Общественную значимость роману придавало выдвижение на первый план другого конфликта: истинной любви и высокого интеллекта с враждебными им косными силами — своекорыстием и хищничеством, религиозными предрассудками, буржуазным лицемерием. Паскаль, погибающий в борьбе с этими силами, должен был, по замыслу автора, вырасти в подлинно трагическую фигуру.

В подготовительных материалах намечен уже был комплекс воззрений Паскаля. Особенное внимание фиксируется на центральной идее философии Золя, глашатаем которой сделан этот персонаж: это — прославление, почти обоготворение жизни. «Доброта и веселье», записывает Золя, «идущие не от здоровья — ибо он на грани болезни — но от самой страстной любви к жизни». И далее: «Против пустого, праздного существования. Труд, деятельность приносят все: и здоровье, и веселье, и доброту».

Философия «жизни» формулируется следующим образом: «Жизнь — великий двигатель, душа мира. Все знать, все предвидеть, все принимать, поставить природу нам на службу, жить в спокойствии удовлетворенного разума».

Доверяя доктору Паскалю выразить эту оптимистическую философию, призванную венчать все здание эпопеи, Золя возлагал на своего героя задачу защитить перед лицом недоброжелателей и врагов самого автора «Ругон-Маккаров». «Он защитит смелость моих речей, решимость говорить все, смелость моего анализа, мое изображение зла, жизнь в истине, и тут-то мне сослужат службу высказывания Паскаля: хотеть все излечить, исправить, затем — приятие жизни как таковой, с верой в ее творческие силы».

Оценивая место и значение «Доктора Паскаля» в эпопее «Ругон-Маккары» и во французской литературе конца XIX века, нужно рассматривать этот роман в связи с идейно-политической обстановкой эпохи.

Очевидно, что надежды Золя на науку как на единственную силу, которая сама по себе способна преобразить мир, были утопическими и идеалистическими. Следует, однако, иметь в виду, что для Золя, не дошедшего в своем идейном развитии до понимания того, какие реальные общественные силы способны опрокинуть ненавистный ему собственнический строй, вера в науку была единственной почвой для социального оптимизма. Золя заимствовал эти идеи из философии позитивизма, во многом ущербной, несущей в себе признаки упадка буржуазной идеологии. Но взял он то, что у позитивистов было действительно прогрессивно: провозглашение огромных возможностей человеческого познания, утверждение высокой роли науки для социального прогресса. Золя не разделял агностических оговорок позитивистов о невозможности познать истинную сущность вещей, не сводил науку к простому описанию и классификации явлений. В отличие от своих учителей в философии — Тэна, Ренана, — Золя устами доктора Паскаля утверждал безграничные возможности науки, способность человека непрестанно расширять область познанного, отодвигать все дальше границы неведомого. Доктор Паскаль в споре с Клотильдой решительно отвергает агностицизм, с иронией говоря об известном софистическом аргументе противников материализма. «…Наши ощущения весьма несовершенны, а раз мы познаем мир только через них, выходит, что он и вовсе не существует… Что же остается? Раскрыть двери безумию, самым нелепым химерам, броситься во всякую чертовщину, пренебрегая законами и фактами…»

Паскаль отрицает наличие непознаваемого, он признает, что существует только еще не познанное. «…Ты считал, что наука поможет постичь тайну мироздания», — говорит ему Клотильда. «…По-твоему выходило, что мы идем все дальше и дальше семимильными шагами. Каждый день приносил новые открытия, новую уверенность. Еще десять, пятьдесят, ну, самое большее сто лет, — небесная завеса раздвинется и мы познаем истину… И что же! Годы идут, но завеса не раздвинулась, и истина от нас все дальше…» Клотильда, в эту пору еще пленница религиозного миросозерцания, требует и от науки некоего божественного откровения, мгновенного раскрытия «великой тайны» мироздания. Но ее требования и к науке и к Паскалю неправомерны. Паскаль вовсе не претендует на то, что наука способна открыть сразу всю истину. Он понимает разницу между абсолютной и относительной истиной, но недостижимость абсолютной истины его, в отличие от Клотильды, не обескураживает. Клотильда говорит ему: «…Ты даже соглашаешься, что мы никогда не постигнем всего до конца; и вот выходит, что единственный смысл жизни в бесчисленных завоеваниях неизвестного, в непрестанном усилии познать еще больше…»

