» в Моонзундском сражении, пришлось затопить отсеки противоположного борта, тем самым увеличить угол возвышения орудий. Стрельба продолжалась 16 и 17 сентября. Каждый линкор израсходовал более 100 снарядов 305–мм калибра. В эти дни линкор «Марат» от артиллерийского огня противника получил значительные повреждения. Немцы оценили роль кораблей, линкоров в первую очередь, в обороне Ленинграда и решили с ними расправиться.

19 сентября произошел первый налет немецких бомбардировщиков числом до 15 самолетов на линкоры. Попаданий, однако, не было. Утром 21 сентября линкор «Октябрьская революция» был атакован 30 немецкими бомбардировщиками. Зенитные установки линкора открыли огонь и сбили два самолета, но большинство их сумело прорваться и сбросить бомбы. Рядом с кораблем упало 19 бомб калибром в 250 и 500 кг. Три бомбы попали почти одновременно в носовую часть корабля. Сила взрыва была настолько велика, что верхняя палуба оторвалась от бортов и завернулась на полубак (взрыв бомб произошел на средней палубе). Корабль получил тяжелые повреждения, возник пожар, создалась угроза взрыва погребов носовой башни главного калибра. Из‑за подводной пробоины стали заполняться водой некоторые помещения в носовой части. Якорная цепь вытравилась за борт и тащила якорь за кораблем, который шел по морскому каналу. Вот как описывает увиденные повреждения адмирал Ю. Пантелеев: «Мы подошли к первой башне, дальше двигаться не было возможности. Бак корабля разворотило, почти до самого днища зияла чудовищная рана, и в ней торчало изуродованное и скрюченное железо, трубопроводы, обгорелые детали механизмов. Пахло гарью. Еще не всех убитых и раненых сумели извлечь из этого хаоса». Линкор пришел в Кронштадт, но и там немецкие самолеты не оставили его в покое — в течение того же дня линкор был атакован еще 5 раз. Было подсчитано, что на линкор немцы сбросили 108 бомб. На следующий день немцы возобновили атаки. Они трижды группами по 20—30 самолетов атаковали линкоры. В этот день большие повреждения получил линкор «Марат». 15—17 сентября линкор уже был поврежден, и попадание 500–кг бомбы в районе носовой башни окончательно решило судьбу корабля. Бомба разорвалась в районе торпедных аппаратов и погребов противоминного калибра. Боевые зарядные отделения торпед и снаряды 120–мм калибра сдетонировали, увеличив силу взрыва. (Некоторые исследователи считают, что сдетонировал и артиллерийский погреб носовой башни главного калибра.) Вся носовая часть линкора была разрушена. Носовая башня главного калибра, боевая рубка и фок–мачта рухнули в воду. Корабль сел на грунт и не затонул только по причине малой глубины в месте стоянки. Вот как описывает это событие писатель П. Капица, ставший свидетелем тяжелого повреждения линкора: «…бомбардировщики, несмотря на ураганный заградительный огонь, продолжали двигаться по курсу. Только у Кронштадта они разделились на несколько групп и стали заходить на пикирование. Я видел, как зенитчики линкора «Марат» усилили огонь. Вверх, навстречу пикировщикам, понеслись цепочки огненных трасс.. И вдруг на носовой палубе «Марата» вспыхнул слепящий огонь… Вверх взвилось острое пламя и рассыпалось искрами… На Кронштадт накатился двойной взрыв. Как на экране, я увидел медленно поднявшуюся носовую башню линкора с тремя двенадцатидюймовыми пушками и отделившуюся от корабля фок- мачту, с ее мостиками и площадками, сплошь облепленную людьми в белых робах… Фок–мачта переломилась на несколько частей и вместе с башней рухнула в воду. Взметнувшиеся брызги, пар и дым обволокли корабль… Я невольно зажмурился. А когда вновь открыл глаза, то увидел осевший на грунт линкор с начисто оторванным носом. На нем не было ни кривой трубы, ни толстенной фок–мачты, ни передней стальной башни с тремя пушками. Корабль парил, а вокруг него вода кишела плавающими людьми». Невольно возникает вопрос почему командование флота не распорядилось снять торпеды с линкоров, находящихся в базе? Именно взрыв зарядных отделений торпед усугубил взрыв и разрушения корабля.

25 сентября немцы повторили налет на линкор «Октябрьская революция» (линкор «Марат» они списали со счетов, считая его полностью небоеспособным). В нем участвовало 25 бомбардировщиков, которые сбросили около 50 бомб, упавших непосредственно рядом с кораблем. Одна из бомб попала в линкор и вывела из строя вторую (от носа) башню. Всего в сентябре в атаках только на «Октябрьскую революцию» участвовало до 450 самолетов. В корабль попало 6 бомб, а свыше 400 разорвалось в непосредственной от него близости. 22 октября линкор был переведен в Ленинград и занял позицию на Неве. Всего за октябрь линкор произвел 25 стрельб, израсходовав 257 снарядов 305–мм калибра и 133 снаряда 120–мм калибра. Линкор «Марат», ставший фактически плавучей батареей, со своими годными к действию тремя башнями главного калибра до конца войны оставался в Кронштадте. Весной 1942 г. немцы планировали возобновить попытку захватить Ленинград. С этой целью ими была разработана операция по уничтожению кораблей, стоящих на Неве (операция «Айсштосс»). Для удара по городу и кораблям немцы сосредоточили до 590 самолетов и привлекли дальнобойную артиллерию.