Возвращаясь от Преосвященного, отец Анатолий встретил своего старца, шедшего из скита и окруженного толпой инокинь и других лиц. Старец спросил отца Анатолия: "Ну, что же тебе сказал владыка?". Отец Анатолий в простоте души все передал старцу. Тогда он начал при всех бить его палкой, говоря: "Ах ты, негодяй, что вообразил о себе, что он такой умный! Ведь Преосвященный из любезности сказал тебе так, а ты и уши развесил, думая, что это правда!". Со стыдом отошел от старца молодой иеродиакон, а старец сказал бывшим с ним лицам: "Ведь вот как не пробрать, он монах внимательный, умный, образованный и уважаемый людьми, — долго ли загордиться? Вот и надо было смирить его". Так мудрые наставники оберегали своих питомцев от пагубного самомнения.
В 1874 году отец Анатолий был назначен братским духовником, благочинным скита, а затем и скитоначальником. Он принял свое назначение со смирением единственно из послушания своему старцу, к которому по-прежнему продолжал относиться с верой и покорностью; сделавшись начальником, он до конца жизни отца Амвросия не изменял своего обычая становиться перед ним на колени во время беседы. Одна особа приехала в Оптину; ее позвали к старцу. Когда она вошла в его келлию, то увидела стоявшего на коленях перед ним весьма представительного монаха, которого она не знала. Благословив приезжую и указав на монаха, старец сказал: "Рекомендую тебе, это — мой начальник". Особа эта была поражена смирением того и другого.
С должностью начальника скита отец Анатолий принял на себя и должность духовника, и все касавшееся внешней и внутренней жизни скитского братства он предлагал на рассмотрение старца; когда требовалось сделать какому-нибудь брату выговор или наложить наказание, он прежде спрашивал, что и как сказать. Таким образом, монастырь и скит с их начальниками и старцами составляли единое стадо с единым пастырем.
В своих новых должностях преподобный Анатолий был великим и самоотверженным тружеником. Ничто не ускользало от его взора, и он ревностно заботился о внешнем успокоении братии, стараясь получше устроить их жизнь с ее несложными, но строгими порядками. Для этого он внушал братии нести свое послушание с усердием и добросовестно. Так, однажды постом он сделал строгое внушение скитскому пекарю за то, что хлеб был испечен плохо; начальник пояснил ему при этом, как много огорчения доставила его небрежность истомленной постом и службами братии.
Теперь, когда отец Анатолий был обременен различными делами, заботами и неизбежной суетой, душа его еще более искала отдыха и, испытывая голод духовный, стремилась подкрепить себя молитвой и чтением. Поэтому, когда выдавалась свободная минута, отец Анатолий спешил уйти в лес и там, где-нибудь в глуши, зримый одним Богом, питал свою душу богомыслием и молитвой.
После открытия в 1884 году Шамординской Казанской Горской женской общины преподобный Амвросий, тяжелобольной, назначил туда духовником иеромонаха Анатолия. Преподобный Амвросий говорил шамординским сестрам: "Я редко беру вас к себе на беседу, потому что я за вас спокоен: вы с отцом Анатолием". Преподобный Анатолий имел необыкновенно милостивый, сострадательный характер. Если он узнавал о чьем-нибудь горе, то так волновался, что у него возникала сильная головная боль, а потом начинало болеть и сердце. 21 год отечески окормляя шамординских сестер, старец входил во все их нужды, как духовные, так и житейские; первым его вопросом всегда были слова: "У тебя все есть?".
Смотря на иноческую жизнь как наиболее приспособленную для всецелого служения Господу, старец Анатолий при каждом случае пояснял сестрам высокое значение этой жизни и ее частностей. На общежитие он смотрел как на прекрасную школу для выработки смирения и терпения:
"Общежитие умерщвляет страсти, а то в норе и змея тихо сидит. Если разных камней положить в мешок и трясти, то камни сделаются гладкими и круглыми, так и в общине монах сглаживается скорбями".
