В то же время архиепископ Виссарион остался в Риме, перейдя в католичество, и папа Евгений IV возвел его в сан кардинала. После смерти патриарха Геннадия, когда в Риме и Стамбуле стали выбирать отдельных патриархов, константинопольским патриархом в Вечном городе стал бывший московский митрополит и римский кардинал Исидор, а за ним в 1463 г. – кардинал Виссарион. Именно патриарху Виссариону и была поручена организация сватовства и брачного союза между великим князем Иваном III и принцессой Зоей. В 1469 г. тот отправил в Москву некоего грека Юрия во главе посольства к великому князю. В Москве это предложение римского папы и константинопольского патриарха было благосклонно воспринято матерью Ивана, митрополитом Филиппом и московскими боярами, а вот сам Иван отнесся к этому предложению более спокойно. Он послал в Рим собственного посла, родом венецианца Ивана Фрязина (Джованни Батиста делла Вольпе), специалиста монетного дела, давно жившего в Москве на службе у великого князя. Князь поручил послу составить собственное мнение о невесте и сделать портрет принцессы Зои.

В 1472 г. Иван Фрязин вернулся идеологически обработанным как папой Павлом II, так и патриархом Виссарионом, рассказал о красоте невесты, а также привез ее портрет собственной работы. В письмах к государям, через пределы которых московское посольство должно было направиться в Рим, римский папа называл Ивана III любезнейшим сыном, государем Московии, Новгорода, Пскова и других земель. В качестве доверенного лица жениха в Рим был снова послан Иван Фрязин во главе московского посольства с большими дарами.

Н. М. Карамзин в своем путешествии по Европе побывал в Риме и ознакомился с документами XV в., по которым составил описание происходившего в Риме обручения принцессы Зои с великим князем московским, освященного самим папой Сикстом IV, сменившим на этом посту умершего Павла II.

Посольство с принцессой Зоей в сопровождении ее грекоримской свиты и легата Антония выехали через Альпы в Германию и через месяц были в Любеке, где сели на корабль, следовавший в Ревель. Посол великого князя встретил и приветствовал от имени ее мужа принцессу Зою в Дерпте (совр. Тарту, первоначально Юрьев), а затем по дороге в Псков делегация остановилась в монастыре Богоматери, где принцесса Зоя, возможно, заново крестилась из униатской церкви в православную веру и приняла имя Софии. В Москве свершилось повторное обручение Ивана с Софьей, а на следующий день легат римской церкви Антоний вручил великому князю письма и дары от папы Сикста IV. Вскоре Антоний уехал из Московского государства, понимая, что великий князь Иван III и его жена Софья обманывали римского папу относительно своей приверженности к унии с католической церковью. Удивительно, но именно с этого времени в Москве один за другим стали появляться итальянские архитекторы, которые и осуществили большинство каменных строений в Кремле.

Так это происходило или переписчики летописей впоследствии подправили тексты, но в Литве были сильно обеспокоены этим браком, освященным святым престолом в Риме. Литовские бояре, опасаясь возможности перехвата Москвой инициативы в объединении церквей, в 1473 г. обратились к папе Сиксту IV с просьбой об объединении литовской православной церкви с римско-католической церковью. Просьба об унии в дальнейшем еще несколько раз повторялась, и в Рим даже была отправлена представительная делегация во главе с князем Михаилом Олельковичем. Однако римская курия, рассчитывая все-таки убедить Москву в необходимости создания общеевропейского антитурецкого союза, ничего определенного на инициативу Литвы не ответила. А там, видя, что и с Москвой у Рима диалог не заладился, вновь стали в оппозицию к унии, кроме того патриарх стамбульский Рафаил назначил в 1476 г. киевским митрополитом тверского монаха Спиридона, противника унии.

В 1473 г. произошли незначительные военные столкновения между Москвой и Литвой за г. Любутск, и хотя никаких дальнейших действий после этого ни с той, ни с другой стороны не последовало, но мира между государствами уже не было. В то же время великий князь Иван III заключил договор о дружбе и совместной защите от врагов с крымским ханом Менгли-Гиреем. Видно, вовремя был заключен этот союз с Крымом, так как в 1474 г. весь полуостров был захвачен морским десантом Ахмет-паши, визиря султана Мехмета II. Хан Менгли-Гирей был привезен в Стамбул, где его ласково принял султан. И теперь уже из его рук хан получил Крым себе в управление, но под протекторатом Османской империи. Таким образом, Турция стала еще одним действующим игроком в борьбе Литвы с Москвой. При наличии договора великого князя Ивана с ханом Менгли-Гиреем, Турция если не становилась другом Москвы, то не была и врагом (все это – на фоне плохих отношений султана к королю Казимиру IV, брат которого, король польский и венгерский Владислав III, погиб в битве с турками при Варне).

В 1477 г. великий князь Иван III вновь начал войну против Великого Новгорода, где стали проявляться очаги свободолюбия, и город в дальнейшем мог накопить силы для борьбы с Москвой. Собрав большое войско, призвав на помощь мещерских татар и псковитян, великий князь взял Новгород в осаду. Новгородцы оказались не самыми стойкими защитниками города и через несколько дней начали переговоры с московскими боярами, а менее чем через месяц полностью сдались. Теперь, приняв условия великого князя, новгородцы лишались вечевого колокола, а следовательно, права на вече, лишались своего выборного посадника, получая взамен его княжеского наместника. Зато великий князь вроде бы пообещал не выводить людей из города, но дать в этом присягу новгородцам отказался. А когда новгородские дети боярские стали бить челом, т. е. проситься на службу к московскому государю, им объявили, что для этого они должны принести клятву доносить на известных им новгородцев, замышляющих что-либо против великого князя, не исключая своего отца и братьев. Затем великий князь повелел взять под стражу и отправить в Москву Марфу Борецкую и ее главных сообщников.

Существуют сведения, что вместе с этими пленниками и вечевым колоколом в Москву с великим князем направились 300 возов золота, серебра и драгоценных камней, найденных в древней казне епископской или у арестованных бояр. И это кроме бесчисленных шелковых тканей, сукон, мехов и другого, что приглянулось великокняжеской трофейной команде. Уже через два года великий князь сменил новгородского архиепископа Феофила на троицкого иеромонаха Сергия, но тот не смог ужиться с новгородцами, и вскоре его сменил чудовский архимандрит Геннадий.