В следующем году, ознаменованном «Очерками домашней жизни и нравов великорусского народа в XVI и XVII столетиях» («Современник», 1860) и работой «Украинские инородцы. Литовское племя и отношение его к русской истории» («Русское слово», № 5), состоялся публичный спор с академиком М. Погодиным по поводу концепции о роли норманнов в образовании Древнерусского государства. Костомаров отстаивал идею о литовском происхождении первых русских князей (из прибалтийских славян), его оппонент придерживался устоявшегося взгляда на норманнское происхождение первых русских князей и их исключительную роль в образовании государства у восточных славян. Фактически подход Костомарова ниспровергал устоявшуюся к тому времени норманнскую теорию, которая вошла во все учебники как бесспорная.
Вот как об этом вспоминает Николай Иванович: «Старый патриарх русской историографии не мог смириться с моей смелостью и решительностью в вопросе критики устоявшейся к тому времени норманнской теории происхождения русских князей. Он прибыл в Петербург и, встретив меня в Публичной библиотеке, предложил мне вступить в открытый диспут по этому вопросу. Я дал свое согласие, хотя немного поразмыслив, стал сомневаться в необходимости таким образом потешить публику».
Об этом научном споре вспоминал также его свидетель Н. Чернышевский: «В субботу в большом университетском зале состоялся диспут между Николаем Ивановичем и Погодиным, который специально для этого прибыл из Москвы. Сбор средств за купленные билеты шел в пользу бедным студентам. Собрано было около 2000 рублей серебром. Каждое слово Костомарова публикой встречалось сочувственно и с аплодисментами. После его окончания Костомарова студенты вынесли из зала на руках. И хотя предмет дискуссии был чрезвычайно научным, в зале было около 1500 человек. Костомаров пользовался таким уважением, которого не было ни у одного из профессоров со дня основания университета».
Другой свидетель этого научного спора отмечал, что «все присутствующие ощущали в этом словесном поединке борьбу нового начала и старого мышления».
Н. И. Костомаров придерживался не только прогрессивных научных взглядов, он публично заявил о необходимости доступа к университетскому образованию представителям всех сословий, о необходимости предоставления свободы преподавания и свободы выбора студентом лекционного курса, о предоставлении права на обучение в университетах женщинам, проявляя при этом себя прогрессивно мыслящим гражданином. Некоторые из его современников вспоминали: «… для нас Костомаров, как Виктор Гюго, был носителем идеи свободы и прогресса в науке и искусстве».
В этот период возобновились отношения между Костомаровым и Шевченко, который изредка приходил к нему, но чаще они встречались в доме графа Толстого, его покровителя. «Шевченко, – вспоминал Николай Иванович, – посещал меня один, а иногда и два раза в неделю. Поговаривали, что во время его последней поездки в Малороссию с ним случилась какая-то неприятность, что к нему цеплялась полиция, на него был послан некий донос и вследствие этого он вынужден был уехать из Малороссии раньше, чем ему самому хотелось бы. Но сколько я ни пытался узнать это от него самого, он отделывался ничего не значащими фразами, признаваясь, однако, что действительно к нему приставал некий становой пристав, но без важных последствий. Видя, что он в этом не хочет быть со мной откровенным, я не стал больше расспрашивать, а он во время всех своих посещений сам не заводил об этом речи. Посмеиваясь над моим жилищем, он говорил, что моя квартира поистине гусарская, и уж совсем не профессорская, и в ней приличнее было бы увидеть кучу пустых бутылок вместо ученых книг и бумаг.