Он говорил:
"Дева, посвятившая себя Богу, должна всячески удаляться не только худых дел, но и мыслей; ее душа должна блестеть чистотою и предстать непорочною Жениху-Христу. Идя по монастырю, не размахивай руками, не гляди в окна, всем, кого встретишь, кланяйся, не ходи без дела по келлиям, сиди дома и будешь покойна. Если монах будет держаться келлии, то будет преуспевать в духовной жизни и молитве, а если он ходит по келлиям, то потеряет мир душевный и будет никуда не годным".
Высоко славя иночество, он еще выше ценил старческое окормление (воспитание или руководство). Про себя он говорил, что дня не мог пробыть, чтобы не быть у старца и не открыть своих помыслов. "Откровение положено святыми отцами, чтоб легче спастись, так как откровение облегчает тяготу душевную, это я на себе испытал, — писал он одной своей ученице, — а страсти искоренять начинай с самоукорения, познания своих (а не сестринских) немощей, и считай себя достойною скорбей. Такая жизнь успокоит тебя". Пользу откровения, в частности, он определял в том, что оно развивает сознание и болезнование о своей греховности, от чего рождается столь необходимое для дела спасения смирение. "Люблю, — говорил старец, — тех, кто все откровенно говорит о себе. Враг не может ничего посеять там, где все открывается духовному отцу". Вообще о покаянии он говорил так:
"Для покаяния не разбирай ни лица, которому приносишь покаяние, ни места, но во всем чистосердечно кайся и каждую минуту устремляй мысль на то, чтобы искренно покаяться. Если бы вы знали, что значит покаяние, — через него мы можем получить прощение грехов и сподобиться принять в себя Самого Господа! Если бы вы это понимали, то о том только бы и думали, как очистить свою душу".
Увещевая нести все неприятное без ропота, он в назидание передавал рассказ об одной белёвской монахине. Жила там хорошей жизни схимонахиня, имевшая много скорбей. Когда она скончалась, то одна близкая ей монахиня пожелала знать ее загробную участь. После усиленной молитвы она увидела во сне умершую. Сидела она в великолепной комнате и необыкновенном свете, но сама была невесела. На вопрос, почему она, находясь в хорошем месте, невесела, та ответила: "Мне хорошо, но несравненно было бы лучше, если бы я видела Лице Божие, а этого мне нельзя. Я не несла скорбей без ропота, а чтобы видеть Лице Божие, нужно пронести крест скорбей без ропота".
Поучая и наставляя свое стадо всем христианским и иноческим добродетелям, старец в то же время стремился более всего поддержать бодрость духа, чтобы в неудачах и поползновениях не впадали в уныние и отчаяние. Так, одна сестра, живя в монастыре и не видя в себе монашеского делания, пришла в уныние, думая, что все совершено ею напрасно. Старец писал ей: "Обратись к Матери Божией и говори Ей: "Ты, Владычице, привела меня в избранное Твое стадо, Ты и упаси меня. Ты могла Марию Египетскую спасти, ужели меня не сможешь?". Диаволу очень злобно, что он упустил тебя, свою жертву, и ты помни, что надеющийся на Господа, яко гора Сион, не подвижится вовек. Итак, оставь детское малодушие, дело идет серьезное — о душе твоей, о бесконечном Царстве… Все Небесные Силы смотрят, как ты борешься с князем мира сего, и умоляют Вседержителя помочь тебе. Ей, поможет, только не унывай, — близ Господь!". В другой раз писал он: "Воюй, воюй со своими страстишками, — будешь добр воин Христов. Не поддавайся злобе. Батюшка [Амвросий] заповедал всем обуреваемым ненавистью молиться за них (то есть за тех, кого ненавидишь), хотя бы для этого пришлось надломить надменное сердце. Помыслы борют очень многих, только смиренных не смеют тронуть. А мы смирения не имеем, вот и терпим бесчестие. В случае поползновения не смущайся, а спеши к Врачу, вопия: "Боже, сопричти мя разбойнику, блуднице и мытарю и спаси мя!". И ведай: пред Богом кающийся грешник любезнее, чем самомнящийся праведник, — и потому берегись осуждать! Отчаяние есть порождение гордости. Если ожидаешь от себя всего плохого, то никогда не отчаешься, а только смиришься и будешь мирно каяться".