Вечное стремление вперед, беспокойство человеческого духа — таково, по мысли Золя, истинно достойное человека состояние и залог его новых открытий в окружающем мире. Поэтому-то, когда Клотильда, пережившая обращение, сохраняет от своего прежнего мироощущения томление по неведомому, утратившее, однако, уже мистический привкус, Золя рассматривает это ее неосознанное чувство как благородную неудовлетворенность, толкающую человека вперед, не дающую ему погрязнуть в утлом самодовольстве.

Паскаль признает движение, изменение в самом процессе познания, выражающееся в смене одних устаревающих и опровергаемых фактами теорий другими. Но при этом он глубоко уверен, что область надежного, устойчивого знания неизменно расширяется. Он формулирует свой символ веры, в котором звучит непреклонная убежденность в могуществе познавательных способностей человека. «…Я верю, что будущее человечества — в завоеваниях разума, вооруженного наукой. Я верю, что научные поиски истины и есть тот единственный высший идеал, к которому должен стремиться человек. Я верю, что, вне сокровищницы истин, добытых шаг за шагом однажды навсегда, все — иллюзия и тщета. Я верю, что, познавая все больше и больше, человек приобретет безмерную власть и если не счастье, то, по крайней мере, ясность духа…»

Нельзя достаточно высоко оценить борьбу Золя за утверждение величия человеческого разума, его пафос научного познания, если не иметь в виду их полемической направленности против религиозного миросозерцания и церковно-католической реакции во Франции того времени. Одновременно с работой над «Доктором Паскалем» Золя собирает материалы для романа «Лурд», в котором дает прямой бой религиозному мракобесию. С этим же мракобесием сражается Паскаль. Покушения фанатически настроенных Фелисите, Мартины и, поначалу, Клотильды на труд Паскаля — это воинствующий поход религии против науки, разума.

В конце концов Фелисите и Мартине удается погубить дело жизни Паскаля. Но это не означает их подлинного торжества, поскольку осталась озаренная светом истинного знания Клотильда.

Золя хочет показать, что борьба трудна, что враг еще очень силен. Конец XIX века ознаменован во Франции оживлением религиозно-мистических настроений, религия активно переходит в контрнаступление. В политике плетут козни против Республики католические конгрегации, в философии выступает целая группа неокатолических писателей (Блондель, Леруа и др.), обрушивающихся на науку и противопоставляющих ей «волю». В литературе декаденты и символисты пропагандируют религиозно-мистический иррационализм. Устами Паскаля Золя указывает на заметно усилившуюся опасность попятного движения к мракобесию.

«…Вот он, поворотный момент конца века. Мы пришли к нему в усталости и смятении от той уймы знаний, которые он вызвал к жизни!.. Да! Вот оно, воинствующее возвращение мистики, — реакция на сто лет научных экспериментов…» Золя, отстаивающий науку, предстает в «Докторе Паскале» отнюдь не проповедником бесстрастного объективизма, но пламенным борцом против реакционной религиозной идеологии.

Золя считал, что сам человек может быть научно познан прежде всего путем изучения наследственности. Паскаль произносит панегирик законам наследственности, открытие которых Золя приписывает ему, на самом деле заимствуя их полностью из трактата Проспера Люка.

Золя заблуждался, придавая наследственности столь большое значение. В известной мере он сам обесценивает осуществленный им в эпопее глубокий и проницательный социальный анализ, заставляя своего героя интерпретировать в основном с точки зрения законов наследственности характеры и темпераменты, обрисованные в девятнадцати предыдущих томах серии. По сути дела, Золя склоняется, таким образом, к антропологическому принципу, сводящемуся к взгляду на человека прежде всего как на биологическое существо.