Однажды он устроил мне такую шутку. Придя ко мне вечером и услышав от меня, что я очень занят подготовкой к завтрашней лекции и должен буду работать до полуночи, он пошел в трактир, застал там каких-то своих знакомых и сел за чай, а половым приказал завести орган и играть именно те арии, которые, как он слышал от меня, мне особенно надоели. Часа два подряд мучила меня эта музыка, наконец терпение лопнуло: понимая, что Шевченко нарочно дразнит меня, я вбежал в трактир и умолял его, ради человечности, перестать мучить меня такими пытками. „А захотелось тебе поселиться в застенке, – сказал он, – зато и терпи теперь муку!“ Другие собеседники, что слышали наш разговор, приказали половым прекратить музыку, но Шевченко закричал: „Нет, нет! Давайте из Трубадура, Риголетто и Травиаты, я это очень люблю!“ С тех пор, однако, он не приходил ко мне иначе как на мое приглашение, зная наверняка, что я буду свободен, и тогда, ожидая гостя, для меня любого и дорогого, я припасал бутылку рома к чаю…
Говоря о своих литературных занятиях, он был со мной более доверительнее, чем о своих прежних житейских приключениях. Он часто и охотно читал наизусть еще неопубликованные собственноручные рукописи, стихи и по моему желанию оставлял их у меня ненадолго. Между прочим, показывал он мне тогда маленькую книжечку в переплете, в которой записаны были произведения того лихого времени, когда он находился на военной службе. Ему тогда было запрещено писать. Он держал эту книжку не иначе как за голенищем, и, как он сам говорил, если бы у него нашли ее, то подвергли бы его жесточайшему наказанию уже за то, что осмелился писать наперекор высочайшему запрету, не говоря о том, что большая половина стихотворений, написанных его рукой в этой книжечке, была по своему содержанию нецензурного характера. Кроме того, в это время мы часто виделись у покойного графа Федора Петровича Толстого. Как покойный граф, престарелый художник, так и его жена, и все семейство очень уважали Шевченко и любили его, так же высоко ценя его двойной талант – художника и поэта, как и его прекрасную, чистую душу, что искрилась во всех его разговорах и поступках».
Так прошли зима и весна 1860 года. Летом этого же года Костомаров переехал на квартиру на Васильевский остров и был почти соседом Шевченко, который жил постоянно в Академии искусств, в своей мастерской, где занимался граверным искусством.
Осенью 1860 года прошел слух, что Шевченко собирается жениться. «Тогда встретил я Тараса Григорьевича, который уже давно ко мне не заходил, в Большом театре на спектакле „Вильгельма Телля“, а он, замечу попутно, обожал эту оперу и по-детски увлекался пением Тамберлика и де Бассини, имея привычку при этом выкрикивать по-украински: „Матери его сто копанок чертей, как же славно!“. „Ты, Тарас, действительно женишься?“ – спросил я его. „Наверное, женюсь тогда, когда и ты!“ – ответил Шевченко. С того вечера Тарас Григорьевич снова начал посещать меня, но о своих романтических приключениях не говорил ни слова.
В конце 1860 года, а может быть, в январе 1861 года (наверняка не припомню), Шевченко пришел ко мне во вторник вместе с Павлом Ивановичем Якушкиным, известным собирателем народных великорусских песен… Сейчас я не могу вспомнить, был ли еще хоть раз у меня Тарас Григорьевич после его прихода ко мне с Якушкиным, то было его последнее посещение. Точно помню, что вскоре после того он заболел, или, правильнее сказать, усилилась и обострилась болезнь, которая уже ранее подтачивала его здоровье. Об этом уже давно говорили и с сочувствием называли его пьяницей, но я никогда не видел его пьяным, а замечал только, что когда подадут ему чай, то он наливал такую силу рома, что кто-либо другой, казалось, не устоял бы на ногах. Он ведь никогда не доходил до состояния пьяного. В последнее время мы с ним виделись не так часто, не более одного или двух раз в неделю, потому что я был очень занят чтением и подготовкой университетских лекций. Узнав, что Шевченко болеет, я посетил его дважды. В феврале 1861 года я пошел к нему узнать о состоянии его здоровья. Он сидел за столом, вокруг него были незавершенные работы. Он сказал, что его здоровье значительно улучшилось и на следующей неделе он непременно придет ко мне. Между прочим, тогда показал мне золотые часы, недавно им купленные. Это были первые часы, которые он собирался носить: до того времени отсутствие достаточных средств не позволяло ему и думать о такой роскоши. Тарас Григорьевич относился к этим часам с каким-то детским восторгом. Я попрощался с ним, взяв с него обещание прийти ко мне на следующей неделе, а если будет и далее болеть, то сообщить мне, и я сам приду к нему. Через несколько дней я узнал, что Тарас в своей невесте нашел мало той поэзии, которую рисовало ему воображение, и наткнулся на прозаическую действительность, которая показалась ему пошлостью. А 25 февраля 1861 года утром ко мне пришел не помню кто из его знакомых с вестью, что Шевченко утром скоропостижно скончался. Он велел солдату, который ему прислуживал, поставить ему самовар и спускался по лестнице из своей спальни, где была его мастерская, на последней ступеньке упал головой вниз, солдат бросился к нему, но Шевченко уже не дышал.